Комбинированное секвенирование генома и РНК для генетической диагностики паркинсонизма (ParkOmic)
Идентификация недостающих генетических причин синдромов Паркинсона: комбинированный подход с помощью секвенирования генома и РНК
Несмотря на растущую доступность и достижения в анализе высокопроизводительного секвенирования ДНК, большинство пациентов с ранним или семейным паркинсонизмом остаются без молекулярного диагноза.
Изучение генетических форм паркинсонических синдромов представляет многочисленные клинические, научные и терапевтические интересы. В клинической практике выявление генетической причины у пациента позволяет провести генетическое консультирование и оценить риск рецидива у его родственников. Установление корреляций между генотипом и фенотипом больных генетически детерминированным паркинсонизмом позволяет лучше прогнозировать развитие заболевания или даже выделять биомаркеры на предсимптомных стадиях. Наконец, белки, кодируемые генами, участвующими в семейном паркинсонизме, представляют собой потенциальные терапевтические мишени, которые, вероятно, будут модулироваться нейропротекторными фармакологическими агентами даже при спорадической болезни Паркинсона.
В этой работе исследователи стремились выяснить недостающие генетические причины паркинсонизма посредством применения комбинированного секвенирования РНК и полногеномного секвенирования.
Обзор исследования
Статус
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Исследователи выбрали 14 пациентов с ранним паркинсонизмом, у которых после секвенирования экзома не было выявлено вариантов определенной патогенности.
После визита для выделения ДНК у пациентов и их родственников будет взят образец крови, пациенты получат биопсию кожи для культуры фибробластов и экстракцию РНК для секвенирования РНК. Секвенирование генома будет проводиться на секвенаторе Illumina® HiSeq4000.
Исследователи также будут выполнять биопсию кожи пациентов для получения культуры фибробластов, чтобы извлечь РНК для секвенирования РНК. Выбор анализа фибробластов для исследования транскриптома оправдан тем фактом, что гены, экспрессируемые в головном мозге, которые, вероятно, связаны с нейродегенеративными заболеваниями, чаще экспрессируются в коже, чем в других клинически доступных тканях, таких как кровь. Биопсия кожи будет выполняться направляющими врачами, а экстракция РНК будет осуществляться с использованием набора Quiagen® RNeasy.
Также будет проведен транскриптомный анализ путем секвенирования РНК, включая секвенирование и биоинформационную обработку данных, включая обнаружение аберрантного сплайсинга (LeafCutter), аберрантных экспрессий (DESeq) и идентификацию вариантов (GATK + Varank). Данные генома будут интегрированы с данными из РНК. секвенирование. Следователи планируют проанализировать всех 14 пациентов в соответствии с этой стратегией.
Тип исследования
Регистрация (Оцененный)
Фаза
- Непригодный
Контакты и местонахождение
Контакты исследования
- Имя: THOMAS WIRTH
- Номер телефона: +33 03.88.12.80.19
- Электронная почта: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
Места учебы
-
-
Grand Est
-
Strasbourg, Grand Est, Франция, 67000
- Рекрутинг
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
-
Контакт:
- Thomas WIRTH
- Номер телефона: 0033388128919
- Электронная почта: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Описание
Критерии включения:
- Экстрапирамидный синдром, начинающийся до или в возрасте 40 лет или связанный с семейным анамнезом:
- Дофаминергическая денервация, подтвержденная сцинтиграфией головного мозга с иофлупаном (DaTscan®)
- ДНК от обоих бессимптомных родителей доступны в биобанке
- Субъект, аффилированный со схемой социального медицинского страхования или бенефициаром или бенефициаром
- Субъект способен понимать цели и риски, связанные с исследованием, и дать датированное и подписанное информированное согласие.
Критерии исключения:
- - Противопоказания к проведению поверхностной биопсии кожи, предусмотренные протоколом.
- Молекулярная причина паркинсонизма ранее выявлена
- Отсутствие предварительного генетического исследования с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК.
- Пациент со спорадическим паркинсоническим синдромом с поздним началом (> 40 лет) без семейного анамнеза.
- Пациент с синдромом Паркинсона, связанным с конкретным диагнозом (генетическая или негенетическая патология: воздействие нейролептиков, токсического происхождения)
- Невозможность предоставления субъекту достоверной информации.
- Объект под судебной защитой
- Объект под опекой или попечительством
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Основная цель: Диагностика
- Распределение: Н/Д
- Интервенционная модель: Одногрупповое задание
- Маскировка: Нет (открытая этикетка)
Оружие и интервенции
Группа участников / Армия |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Экспериментальный: Геном и секвенирование РНК
|
Высокопроизводительное секвенирование ДНК и РНК
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Уровень генетической диагностики
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Оценить частоту генетических диагнозов, полученных с помощью секвенирования генома в сочетании с секвенированием РНК в группе пациентов с ранним началом или семейным паркинсоническим синдромом без молекулярного диагноза.
|
18 месяцев
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Замешаны гены
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Оценить долю пациентов, несущих патогенные или вероятно патогенные варианты каждого из генов, выявленных в этой работе.
|
18 месяцев
|
|
Вклад секвенирования РНК
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Оцените долю патогенных или вероятно патогенных вариантов, выявленных вторично благодаря секвенированию РНК и не идентифицированных при анализе изолированного генома.
|
18 месяцев
|
|
Корреляция генотипа и фенотипа
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Оцените долю пациентов с конкретными клиническими, биологическими и визуализирующими характеристиками для каждой выявленной генетической причины (корреляция генотипа/фенотипа).
|
18 месяцев
|
|
Новые генетические причины
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Описать новые молекулярные механизмы паркинсонических синдромов.
|
18 месяцев
|
|
Толерантность
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Оцените долю пациентов, у которых возникли нежелательные явления, связанные с процедурой.
|
18 месяцев
|
|
Новые ассоциированные гены
Временное ограничение: 18 месяцев
|
Опишите новые гены, связанные с синдромом паркинсона.
|
18 месяцев
|
Соавторы и исследователи
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
- Синуклеинопатии
- Заболевания головного мозга
- Заболевания центральной нервной системы
- Заболевания нервной системы
- Нейродегенеративные заболевания
- Двигательные расстройства
- Паркинсонические расстройства
- Заболевания базальных ганглиев
- Болезнь Паркинсона
- Генетические структуры
- Генетические явления
- Молекулярная структура
- Биохимические явления
- Химические явления
- Базовая последовательность
Другие идентификационные номера исследования
- 9320
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .