Kombinované sekvenování genomu a RNA pro genetickou diagnostiku parkinsonismu (ParkOmic)
Identifikace chybějících genetických příčin parkinsonských syndromů: kombinovaný přístup pomocí genomu a sekvenování RNA
Navzdory rostoucí dostupnosti a pokroku v analýze vysoce výkonného sekvenování DNA zůstává většina pacientů s časným nebo familiárním parkinsonismem bez molekulární diagnózy.
Studium genetických forem parkinsonských syndromů představuje řadu klinických, vědeckých a terapeutických zájmů. V klinické praxi umožňuje identifikace genetické příčiny u pacienta poskytnout genetické poradenství a odhadnout riziko recidivy u jeho příbuzných. Stanovení korelací mezi genotypem a fenotypem pacientů s geneticky podmíněným parkinsonismem umožňuje lépe předvídat vývoj onemocnění nebo dokonce zvýraznit biomarkery během presymptomatických fází. A konečně, proteiny kódované geny zapojenými do familiárního parkinsonismu představují potenciální terapeutické cíle, které mohou být modulovány neuroprotektivními farmakologickými činidly, dokonce i u sporadické Parkinsonovy choroby.
V této práci se výzkumníci zaměřili na objasnění chybějících genetických příčin parkinsonismu pomocí aplikace kombinovaného sekvenování RNA a celého genomu.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Vyšetřovatelé vybrali 14 pacientů s časným nástupem parkinsonismu, u kterých nebyla po sekvenování exomu identifikována žádná varianta určité patogenity.
Pacientům a jejich příbuzným bude po inkluzní návštěvě odebrán vzorek krve pro extrakci DNA, pacienti obdrží kožní biopsii pro kultivaci fibroblastů a extrakci RNA pro sekvenování RNA. Sekvenování genomu bude provedeno na sekvenátoru Illumina® HiSeq4000.
Vyšetřovatelé budou také provádět biopsie kůže pacientů na fibroblastové kultury, aby extrahovali RNA pro sekvenování RNA. Volba analýzy fibroblastů pro studium transkriptomu je odůvodněna skutečností, že geny exprimované v mozku, které pravděpodobně souvisí s neurodegenerativními onemocněními, jsou častěji exprimovány v kůži než v jiných klinicky dostupných tkáních, jako je krev. Biopsie kůže budou prováděny doporučujícími lékaři a extrakce RNA bude provedena pomocí soupravy Quiagen® RNeasy.
Analýza transkriptomu sekvenováním RNA včetně sekvenování a bioinformatického zpracování dat, včetně detekce aberantního sestřihu (LeafCutter), aberantních expresí (DESeq) a identifikace variant (GATK + Varank) Bude provedena také integrace genomových dat s daty z RNA sekvenování. Vyšetřovatelé plánují analyzovat všech 14 pacientů podle této strategie.
Typ studie
Zápis (Odhadovaný)
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: THOMAS WIRTH
- Telefonní číslo: +33 03.88.12.80.19
- E-mail: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
Studijní místa
-
-
Grand Est
-
Strasbourg, Grand Est, Francie, 67000
- Nábor
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
-
Kontakt:
- Thomas WIRTH
- Telefonní číslo: 0033388128919
- E-mail: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Popis
Kritéria zahrnutí:
- Extrapyramidový syndrom začínající před nebo ve věku 40 let nebo spojený s rodinnou anamnézou:
- Dopaminergní denervace prokázaná ioflupanovou scintigrafií mozku (DaTscan®)
- DNA od obou asymptomatických rodičů dostupné v biobance
- Subjekt zapojený do systému zdravotního pojištění sociální ochrany nebo oprávněná osoba nebo oprávněná osoba
- Subjekt je schopen porozumět cílům a rizikům souvisejícím s výzkumem a dát datovaný a podepsaný informovaný souhlas
Kritéria vyloučení:
- - Kontraindikace pro provedení povrchové kožní biopsie stanovená protokolem
- Molekulární příčina parkinsonismu dříve identifikovaná
- Absence předchozího genetického průzkumu pomocí vysoce výkonného sekvenování DNA
- Pacient s pozdním sporadickým parkinsonským syndromem (> 40 let) bez rodinné anamnézy
- Pacient s Parkinsonovým syndromem spojeným se specifickou diagnózou (genetická nebo negenetická patologie: expozice neuroleptikům, toxického původu)
- Nemožnost poskytnout subjektu informované informace
- Předmět pod soudní ochranou
- Subjekt pod opatrovnictvím nebo opatrovnictvím
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Diagnostický
- Přidělení: N/A
- Intervenční model: Přiřazení jedné skupiny
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Sekvenování genomu a RNA
|
Vysoce výkonné sekvenování DNA a RNA
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Míra genetické diagnózy
Časové okno: 18 měsíců
|
Odhadnout míru genetických diagnóz získaných sekvenováním genomu ve spojení se sekvenováním RNA v rámci kohorty pacientů s časným nástupem nebo familiárním parkinsonským syndromem bez molekulární diagnózy.
|
18 měsíců
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Zapojené geny
Časové okno: 18 měsíců
|
Odhadněte podíl pacientů nesoucích patogenní nebo pravděpodobně patogenní varianty v každém z genů identifikovaných v této práci
|
18 měsíců
|
|
Přínos sekvenování RNA
Časové okno: 18 měsíců
|
Odhadněte podíl patogenních nebo pravděpodobně patogenních variant detekovaných sekundárně díky příspěvku sekvenování RNA a neidentifikovaných analýzou izolovaného genomu.
|
18 měsíců
|
|
Korelace genotypu a fenotypu
Časové okno: 18 měsíců
|
Odhadněte podíl pacientů vykazujících specifické klinické, biologické a zobrazovací charakteristiky pro každou identifikovanou genetickou příčinu (korelace genotyp/fenotyp).
|
18 měsíců
|
|
Nové genetické příčiny
Časové okno: 18 měsíců
|
Popište nové molekulární mechanismy parkinsonských syndromů.
|
18 měsíců
|
|
Tolerance
Časové okno: 18 měsíců
|
Odhadněte podíl pacientů, u kterých se vyskytla nežádoucí příhoda související s výkonem.
|
18 měsíců
|
|
Nové související geny
Časové okno: 18 měsíců
|
Popište nové geny spojené s parkinsonskými syndromy.
|
18 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Odhadovaný)
Dokončení studie (Odhadovaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
- Synukleinopatie
- Onemocnění mozku
- Onemocnění centrálního nervového systému
- Nemoci nervového systému
- Neurodegenerativní onemocnění
- Poruchy pohybu
- Parkinsonské poruchy
- Bazální gangliové choroby
- Parkinsonova choroba
- Genetické struktury
- Genetické jevy
- Molekulární struktura
- Biochemické jevy
- Chemické jevy
- Základní sekvence
Další identifikační čísla studie
- 9320
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .