Sequenciamento combinado de genoma e RNA para diagnóstico genético de parkinsonismo (ParkOmic)
Identificação das causas genéticas ausentes das síndromes parkinsonianas: uma abordagem combinada por sequenciamento de genoma e RNA
Apesar da crescente disponibilidade e dos avanços na análise do sequenciamento de DNA de alto rendimento, a maioria dos pacientes com parkinsonismo de início precoce ou familiar permanece sem diagnóstico molecular.
O estudo das formas genéticas das síndromes parkinsonianas apresenta inúmeros interesses clínicos, científicos e terapêuticos. Na prática clínica, identificar a causa genética em um paciente permite fornecer aconselhamento genético e estimar o risco de recorrência em seus familiares. Estabelecer correlações entre o genótipo e o fenótipo de pacientes com parkinsonismo geneticamente determinado permite antecipar melhor a evolução da doença, ou mesmo destacar biomarcadores durante as fases pré-sintomáticas. Finalmente, as proteínas codificadas pelos genes implicados no parkinsonismo familiar representam potenciais alvos terapêuticos susceptíveis de serem modulados por agentes farmacológicos neuroprotectores, mesmo na doença de Parkinson esporádica.
Neste trabalho, os investigadores tiveram como objetivo elucidar as causas genéticas ausentes do parkinsonismo através da aplicação de RNA combinado e sequenciamento do genoma completo.
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
Os investigadores selecionaram 14 pacientes com parkinsonismo de início precoce para os quais nenhuma variante de patogenicidade certa foi identificada após o sequenciamento do exoma.
Os pacientes e seus familiares farão uma coleta de amostra de sangue após a visita de inclusão para extração de DNA, os pacientes receberão uma biópsia de pele para cultura de fibroblastos e extração de RNA para sequenciamento de RNA. O sequenciamento do genoma será realizado em um sequenciador Illumina® HiSeq4000.
Os investigadores também realizarão biópsias de pele em pacientes para culturas de fibroblastos, a fim de extrair RNA para sequenciamento de RNA. A escolha da análise de fibroblastos para o estudo do transcriptoma justifica-se pelo fato de que genes expressos no cérebro provavelmente associados a doenças neurodegenerativas são mais frequentemente expressos na pele do que em outros tecidos clinicamente acessíveis, como o sangue. As biópsias de pele serão realizadas pelos médicos solicitantes e a extração de RNA será realizada com o kit Quiagen® RNeasy.
Análise do transcriptoma por sequenciamento de RNA incluindo sequenciamento e processamento bioinformático de dados, incluindo detecção de splicing aberrante (LeafCutter), expressões aberrantes (DESeq) e identificação de variantes (GATK + Varank) também serão realizadas. Dados do genoma serão integrados com dados de RNA sequenciamento. Os investigadores planejam analisar todos os 14 pacientes de acordo com esta estratégia.
Tipo de estudo
Inscrição (Estimado)
Estágio
- Não aplicável
Contactos e Locais
Contato de estudo
- Nome: THOMAS WIRTH
- Número de telefone: +33 03.88.12.80.19
- E-mail: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
Locais de estudo
-
-
Grand Est
-
Strasbourg, Grand Est, França, 67000
- Recrutamento
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
-
Contato:
- Thomas WIRTH
- Número de telefone: 0033388128919
- E-mail: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
-
-
Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Descrição
Critérios de inclusão:
- Síndrome extrapiramidal com início antes ou aos 40 anos ou associada a história familiar:
- Denervação dopaminérgica comprovada por cintilografia cerebral com ioflupano (DaTscan®)
- DNAs de ambos os pais assintomáticos disponíveis no biobanco
- Sujeito inscrito em regime de seguro de saúde de proteção social ou beneficiário ou beneficiário
- Sujeito capaz de compreender os objetivos e riscos relacionados à pesquisa e de dar consentimento informado datado e assinado
Critérios de exclusão:
- - Contraindicação para realização de biópsia cutânea superficial prevista no protocolo
- Causa molecular do parkinsonismo previamente identificada
- Ausência de exploração genética prévia por sequenciamento de DNA de alto rendimento
- Paciente com síndrome parkinsoniana esporádica de início tardio (> 40 anos) sem histórico familiar
- Doente com síndrome de Parkinson associada a um diagnóstico específico (patologia genética ou não genética: exposição a neurolépticos, origem tóxica)
- Impossibilidade de fornecer ao sujeito informações informadas
- Sujeito sob proteção judicial
- Sujeito sob tutela ou curadoria
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Finalidade Principal: Diagnóstico
- Alocação: N / D
- Modelo Intervencional: Atribuição de grupo único
- Mascaramento: Nenhum (rótulo aberto)
Armas e Intervenções
Grupo de Participantes / Braço |
Intervenção / Tratamento |
|---|---|
|
Experimental: Sequenciamento de genoma e RNA
|
Sequenciamento de DNA e RNA de alto rendimento
|
O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
|
Taxa de diagnóstico genético
Prazo: 18 meses
|
Estimar a taxa de diagnósticos genéticos obtidos por sequenciamento do genoma acoplado ao sequenciamento de RNA em uma coorte de pacientes que apresentam síndromes parkinsonianas de início precoce ou familiares sem diagnóstico molecular.
|
18 meses
|
Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
|
Genes implicados
Prazo: 18 meses
|
Estimar a proporção de pacientes portadores de variantes patogênicas ou provavelmente patogênicas em cada um dos genes identificados neste trabalho
|
18 meses
|
|
Contribuição do sequenciamento de RNA
Prazo: 18 meses
|
Estimar a proporção de variantes patogênicas ou provavelmente patogênicas detectadas secundariamente graças à contribuição do sequenciamento de RNA e não identificadas pela análise do genoma isoladamente.
|
18 meses
|
|
Correlação genótipo e fenótipo
Prazo: 18 meses
|
Estimar a proporção de pacientes que apresentam características clínicas, biológicas e de imagem específicas para cada causa genética identificada (correlação genótipo/fenótipo).
|
18 meses
|
|
Novas causas genéticas
Prazo: 18 meses
|
Descrever novos mecanismos moleculares das síndromes parkinsonianas.
|
18 meses
|
|
Tolerância
Prazo: 18 meses
|
Estime a proporção de pacientes que apresentam um evento adverso relacionado ao procedimento.
|
18 meses
|
|
Novos genes associados
Prazo: 18 meses
|
Descrever novos genes associados às síndromes parkinsonianas.
|
18 meses
|
Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Estimado)
Conclusão do estudo (Estimado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Termos MeSH relevantes adicionais
- Sinucleinopatias
- Doenças Cerebrais
- Doenças do Sistema Nervoso Central
- Doenças do Sistema Nervoso
- Doenças Neurodegenerativas
- Distúrbios do Movimento
- Distúrbios parkinsonianos
- Doenças dos Gânglios da Base
- Doença de Parkinson
- Estruturas genéticas
- Fenômenos genéticos
- Estrutura molecular
- Fenômenos bioquímicos
- Fenômenos químicos
- Sequência base
Outros números de identificação do estudo
- 9320
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
Essas informações foram obtidas diretamente do site clinicaltrials.gov sem nenhuma alteração. Se você tiver alguma solicitação para alterar, remover ou atualizar os detalhes do seu estudo, entre em contato com register@clinicaltrials.gov. Assim que uma alteração for implementada em clinicaltrials.gov, ela também será atualizada automaticamente em nosso site .