Analiza krążących markerów nowotworowych we krwi 4 - ALCINA 4 (ALCINA4)

Wykrywanie choroby resztkowej po operacji jest absolutnie kluczowe w onkologii, ponieważ wykrywanie to może pozwolić na personalizację leczenia pooperacyjnego w oparciu o obecność choroby resztkowej.

Laboratorium chce opracować nową technikę wykrywania krążącego DNA guza, opartą na rozpoznawaniu fragmentów translokacji w krążącym DNA poprzez płytkie sekwencjonowanie całego genomu. Jest to oryginalne podejście, które według naszej wiedzy nie zostało dotychczas przetestowane z przewidywanym podejściem bioinformatycznym i może potencjalnie być bardziej czułe niż techniki stosowane obecnie do wykrywania choroby resztkowej po chirurgicznym usunięciu zlokalizowanego (nieprzerzutowego) raka piersi.

Analiza skoncentruje się zatem na poszukiwaniu translokacji chromosomowych guza, które będą musiały zostać odróżnione od możliwych translokacji chromosomowych linii zarodkowej. Zbiór konstytucyjnego DNA jest zatem planowany w tej kohorcie.

Celem tej kohorty jest zbadanie roli, jaką zmiany w krążącym DNA nowotworu mogą odgrywać jako marker związany z odpowiedzią podczas chemioimmunoterapii.

Świeża biopsja (następnie przechowywana w stanie zamrożonym) jest wymagana do analizy profilu mutacji (która zostanie wykorzystana do śledzenia krążącego DNA nowotworu we krwi). Ponadto zostanie wykorzystany do analizy obecnie uznanych biologicznych czynników tkankowych odpowiedzi na chemioimmunoterapię (znakowanie PD-L1, obciążenie mutacyjne, ...) oraz do identyfikacji możliwych powiązań z krążącymi odmianami DNA nowotworu.

Analiza konstytucyjnego DNA jest niezbędna do określenia mutacji punktowych obecnych w guzie (w celu odróżnienia od polimorfizmów obecnych na poziomie konstytucyjnym), ponieważ określenie tych mutacji jest niezbędne do monitorowania krążącego DNA guza i dlatego zostanie zebrane.

Celem tej kohorty jest opracowanie nowych testów osocza, na przykład opartych na wykrywaniu translokacji chromosomowych krążącego DNA nowotworu.

Hipotezą jest, że testy te pozwoliłyby na wykrycie nawrotu choroby, przewidywanie skuteczności leczenia oraz monitorowanie skuteczności leczenia w różnych stadiach zaawansowania nowotworu u pacjentek z potrójnie ujemnym rakiem piersi, zarówno w fazie bez przerzutów, jak iz planowanym leczeniem neoadiuwantowym leczeniu lub w fazie przerzutów. Liczba inkluzji między tymi dwiema populacjami (neoadiuwantowymi i przerzutowymi) będzie monitorowana na poziomie operacyjnym, aby uniknąć nadmiernej nierównowagi w stosunku do jednej grupy.

Celem tej kohorty, w oparciu o wcześniejsze wyniki, jest:

1. ilościowe określenie poziomu ekspresji docelowych genów na regulatorowych T guza (Tregs) na poziomie białka,
2. przeprowadzić wieloparametryczną analizę FACS na próbkach krwi i guza od pacjentów leczonych w Instytucie Curie z rakiem piersi lub jajnika oraz zrozumieć potencjał tych celów jako biomarkerów choroby.

W ramach tej kohorty ALCINA-4 nr 4, od pacjentek z rakiem piersi i jajników zostanie pobrane 40 ml krwi i uzyskane fragmenty guza podczas operacji (50 pacjentek z rakiem piersi) lub wymaganej terapeutycznie biopsji (30 pacjentek z jajnikiem). W tym protokole nie będą wykonywane dodatkowe biopsje poza tymi, które należą do procesu terapeutycznego. Biopsje wykonane w ramach standardowej opieki zostaną wykorzystane, jeśli dostępna będzie wystarczająca ilość materiału.

Celem tej kohorty jest określenie wskaźnika wykrywalności krążącego DNA guza (ctDNA) przed i po operacji we krwi pacjentów, którzy otrzymali leczenie neoadjuwantowe z chemioimmunoterapią we wczesnym potrójnie ujemnym raku piersi (TNBC).

Będą dwie podgrupy: pacjenci, którzy nie rozpoczęli jeszcze leczenia neoadjuwantowego (podkohorta 1) oraz pacjenci, którzy już rozpoczęli leczenie neoadiuwantowe (podkohorta 2).

Biopsja zmiany nowotworowej zostanie wykonana przed rozpoczęciem leczenia neoadiuwantowego (tylko dla podkohorty 1). Zbieranie konstytucyjnego DNA, osocza i krążącego DNA nowotworu planuje się w tej kohorcie w różnych punktach czasowych.

Głównym celem tej eksploracyjnej kohorty jest scharakteryzowanie wskaźnika wykrywalności ctDNA przed i podczas terapii T-DXd (Trastuzumab deruxtecan) u pacjentek z przerzutowym rakiem piersi o niskim HER2, wymagających leczenia T-DXd.

Biopsja guza zostanie przeprowadzona po włączeniu i przed rozpoczęciem leczenia w dniu 1. cyklu u co najmniej 30 pacjentów. Pobieranie konstytucyjnego DNA jest planowane w tej kohorcie w różnych punktach czasowych: T1 i T2 (przed rozpoczęciem leczenia) mają kluczowe znaczenie dla oceny odtwarzalności płynnych biomarkerów wewnątrz pacjenta. T3 zbada odpowiedź na terapię, podczas gdy T4 skupi się na mechanizmach oporności.

Celem tej kohorty jest określenie prognostycznego wpływu wykrywania i monitorowania DNA krążącego nowotworu u pacjentów otrzymujących inhibitor CDK4/6 w leczeniu uzupełniającym raka piersi.

Do probówek z EDTA zostanie pobrane 50 ml krwi na konstytucyjne DNA i osocze do badań krążących biomarkerów w różnych punktach czasowych (4 punkty czasowe).

Celem tej kohorty jest oszacowanie częstości wykrycia ctDNA u pacjentek z rakiem piersi we wczesnym stadium podczas obserwacji w celu wcześniejszego wykrycia nawrotu przerzutów u pacjentek bezobjawowych.

Analiza ctDNA zostanie przeprowadzona przy użyciu różnych technik, w tym sekwencjonowania nowej generacji (NGS), z analizą tkanki nowotworowej lub bez niej, w ramach standardowej opieki.

Próbki krwi będą pobierane w ilości 40 ml w czterech punktach czasowych:

• zapisy,
• 6 miesięcy (+/- 15 dni),
• 12 miesięcy (+/- 15 dni),
• 18 miesięcy (+/- 15 dni) po włączeniu.

Celem tej kohorty jest:

• Wygeneruj dane na temat poziomów i charakteru krążącego DNA nowotworu w trakcie chemioimmunoterapii.
• Monitoruj ewolucję krążącej odpowiedzi immunologicznej w ramach ogólnoustrojowej chemioimmunoterapii.

Biopsja guza zostanie przeprowadzona po włączeniu i przed rozpoczęciem leczenia.

Próbki krwi po 50 ml zostaną pobrane w czterech punktach czasowych:

• Po włączeniu, przed rozpoczęciem leczenia neoadjuwantowego
• Na początku trzeciego cyklu (C3J1) leczenia neoadjuwantowego
• W czasie operacji (po leczeniu neoadjuwantowym)
• Na początku monitorowania, tj. 3 miesiące (+/- 1 miesiąc) po zabiegu.

Celem tej kohorty jest:

• Ocenić przeżycie wolne od nawrotów (RFS) po operacji R0/R1

• Ocena skuteczności leku Tebentafusp stosowanego podczas operacji u pacjentów z przerzutami czerniaka błony naczyniowej oka.

  3 podkohorty:

• Podkohorta 1: pacjenci z dodatnim wynikiem testu HLA-A*02:01, kwalifikujący się do operacji R0 i Tebentafusp (n=20)
• Podkohorta 2: pacjenci HLA-A*02:01-ujemni, kwalifikujący się do operacji R0 i immunoterapii przy następnym nawrocie (n=20)
• Podkohorta 3: Pacjenci z dodatnim wynikiem testu HLA-A*02:01, niekwalifikujący się do operacji R0, ale kwalifikujący się do leczenia Tebentafusp (n=20).

Biopsja guza zostanie przeprowadzona podczas operacji (podkohorty nr 1 i 2) lub po włączeniu (podkohorta nr 3).

Do probówek z EDTA zostanie pobrane 40 ml krwi na badanie konstytucyjnego DNA i krążącego DNA w osoczu w celu badania biomarkerów w 4 punktach czasowych.

Celem tej kohorty jest:

• Charakteryzacja kinetyki ctDNA podczas leczenia inhibitorem CDK4/6.
• Badanie związków między ctDNA a powszechnymi markerami surowicy.

• Badanie związków między ctDNA a markerami pochodzącymi z obrazowania metabolicznego.

  40 do 50 ml krwi zostanie pobrane do probówek STRECK w celu uzyskania DNA konstytucyjnego i krążącego DNA w osoczu do badań biomarkerów w różnych punktach czasowych.

Celem tej kohorty jest skorelowanie krążących biomarkerów z analizą molekularną ksenoprzeszczepów pochodzących od pacjentów (PDX) utworzonych z raków piersi.

10 ml krwi zostanie pobrane do probówek z EDTA w celu uzyskania DNA konstytucyjnego przy włączeniu do badania.

Próbki tkanki nowotworowej (dla PDX) zostaną pobrane przy włączeniu do badania w celu utworzenia PDX.