파킨슨병의 유전적 진단을 위한 결합된 게놈 및 RNA 시퀀싱 (ParkOmic)
파킨슨병 증후군의 누락된 유전적 원인 식별: 게놈과 RNA 시퀀싱을 결합한 접근 방식
처리량이 많은 DNA 시퀀싱 분석의 가용성과 발전이 증가하고 있음에도 불구하고, 조기 발병 또는 가족성 파킨슨증 환자의 대다수는 분자 진단 없이 남아 있습니다.
파킨슨병 증후군의 유전적 형태를 연구하는 것은 수많은 임상적, 과학적, 치료적 관심을 불러일으킵니다. 임상 실습에서 환자의 유전적 원인을 확인하면 유전 상담을 제공하고 친척의 재발 위험을 추정할 수 있습니다. 유전적으로 결정된 파킨슨증 환자의 유전자형과 표현형 사이의 상관관계를 확립하면 질병의 진행을 더 잘 예측할 수 있으며 심지어 증상 발현 전 단계에서 바이오마커를 강조할 수도 있습니다. 마지막으로, 가족성 파킨슨증과 관련된 유전자에 의해 암호화된 단백질은 산발성 파킨슨병에서도 신경보호 약리학적 제제에 의해 조절될 가능성이 있는 잠재적인 치료 표적을 나타냅니다.
이 연구에서 연구자들은 결합된 RNA와 전체 게놈 서열 분석을 통해 파킨슨증의 누락된 유전적 원인을 밝히는 것을 목표로 했습니다.
연구 개요
상세 설명
연구자들은 엑솜 서열분석 이후 특정 병원성의 변이가 확인되지 않은 조기 발병 파킨슨증 환자 14명을 선택했습니다.
환자와 그 가족은 DNA 추출을 위한 포함 방문 후 혈액 샘플 수집을 받게 되며, 환자는 섬유아세포 배양을 위한 피부 생검과 RNA 서열 분석을 위한 RNA 추출을 받게 됩니다. 게놈 시퀀싱은 Illumina® HiSeq4000 시퀀서에서 수행됩니다.
조사관들은 또한 RNA 염기서열 분석을 위해 RNA를 추출하기 위해 섬유아세포 배양을 위해 환자의 피부 생검을 수행할 것입니다. 전사체 연구를 위한 섬유아세포 분석의 선택은 신경퇴행성 질환과 연관될 가능성이 있는 뇌에서 발현되는 유전자가 혈액과 같이 임상적으로 접근 가능한 다른 조직보다 피부에서 더 자주 발현된다는 사실에 의해 정당화됩니다. 추천 임상의가 피부 생검을 수행하고 Quiagen® RNeasy 키트를 사용하여 RNA 추출을 수행합니다.
이상 스플라이싱 검출(LeafCutter), 이상 발현(DESeq) 및 변종 식별(GATK + Varank)을 포함한 데이터의 시퀀싱 및 생물정보학 처리를 포함하는 RNA 시퀀싱을 통한 전사체 분석도 수행됩니다. 게놈 데이터는 RNA의 데이터와 통합됩니다. 시퀀싱. 연구자들은 이 전략에 따라 14명의 환자를 모두 분석할 계획이다.
연구 유형
등록 (추정된)
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: THOMAS WIRTH
- 전화번호: +33 03.88.12.80.19
- 이메일: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
연구 장소
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Grand Est
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Strasbourg, Grand Est, 프랑스, 67000
- 모병
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
-
연락하다:
- Thomas WIRTH
- 전화번호: 0033388128919
- 이메일: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
설명
포함 기준:
- 40세 이전이나 그 이후에 시작되거나 가족력과 관련된 추체외로 증후군:
- 요오플루판 뇌 신티그라피(DaTscan®)를 통해 입증된 도파민성 신경 제거
- 바이오뱅크에서 이용 가능한 무증상 부모의 DNA
- 사회 보장 건강 보험 제도에 속하는 대상 또는 수혜자 또는 수혜자
- 피험자는 연구와 관련된 목적과 위험을 이해하고 날짜를 기재하고 서명한 사전 동의를 제공할 수 있습니다.
제외 기준:
- - 프로토콜에 따라 표면 피부 생검 수행에 대한 금기 사항
- 이전에 확인된 파킨슨증의 분자적 원인
- 높은 처리량의 DNA 시퀀싱을 통한 사전 유전자 탐색의 부재
- 가족력이 없는 후기 발병 산발성 파킨슨병 증후군(40세 이상) 환자
- 특정 진단(유전적 또는 비유전적 병리: 신경이완제 노출, 독성 기원)과 관련된 파킨슨 증후군 환자
- 피험자에게 정보를 제공하는 것이 불가능함
- 사법적 보호를 받는 대상
- 후견 또는 큐레이터의 대상
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 해당 없음
- 중재 모델: 단일 그룹 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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실험적: 게놈 및 RNA 시퀀싱
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높은 처리량의 DNA 및 RNA 시퀀싱
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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유전자 진단율
기간: 18개월
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분자 진단 없이 조기 발병 또는 가족성 파킨슨병 증후군을 나타내는 환자 집단 내에서 RNA 시퀀싱과 결합된 게놈 시퀀싱을 통해 얻은 유전 진단 비율을 추정합니다.
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18개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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관련된 유전자
기간: 18개월
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이 연구에서 확인된 각 유전자에서 병원성 또는 아마도 병원성 변이를 보유한 환자의 비율을 추정합니다.
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18개월
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RNA 서열분석의 기여
기간: 18개월
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RNA 염기서열분석의 기여로 인해 이차적으로 검출되고 분리된 게놈 분석으로 확인되지 않은 병원성 또는 아마도 병원성 변이체의 비율을 추정합니다.
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18개월
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유전자형과 표현형 상관관계
기간: 18개월
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확인된 각 유전적 원인(유전자형/표현형 상관관계)에 대해 특정 임상적, 생물학적 및 영상적 특성을 나타내는 환자의 비율을 추정합니다.
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18개월
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새로운 유전적 원인
기간: 18개월
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파킨슨병 증후군의 새로운 분자 메커니즘을 설명합니다.
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18개월
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용인
기간: 18개월
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시술과 관련된 부작용을 경험한 환자의 비율을 추정합니다.
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18개월
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새로운 관련 유전자
기간: 18개월
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파킨슨병 증후군과 관련된 새로운 유전자를 설명합니다.
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18개월
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공동 작업자 및 조사자
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (추정된)
연구 완료 (추정된)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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