Sequenziamento combinato di genoma e RNA per la diagnosi genetica del parkinsonismo (ParkOmic)

I ricercatori hanno selezionato 14 pazienti con parkinsonismo a esordio precoce per i quali non era stata identificata alcuna variante di certa patogenicità dopo il sequenziamento dell'esoma.

I pazienti e i loro parenti effettueranno un prelievo di campioni di sangue dopo la visita di inclusione per l'estrazione del DNA, i pazienti riceveranno una biopsia cutanea per la coltura dei fibroblasti e l'estrazione dell'RNA per il sequenziamento dell'RNA. Il sequenziamento del genoma verrà eseguito su un sequenziatore Illumina® HiSeq4000.

I ricercatori eseguiranno anche biopsie cutanee sui pazienti per colture di fibroblasti al fine di estrarre l'RNA per il sequenziamento dell'RNA. La scelta dell'analisi dei fibroblasti per lo studio del trascrittoma è giustificata dal fatto che i geni espressi nel cervello che potrebbero essere associati a malattie neurodegenerative sono espressi più frequentemente nella pelle che in altri tessuti clinicamente accessibili come il sangue. Le biopsie cutanee verranno eseguite dai medici referenti e l'estrazione dell'RNA verrà effettuata utilizzando il kit Quiagen® RNeasy.

Verranno inoltre eseguite l'analisi del trascrittoma mediante sequenziamento dell'RNA compreso il sequenziamento e l'elaborazione bioinformatica dei dati, compreso il rilevamento di splicing aberrante (LeafCutter), espressioni aberranti (DESeq) e identificazione di varianti (GATK + Varank). I dati del genoma saranno integrati con i dati dell'RNA sequenziamento. Gli investigatori intendono analizzare tutti i 14 pazienti secondo questa strategia.