Połączone sekwencjonowanie genomu i RNA w diagnostyce genetycznej parkinsonizmu (ParkOmic)
Identyfikacja brakujących przyczyn genetycznych zespołów parkinsonowskich: łączone podejście oparte na sekwencjonowaniu genomu i RNA
Pomimo rosnącej dostępności i postępu w analizie wysokoprzepustowego sekwencjonowania DNA, większość pacjentów z parkinsonizmem o wczesnym początku lub rodzinnym pozostaje bez diagnozy molekularnej.
Badanie genetycznych form zespołów parkinsonowskich wiąże się z licznymi zainteresowaniami klinicznymi, naukowymi i terapeutycznymi. W praktyce klinicznej rozpoznanie przyczyny genetycznej u pacjenta pozwala na udzielenie poradnictwa genetycznego i oszacowanie ryzyka nawrotu choroby u jego bliskich. Ustalenie korelacji między genotypem a fenotypem pacjentów z genetycznie uwarunkowanym parkinsonizmem pozwala lepiej przewidywać ewolucję choroby, a nawet uwydatniać biomarkery w fazach przedobjawowych. Wreszcie, białka kodowane przez geny związane z rodzinnym parkinsonizmem stanowią potencjalne cele terapeutyczne, na które prawdopodobnie wpływają neuroprotekcyjne środki farmakologiczne, nawet w przypadku sporadycznej choroby Parkinsona.
W tej pracy badacze starali się wyjaśnić brakujące genetyczne przyczyny parkinsonizmu poprzez zastosowanie połączonego sekwencjonowania RNA i całego genomu.
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Badacze wybrali 14 pacjentów z parkinsonizmem o wczesnym początku, u których po sekwencjonowaniu egzomu nie zidentyfikowano żadnego wariantu określonej patogeniczności.
Po wizycie włączenia od pacjentów i ich bliskich zostanie pobrana krew w celu ekstrakcji DNA, pacjenci otrzymają biopsję skóry w celu hodowli fibroblastów i ekstrakcji RNA w celu sekwencjonowania RNA. Sekwencjonowanie genomu zostanie przeprowadzone na sekwenatorze Illumina® HiSeq4000.
Badacze przeprowadzą także biopsję skóry pacjentów w celu pobrania hodowli fibroblastów w celu ekstrakcji RNA do sekwencjonowania RNA. Wybór analizy fibroblastów do badania transkryptomu uzasadniony jest faktem, że geny ulegające ekspresji w mózgu, które mogą być powiązane z chorobami neurodegeneracyjnymi, częściej ulegają ekspresji w skórze niż w innych dostępnych klinicznie tkankach, takich jak krew. Biopsje skóry zostaną wykonane przez lekarzy kierujących, a ekstrakcja RNA zostanie przeprowadzona przy użyciu zestawu Quiagen® RNeasy.
Przeprowadzona zostanie również analiza transkryptomu poprzez sekwencjonowanie RNA, w tym sekwencjonowanie i bioinformatyczne przetwarzanie danych, w tym wykrywanie nieprawidłowego splicingu (LeafCutter), nieprawidłowej ekspresji (DESeq) i identyfikacja wariantów (GATK + Varank). Dane genomu zostaną zintegrowane z danymi z RNA sekwencjonowanie. Badacze planują przeanalizować wszystkich 14 pacjentów zgodnie z tą strategią.
