パーキンソン病の遺伝子診断のためのゲノムと RNA の組み合わせ塩基配列決定 (ParkOmic)
パーキンソン症候群の欠落している遺伝的原因の特定: ゲノムと RNA 配列による複合アプローチ
ハイスループット DNA シーケンシングの利用可能性と解析の進歩にもかかわらず、若年性パーキンソニズムまたは家族性パーキンソン病の患者の大多数は依然として分子診断を受けていません。
パーキンソン症候群の遺伝的形態の研究には、多くの臨床的、科学的、治療的関心がもたれています。 臨床現場では、患者の遺伝的原因を特定することで、遺伝カウンセリングを提供し、親族の再発リスクを推定することができます。 遺伝的に決定されたパーキンソニズム患者の遺伝子型と表現型の間の相関関係を確立すると、疾患の進行をより適切に予測したり、発症前の段階でバイオマーカーを強調したりすることさえ可能になります。 最後に、家族性パーキンソン病に関与するとされる遺伝子によってコードされるタンパク質は、たとえ散発性パーキンソン病であっても、神経保護薬理学的薬剤によって調節される可能性が高い潜在的な治療標的を表す。
この研究では、研究者らは、RNAと全ゲノム配列を組み合わせて応用することで、パーキンソニズムの欠落している遺伝的原因を解明することを目的としました。
調査の概要
詳細な説明
研究者らは、エクソーム配列決定後に特定の病原性の変異体が同定されなかった、若年性パーキンソニズムの患者 14 人を選択しました。
患者とその親族は、包含来院後に DNA 抽出のための血液サンプルの採取を受け、線維芽細胞培養のための皮膚生検および RNA 配列決定のための RNA 抽出を受けます。 ゲノム配列決定は、Illumina® HiSeq4000 シーケンサーで実行されます。
研究者は、RNA 配列決定のために RNA を抽出するために、線維芽細胞培養のために患者の皮膚生検も行います。 トランスクリプトームの研究に線維芽細胞解析を選択することは、神経変性疾患に関連すると考えられる脳内で発現する遺伝子が、血液などの臨床的にアクセス可能な他の組織よりも皮膚でより頻繁に発現されるという事実によって正当化されます。 皮膚生検は紹介する臨床医によって行われ、RNA 抽出は Quiagen® RNeasy キットを使用して行われます。
異常スプライシング (LeafCutter)、異常発現 (DESeq) および変異体の同定 (GATK + Varank) の検出を含む、シーケンスおよびデータのバイオインフォマティクス処理を含む RNA シーケンシングによるトランスクリプトーム解析も実行されます ゲノムデータは RNA からのデータと統合されます順序付け。 研究者らはこの戦略に従って14人の患者全員を分析する予定だ。
研究の種類
入学 (推定)
段階
- 適用できない
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前：THOMAS WIRTH
- 電話番号：+33 03.88.12.80.19
- メール：thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
研究場所
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Grand Est
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Strasbourg、Grand Est、フランス、67000
- 募集
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
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コンタクト：
- Thomas WIRTH
- 電話番号：0033388128919
- メール：thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
説明
包含基準:
- 40歳以前または40歳以降に始まる錐体外路症候群、または家族歴に関連する錐体外路症候群：
- ドーパミン作動性除神経はイオフルパン脳シンチグラフィー (DaTscan®) によって証明されました
- 無症状の両親のDNAがバイオバンクで入手可能
- 社会保障健康保険制度に加入している対象者または受給者または受給者
- 研究に関連する目的とリスクを理解し、日付と署名が入ったインフォームドコンセントを与えることができる被験者
除外基準:
- - プロトコールで規定されている表層皮膚生検の実施に対する禁忌
- パーキンソニズムの分子的原因は以前に特定されている
- ハイスループット DNA シーケンスによる事前の遺伝子探索の不在
- 家族歴のない遅発性散発性パーキンソン症候群患者（40歳以上）
- 特定の診断（遺伝的または非遺伝的病理：神経弛緩薬への曝露、毒性起源）を伴うパーキンソン症候群の患者
- 対象者に十分な情報を提供することができない
- 司法的保護下にある対象
- 後見または保佐の対象者
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
- 主な目的：診断
- 割り当て：なし
- 介入モデル：単一グループの割り当て
- マスキング：なし（オープンラベル）
武器と介入
参加者グループ / アーム |
介入・治療 |
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実験的：ゲノムとRNAの配列決定
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ハイスループットの DNA および RNA シーケンス
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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遺伝子診断率
時間枠：18ヶ月
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分子診断を受けずに早期発症または家族性パーキンソン症候群を呈する患者のコホート内で、RNA配列と組み合わせたゲノム配列によって得られる遺伝子診断の割合を推定する。
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18ヶ月
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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遺伝子の関与
時間枠：18ヶ月
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この研究で特定された各遺伝子に病原性バリアント、またはおそらく病原性バリアントを保有する患者の割合を推定する
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18ヶ月
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RNAシーケンスの貢献
時間枠：18ヶ月
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RNA シーケンスの寄与により二次的に検出され、単独で採取されたゲノムの分析では同定されなかった、病原性またはおそらく病原性のバリアントの割合を推定します。
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18ヶ月
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遺伝子型と表現型の相関
時間枠：18ヶ月
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特定された遺伝的原因（遺伝子型と表現型の相関関係）ごとに、特定の臨床的、生物学的、画像的特徴を示す患者の割合を推定します。
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18ヶ月
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新たな遺伝的原因
時間枠：18ヶ月
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パーキンソン症候群の新しい分子メカニズムを説明します。
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18ヶ月
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許容範囲
時間枠：18ヶ月
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処置に関連した有害事象を経験した患者の割合を推定します。
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18ヶ月
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新たに関連する遺伝子
時間枠：18ヶ月
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パーキンソン症候群に関連する新しい遺伝子について説明します。
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18ヶ月
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協力者と研究者
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (推定)
研究の完了 (推定)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
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