Secuenciación combinada de genoma y ARN para el diagnóstico genético del parkinsonismo (ParkOmic)
Identificación de las causas genéticas faltantes de los síndromes parkinsonianos: un enfoque combinado mediante secuenciación del genoma y ARN
A pesar de la creciente disponibilidad y los avances en el análisis de la secuenciación de ADN de alto rendimiento, la mayoría de los pacientes con parkinsonismo familiar o de inicio temprano permanecen sin un diagnóstico molecular.
El estudio de las formas genéticas de los síndromes parkinsonianos presenta numerosos intereses clínicos, científicos y terapéuticos. En la práctica clínica, identificar la causa genética en un paciente permite brindar asesoramiento genético y estimar el riesgo de recurrencia en sus familiares. Establecer correlaciones entre el genotipo y el fenotipo de pacientes con parkinsonismo determinado genéticamente permite anticipar mejor la evolución de la enfermedad o incluso resaltar biomarcadores durante las fases presintomáticas. Finalmente, las proteínas codificadas por los genes implicados en el parkinsonismo familiar representan posibles dianas terapéuticas que probablemente sean moduladas por agentes farmacológicos neuroprotectores, incluso en la enfermedad de Parkinson esporádica.
En este trabajo, los investigadores se propusieron dilucidar las causas genéticas faltantes del parkinsonismo mediante la aplicación de secuenciación combinada de ARN y genoma completo.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Los investigadores seleccionaron a 14 pacientes con parkinsonismo de inicio temprano para quienes no se había identificado ninguna variante de cierta patogenicidad después de la secuenciación del exoma.
A los pacientes y sus familiares se les tomará una muestra de sangre después de la visita de inclusión para la extracción de ADN, los pacientes recibirán una biopsia de piel para cultivo de fibroblastos y extracción de ARN para secuenciación de ARN. La secuenciación del genoma se realizará en un secuenciador Illumina® HiSeq4000.
Los investigadores también realizarán biopsias de piel en pacientes para cultivos de fibroblastos con el fin de extraer ARN para su secuenciación. La elección del análisis de fibroblastos para el estudio del transcriptoma se justifica por el hecho de que los genes expresados en el cerebro que probablemente estén asociados con enfermedades neurodegenerativas se expresan con mayor frecuencia en la piel que en otros tejidos clínicamente accesibles, como la sangre. Los médicos remitentes realizarán biopsias de piel y la extracción de ARN se realizará utilizando el kit Quiagen® RNeasy.
También se llevará a cabo el análisis del transcriptoma mediante secuenciación de ARN, incluida la secuenciación y el procesamiento bioinformático de datos, incluida la detección de empalmes aberrantes (LeafCutter), expresiones aberrantes (DESeq) y la identificación de variantes (GATK + Varank). Los datos del genoma se integrarán con los datos del ARN. secuenciación. Los investigadores planean analizar a los 14 pacientes de acuerdo con esta estrategia.
Tipo de estudio
Inscripción (Estimado)
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: THOMAS WIRTH
- Número de teléfono: +33 03.88.12.80.19
- Correo electrónico: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
Ubicaciones de estudio
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Grand Est
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Strasbourg, Grand Est, Francia, 67000
- Reclutamiento
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
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Contacto:
- Thomas WIRTH
- Número de teléfono: 0033388128919
- Correo electrónico: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
-
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Descripción
Criterios de inclusión:
- Síndrome extrapiramidal que comienza antes o a la edad de 40 años o asociado con antecedentes familiares:
- Denervación dopaminérgica demostrada mediante gammagrafía cerebral con ioflupano (DaTscan®)
- ADN de ambos padres asintomáticos disponibles en biobanco
- Sujeto afiliado a un régimen de seguro de salud de protección social o beneficiario o beneficiario
- Sujeto capaz de comprender los objetivos y riesgos relacionados con la investigación y de dar su consentimiento informado fechado y firmado.
Criterios de exclusión:
- - Contraindicación para la realización de una biopsia cutánea superficial prevista por el protocolo.
- Causa molecular del parkinsonismo identificada previamente
- Ausencia de exploración genética previa mediante secuenciación de ADN de alto rendimiento
- Paciente con síndrome parkinsoniano esporádico de inicio tardío (>40 años) sin antecedentes familiares
- Paciente con síndrome de Parkinson asociado a un diagnóstico específico (patología genética o no genética: exposición a neurolépticos, origen tóxico)
- Imposibilidad de proporcionar al sujeto información informada.
- Sujeto bajo protección judicial
- Sujeto bajo tutela o curaduría
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Diagnóstico
- Asignación: N / A
- Modelo Intervencionista: Asignación de un solo grupo
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Experimental: Secuenciación del genoma y del ARN.
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Secuenciación de ADN y ARN de alto rendimiento
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Tasa de diagnóstico genético
Periodo de tiempo: 18 meses
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Estimar la tasa de diagnósticos genéticos obtenidos mediante secuenciación del genoma junto con secuenciación de ARN dentro de una cohorte de pacientes que presentan síndromes parkinsonianos familiares o de aparición temprana sin diagnóstico molecular.
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18 meses
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Genes implicados
Periodo de tiempo: 18 meses
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Estimar la proporción de pacientes portadores de variantes patogénicas o probablemente patogénicas en cada uno de los genes identificados en este trabajo.
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18 meses
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Contribución de la secuenciación de ARN.
Periodo de tiempo: 18 meses
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Estimar la proporción de variantes patógenas o probablemente patógenas detectadas secundariamente gracias a la contribución de la secuenciación del ARN y no identificadas mediante análisis del genoma tomado de forma aislada.
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18 meses
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Correlación de genotipo y fenotipo.
Periodo de tiempo: 18 meses
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Estimar la proporción de pacientes que presentan características clínicas, biológicas y de imagen específicas para cada causa genética identificada (correlación genotipo/fenotipo).
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18 meses
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Nuevas causas genéticas
Periodo de tiempo: 18 meses
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Describir nuevos mecanismos moleculares de los síndromes parkinsonianos.
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18 meses
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Tolerancia
Periodo de tiempo: 18 meses
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Calcule la proporción de pacientes que experimentan un evento adverso relacionado con el procedimiento.
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18 meses
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Nuevos genes asociados
Periodo de tiempo: 18 meses
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Describir nuevos genes asociados a síndromes parkinsonianos.
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18 meses
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Estimado)
Finalización del estudio (Estimado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
- Sinucleinopatías
- Enfermedades Cerebrales
- Enfermedades del Sistema Nervioso Central
- Enfermedades del Sistema Nervioso
- Enfermedades neurodegenerativas
- Trastornos del movimiento
- Trastornos Parkinsonianos
- Enfermedades de los ganglios basales
- Enfermedad de Parkinson
- Estructuras genéticas
- Fenómeno genético
- Estructura molecular
- Fenómenos bioquímicos
- Fenómenos químicos
- Secuencia base
Otros números de identificación del estudio
- 9320
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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