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Faza
- Nie dotyczy
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: THOMAS WIRTH
- Numer telefonu: +33 03.88.12.80.19
- E-mail: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
Lokalizacje studiów
-
-
Grand Est
-
Strasbourg, Grand Est, Francja, 67000
- Rekrutacyjny
- Hopitaux Universitaires de Strasbourg
-
Kontakt:
- Thomas WIRTH
- Numer telefonu: 0033388128919
- E-mail: thomas.wirth@chru-strasbourg.fr
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Opis
Kryteria włączenia:
- Zespół pozapiramidowy rozpoczynający się przed lub w wieku 40 lat lub związany z wywiadem rodzinnym:
- Odnerwienie dopaminergiczne potwierdzone badaniem scyntygrafii mózgu joflupanem (DaTscan®)
- DNA od obojga bezobjawowych rodziców dostępne w biobanku
- Podmiot objęty systemem ubezpieczenia zdrowotnego w ramach ochrony socjalnej lub beneficjent lub beneficjent
- Uczestnik jest w stanie zrozumieć cele i ryzyko związane z badaniem oraz wyrazić świadomą zgodę opatrzoną datą i podpisaną
Kryteria wykluczenia:
- - Przeciwwskazania do wykonania powierzchownej biopsji skóry przewidziane w protokole
- Wcześniej zidentyfikowano molekularną przyczynę parkinsonizmu
- Brak wcześniejszych badań genetycznych poprzez wysokowydajne sekwencjonowanie DNA
- Pacjent ze sporadycznym zespołem parkinsonowskim o późnym początku (> 40 lat) bez wywiadu rodzinnego
- Pacjent z zespołem Parkinsona związanym z konkretną diagnozą (patologia genetyczna lub niegenetyczna: narażenie na neuroleptyki, pochodzenie toksyczne)
- Niemożność udzielenia podmiotowi świadomych informacji
- Przedmiot objęty ochroną sądową
- Przedmiot objęty opieką lub kuratelą
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Główny cel: Diagnostyczny
- Przydział: Nie dotyczy
- Model interwencyjny: Zadanie dla jednej grupy
- Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)
Broń i interwencje
Grupa uczestników / Arm |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Eksperymentalny: Sekwencjonowanie genomu i RNA
|
Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie DNA i RNA
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Częstotliwość diagnozy genetycznej
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Aby oszacować odsetek diagnoz genetycznych uzyskanych na podstawie sekwencjonowania genomu w połączeniu z sekwencjonowaniem RNA w kohorcie pacjentów z wczesnym początkiem lub rodzinnymi zespołami parkinsonowskimi bez diagnostyki molekularnej.
|
18 miesięcy
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
W grę wchodzą geny
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Oszacuj odsetek pacjentów niosących patogenne lub prawdopodobnie patogenne warianty w każdym z genów zidentyfikowanych w tej pracy
|
18 miesięcy
|
|
Wkład sekwencjonowania RNA
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Oszacuj odsetek patogennych lub prawdopodobnie patogennych wariantów wykrytych wtórnie dzięki wkładowi sekwencjonowania RNA i niezidentyfikowanych na podstawie analizy izolowanego genomu.
|
18 miesięcy
|
|
Korelacja genotypu i fenotypu
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Oszacuj odsetek pacjentów wykazujących specyficzne cechy kliniczne, biologiczne i obrazowe dla każdej zidentyfikowanej przyczyny genetycznej (korelacja genotyp/fenotyp).
|
18 miesięcy
|
|
Nowe przyczyny genetyczne
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Opisać nowe mechanizmy molekularne zespołów parkinsonowskich.
|
18 miesięcy
|
|
Tolerancja
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Oszacuj odsetek pacjentów, u których wystąpiło zdarzenie niepożądane związane z zabiegiem.
|
18 miesięcy
|
|
Nowe powiązane geny
Ramy czasowe: 18 miesięcy
|
Opisać nowe geny powiązane z zespołami parkinsonowskimi.
|
18 miesięcy
|
Współpracownicy i badacze
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
- Synukleinopatie
- Choroby mózgu
- Choroby ośrodkowego układu nerwowego
- Choroby Układu Nerwowego
- Choroby neurodegeneracyjne
- Zaburzenia ruchowe
- Zaburzenia Parkinsona
- Choroby jąder podstawy
- Choroba Parkinsona
- Struktury genetyczne
- Zjawiska genetyczne
- Struktura molekularna
- Zjawiska biochemiczne
- Zjawiska chemiczne
- Sekwencja podstawowa
Inne numery identyfikacyjne badania
- 9320
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .