Yhdistetty genomi- ja RNA-sekvensointi parkinsonismin geneettiseen diagnoosiin (ParkOmic)
Parkinsonin oireyhtymän puuttuvien geneettisten syiden tunnistaminen: genomin ja RNA:n sekvensoinnin yhdistetty lähestymistapa
Huolimatta korkean suorituskyvyn DNA-sekvensoinnin lisääntyvästä saatavuudesta ja analyysin edistymisestä, suurin osa potilaista, joilla on varhainen tai familiaalinen parkinsonismi, jää ilman molekyylidiagnoosia.
Parkinsonin oireyhtymän geneettisten muotojen tutkiminen tarjoaa lukuisia kliinisiä, tieteellisiä ja terapeuttisia kiinnostuksen kohteita. Kliinisessä käytännössä potilaan geneettisen syyn tunnistaminen mahdollistaa geneettisen neuvonnan ja sukulaisten uusiutumisriskin arvioinnin. Geneettisesti määräytyneen parkinsonismipotilaiden genotyypin ja fenotyypin välisten korrelaatioiden määrittäminen mahdollistaa taudin kehittymisen ennakoinnin paremmin tai jopa biomarkkerien esille tuomisen oireettoman vaiheen aikana. Lopuksi, familiaaliseen parkinsonismiin liittyvien geenien koodaamat proteiinit edustavat mahdollisia terapeuttisia kohteita, joita neuroprotektiiviset farmakologiset aineet todennäköisesti moduloivat, jopa satunnaisessa Parkinsonin taudissa.
Tässä työssä tutkijat pyrkivät selvittämään parkinsonismin puuttuvia geneettisiä syitä käyttämällä yhdistettyä RNA:ta ja koko genomin sekvensointia.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Tutkijat valitsivat 14 potilasta, joilla oli varhain alkanut parkinsonismi, joille ei ollut tunnistettu tietyn patogeenisuuden varianttia eksomisekvensoinnin jälkeen.
Potilaille ja heidän omaisilleen otetaan verinäyte inkluusiokäynnin jälkeen DNA-poistoa varten, potilaat saavat ihobiopsian fibroblastiviljelyä varten ja RNA-poisto RNA-sekvensointia varten. Genomisekvensointi suoritetaan Illumina® HiSeq4000 -sekvensoijalla.
Tutkijat tekevät myös potilaille ihobiopsiat fibroblastiviljelmiä varten RNA:n erottamiseksi RNA-sekvensointia varten. Fibroblastianalyysin valinta transkription tutkimukseen on perusteltua sillä, että aivoissa ilmentyvät geenit, jotka todennäköisesti liittyvät hermostoa rappeutuviin sairauksiin, ilmentyvät useammin ihossa kuin muissa kliinisesti saatavilla olevissa kudoksissa, kuten veressä. Lähettäneet lääkärit tekevät ihobiopsiat ja RNA:n uutto suoritetaan Quiagen® RNeasy -sarjan avulla.
