Анализ циркулирующих опухолевых маркеров в крови 4 - ALCINA 4 (ALCINA4)

Обнаружение остаточного заболевания после операции имеет решающее значение в онкологии, поскольку это обнаружение может позволить персонализировать послеоперационное лечение на основе наличия остаточного заболевания.

Лаборатория хочет разработать новый метод обнаружения циркулирующей опухолевой ДНК, основанный на распознавании транслокационных фрагментов в циркулирующей ДНК с помощью неглубокого полногеномного секвенирования. Это оригинальный подход, который, насколько нам известно, до сих пор не был протестирован с предполагаемым подходом биоинформатики и потенциально может быть более чувствительным, чем методы, используемые в настоящее время для обнаружения остаточной болезни после хирургического удаления локализованного (неметастатического) рака молочной железы.

Таким образом, анализ будет сосредоточен на поиске опухолевых хромосомных транслокаций, которые необходимо будет дифференцировать от возможных хромосомных транслокаций зародышевой линии. Поэтому в этой когорте планируется сбор конституциональной ДНК.

Целью этой когорты является изучение роли, которую вариации в циркулирующей опухолевой ДНК могут играть в качестве маркера, связанного с ответом на химиоиммунотерапию.

Свежая биопсия (впоследствии хранящаяся в замороженном виде) требуется для анализа мутационного профилирования (который будет использоваться для отслеживания циркулирующей ДНК опухоли в крови). Кроме того, он будет использоваться для анализа известных в настоящее время биологических тканевых факторов ответа на химиоиммунотерапию (мечение PD-L1, мутационная нагрузка и т. д.) и для выявления возможных ассоциаций с вариациями циркулирующей опухолевой ДНК.

Конституциональный анализ ДНК необходим для определения точечных мутаций, присутствующих в опухоли (для дифференциации от полиморфизмов, присутствующих на конституциональном уровне), поскольку определение этих мутаций необходимо для мониторинга циркулирующей опухолевой ДНК и, следовательно, будет собираться.

Целью этой когорты является разработка новых тестов плазмы, например, основанных на обнаружении хромосомных транслокаций циркулирующей опухолевой ДНК.

Гипотеза состоит в том, что эти тесты позволят выявлять рецидивы, прогнозировать эффективность лечения и контролировать эффективность лечения на разных стадиях рака у пациенток с трижды негативным раком молочной железы, либо в неметастатической фазе с запланированной неоадъювантной терапией. лечения или в метастатической фазе. Количество включений между этими двумя популяциями (неоадъювантными и метастатическими) будет контролироваться на операционном уровне, чтобы избежать чрезмерного дисбаланса в сторону одной группы.

Цель этой когорты, основанная на предыдущих результатах, состоит в том, чтобы:

1. количественно определить уровень экспрессии генов-мишеней в опухолевых регуляторных T (Tregs) на уровне белка,
2. выполнить многопараметрический FACS-анализ образцов крови и опухолей пациентов, лечившихся в Институте Кюри, с раком молочной железы или яичников, и понять потенциал этих мишеней в качестве биомаркеров заболевания.

В контексте этой когорты ALCINA-4 № 4 для пациентов с грудью и яичниками будет собрано 40 мл крови и фрагменты опухоли, полученные в результате хирургического вмешательства (50 пациентов с грудью) или терапевтически необходимой биопсии (30 пациентов с яичниками). Никакие дополнительные биопсии, кроме тех, которые относятся к терапевтическому процессу, не будут выполняться в этом протоколе. Биопсия, выполняемая в рамках стандартной медицинской помощи, будет использоваться при наличии достаточного количества материала.

Целью этой когорты является определение частоты обнаружения циркулирующей опухолевой ДНК (цДНК) до и после операции в крови пациенток, получавших неоадъювантное лечение химиоиммунотерапией по поводу раннего тройного негативного рака молочной железы (ТНРМЖ).

Будут две подгруппы: пациенты, которые еще не начали неоадъювантное лечение (подгруппа 1), и пациенты, которые уже начали неоадъювантное лечение (подгруппа 2).

Биопсия опухолевого очага будет выполнена до начала неоадъювантного лечения (только для подгруппы 1). Сбор конституциональной ДНК, ДНК плазмы и циркулирующей опухолевой ДНК планируется в этой когорте в разные моменты времени.

Основная цель этой исследовательской когорты - охарактеризовать частоту обнаружения цДНК до и во время терапии T-DXd (трастузумаб дерукстекан) у пациентов с метастатическим раком молочной железы с низким уровнем HER2, требующих лечения T-DXd.

Биопсия опухоли будет выполнена после включения и до начала лечения в 1-й день 1-го цикла не менее чем у 30 пациентов. Сбор конституциональной ДНК планируется в этой когорте в разные моменты времени: Т1 и Т2 (до начала лечения) имеют решающее значение для оценки воспроизводимости жидких биомаркеров внутри пациента. T3 будет исследовать ответ на терапию, а T4 сосредоточится на механизмах резистентности.

Целью этой когорты является определение прогностического влияния обнаружения и мониторинга циркулирующей опухолевой ДНК у пациентов, получающих ингибитор CDK4/6 при адъювантном раке молочной железы.

50 мл крови будут собраны в пробирки с ЭДТА для конституциональной ДНК и плазмы для исследования циркулирующих биомаркеров в разные моменты времени (4 момента времени).