Transkriptomianalyysi RNA-sekvensoinnilla, mukaan lukien sekvensointi ja tietojen bioinformatiikka, mukaan lukien poikkeavien silmukointien (LeafCutter), poikkeavien ilmentymien (DESeq) ja varianttien tunnistamisen (GATK + Varank) havaitseminen. Genomitiedot integroidaan RNA:sta saatuihin tietoihin sekvensointi. Tutkijat aikovat analysoida kaikki 14 potilasta tämän strategian mukaisesti.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: THOMAS WIRTH
- Puhelinnumero: +33 03.88.12.80.19
- Sähköposti: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
Opiskelupaikat
-
-
Grand Est
-
Strasbourg, Grand Est, Ranska, 67000
- Rekrytointi
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
-
Ottaa yhteyttä:
- Thomas WIRTH
- Puhelinnumero: 0033388128919
- Sähköposti: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällön kriteerit:
- Ekstrapyramidaalinen oireyhtymä, joka alkaa ennen tai 40 vuoden iässä tai liittyy suvussa:
- Dopaminerginen denervaatio, joka on todistettu ioflupaaniaivojen tuiketutkimuksella (DaTscan®)
- Molempien oireettomien vanhempien DNA:t saatavilla biopankista
- Sosiaaliturvan sairausvakuutusjärjestelmään kuuluva henkilö tai edunsaaja tai edunsaaja
- Tutkittava ymmärtää tutkimukseen liittyvät tavoitteet ja riskit sekä antaa päivätyn ja allekirjoitetun tietoisen suostumuksen
Poissulkemiskriteerit:
- - Protokollan mukaisen pinnallisen ihobiopsian suorittamisen vasta-aihe
- Parkinsonismin molekyylisyy on aiemmin tunnistettu
- Aiemman geneettisen tutkimuksen puuttuminen korkean suorituskyvyn DNA-sekvensoinnilla
- Potilas, jolla on myöhään alkanut satunnainen parkinsonin oireyhtymä (> 40 vuotta) ilman sukuhistoriaa
- Potilas, jolla on tiettyyn diagnoosiin liittyvä Parkinsonin oireyhtymä (geneettinen tai ei-geneettinen patologia: altistuminen neurolepteille, myrkyllinen alkuperä)
- On mahdotonta tarjota tutkittavalle perusteltua tietoa
- Oikeussuojan alainen aihe
- Aihe on holhouksen tai huoltajan alainen
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei käytössä
- Inventiomalli: Yksittäinen ryhmätehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: Genomin ja RNA:n sekvensointi
|
Tehokas DNA- ja RNA-sekvensointi
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Geneettisen diagnoosin määrä
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Arvioida genomin sekvensoinnilla ja RNA-sekvensoinnilla saatujen geneettisten diagnoosien määrä potilaiden kohortissa, joilla on varhain alkanut tai familiaalinen parkinsonin oireyhtymä ilman molekyylidiagnoosia.
|
18 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Geenit osallisina
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Arvioi niiden potilaiden osuus, jotka kantavat patogeenisiä tai todennäköisesti patogeenisiä variantteja kussakin tässä työssä tunnistetussa geenissä
|
18 kuukautta
|
|
RNA-sekvensoinnin osuus
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Arvioi niiden patogeenisten tai todennäköisesti patogeenisten varianttien osuus, jotka havaitaan toissijaisesti RNA-sekvensoinnin myötä ja joita ei tunnisteta genomin analysoinnilla erikseen otettuna.
|
18 kuukautta
|
|
Genotyypin ja fenotyypin korrelaatio
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Arvioi niiden potilaiden osuus, joilla on erityisiä kliinisiä, biologisia ja kuvantamisominaisuuksia kunkin tunnistetun geneettisen syyn osalta (genotyypin/fenotyypin korrelaatio).
|
18 kuukautta
|
|
Uusia geneettisiä syitä
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Kuvaile parkinsonin oireyhtymän uusia molekyylimekanismeja.
|
18 kuukautta
|
|
Toleranssi
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Arvioi niiden potilaiden osuus, joilla on toimenpiteeseen liittyvä haittatapahtuma.
|
18 kuukautta
|
|
Uudet liittyvät geenit
Aikaikkuna: 18 kuukautta
|
Kuvaile uusia parkinsonin oireyhtymiin liittyviä geenejä.
|
18 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- Synukleinopatiat
- Aivojen sairaudet
- Keskushermoston sairaudet
- Hermoston sairaudet
- Neurodegeneratiiviset sairaudet
- Liikkumishäiriöt
- Parkinsonin häiriöt
- Basal ganglia -taudit
- Parkinsonin tauti
- Geneettiset rakenteet
- Geneettiset ilmiöt
- Molekyylirakenne
- Biokemialliset ilmiöt
- Kemialliset ilmiöt
- Perussekvenssi
Muut tutkimustunnusnumerot
- 9320
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .