白血球細胞型遺伝子発現/転写産物の存在量の直接分析による感染に対する宿主反応、直接LS-TA
熱性患者のトリアージのためのインターフェロン刺激およびその他のバイオマーカー遺伝子の末梢血単一細胞型発現プロファイル
熱性疾患は、特に若い患者の間で一般的な状態であり、適切な治療を可能にするために、さまざまな病因に従って患者の初期のトリアージを持つことが重要です。 ほとんどの診断検査は病原体の検出を標的としますが、他のアッセイは主に血清タンパク質に関連しています。 血球トランスクリプトームは、細菌とウイルスの感染を区別するために調査されています。
ここでは、細菌、ウイルス、および結核症の3つの主要なカテゴリの感染症を区別するために、末梢白血球（単球および顆粒球）の単一細胞集団の遺伝子発現の観点から宿主応答を使用した迅速なテストを開発することを提案します。
アッセイは、指定された単一細胞タイプの遺伝子発現を直接決定できるため、直接白血球単一細胞型転写産物存在量（TA）アッセイ（Direct LS-TA）と呼ばれます（例： 末梢血サンプルに直接、さまざまな白血球細胞集団の間で単球および顆粒球）。 このような結果は、宿主の反応の性質を意味し、感染の種類（ウイルス、細菌、または活性の結核）を示すために使用できます。
調査の概要
詳細な説明
直接LS-TAは、一般的に利用可能な機器で実行できる血液遺伝子発現分析の比率ベースのバイオマーカー（RBB）です（例： QPCRまたはデジタルPCRマシン）。 以前の定義された分子遺伝子と分母遺伝子のTAの比を使用して、このRBBは、特定の構成単一細胞型の遺伝子発現を定量化できます（例： 全血の細胞混合サンプル内の単球と顆粒球）。
直接LS-TAは、PI [Tang 2017、https://patents.google.com/patent/us95890999b2/]によって開拓された方法でした。 また、ワクチン接種後の初期B細胞応答の定量化のために開発されました[doi：10.3390/genes12070971]。
最近、この方法は、感染後に宿主応答バイオマーカーを開発して、病原体の種類（ウイルス、細菌、活性の結核など）を区別するために使用されます。 分子および分母遺伝子は、単球および顆粒球のパブリック遺伝子発現データセットを使用することにより同定されています。 診断パフォーマンスは、これらのパブリックデータを使用して良好でした。
したがって、これらのRBBはこれらの遡及サンプルに適用され、熱性患者の診断（トリアージ）性能を評価および比較します。
研究の種類
入学 (実際)
連絡先と場所
研究場所
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Hong Kong、香港
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準：
- 細菌感染サンプル：血液培養における生物の陽性分離（細菌感染サンプル群）
- 臨床診断活動結核（結核感染群）
除外基準：
- 腎不全を終了します
- 妊娠
- 長期抗生物質治療が強く推奨される感染症（感染性心内膜炎、骨宮頭感染症、脳または肝臓または肺膿瘍、結核または無菌菌菌感染症を含む）
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
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ワクチン接種コントロール
この研究のベースラインとして収集された最大200個の成人サンプルを使用して、定量的PCRまたはデジタルPCRにより、比率ベースのバイオマーカーの参照範囲を確立します。
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この遡及的研究に対する介入はありません
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細菌感染サンプル
陽性細菌の血液培養を有する成人患者の遡及的サンプル。
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この遡及的研究に対する介入はありません
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結核サンプル
活性結核症の診断と診断された成人患者のレトロスペクティブサンプル。
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この遡及的研究に対する介入はありません
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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単球のウイルス宿主応答直接LS-TA（I型インターフェロン応答）
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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Direct LS-TAは、RBB分子遺伝子とRBB分母遺伝子のQPCRまたはDPCRによって容易に定量化できるRBBの一種です。 バイオマーカーは2つの遺伝子の比です。 単一細胞タイプ：単球。 RBB分子遺伝子：IFI27またはIFI44L。 RBB分母遺伝子：PSAP、CTSSまたはCPVL。 さまざまなRBB（例 IFI27/PSAPおよびIFI44L/PSAP比）は、感染群からのワクチン接種制御サンプルとサンプルにおける診断パフォーマンスの感度/特異性の観点から比較されます。 ROC分析のAUCは、必要に応じて実行されます。 |
1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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ウイルス宿主応答顆粒球におけるダイレクトLS-TA（I型インターフェロン応答）
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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Direct LS-TAは、RBB分子遺伝子とRBB分母遺伝子のQPCRまたはDPCRによって容易に定量化できるRBBの一種です。 バイオマーカーは2つの遺伝子の比です。 単一細胞タイプ：顆粒球。 RBB分子遺伝子：RSAD2またはIFIT1。 RBB分母遺伝子：SAT1またはSRGN。 さまざまなRBBは、感染群からのワクチン接種制御サンプルとサンプルにおける診断パフォーマンスの感度/特異性の観点から比較されます。 ROC分析のAUCは、必要に応じて実行されます。 |
1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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細菌感染宿主応答単球における直接LS-TA（炎症誘発反応）
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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Direct LS-TAは、RBB分子遺伝子とRBB分母遺伝子のQPCRまたはDPCRによって容易に定量化できるRBBの一種です。 バイオマーカーは2つの遺伝子の比です。 単一細胞タイプ：単球。 RBB分子遺伝子：VNN1、またはNLRC4。 RBB分母遺伝子：PSAP、CTSSまたはCPVL。 さまざまなRBBは、感染群からのワクチン接種制御サンプルとサンプルにおける診断パフォーマンスの感度/特異性の観点から比較されます。 ROC分析のAUCは、必要に応じて実行されます。 |
1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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細菌感染宿主応答顆粒球における直接LS-TA（炎症誘発反応）
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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Direct LS-TAは、RBB分子遺伝子とRBB分母遺伝子のQPCRまたはDPCRによって容易に定量化できるRBBの一種です。 バイオマーカーは2つの遺伝子の比です。 単一細胞タイプ：顆粒球。 RBB分子遺伝子：ALPL、ARG1、またはANXA3。 RBB分母遺伝子：SAT1またはSRGN。 さまざまなRBBは、感染群からのワクチン接種制御サンプルとサンプルにおける診断パフォーマンスの感度/特異性の観点から比較されます。 ROC分析のAUCは、必要に応じて実行されます。 |
1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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単球におけるアクティブTB宿主応答直接LS-TA（タイプIIインターフェロン応答）
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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Direct LS-TAは、RBB分子遺伝子とRBB分母遺伝子のQPCRまたはDPCRによって容易に定量化できるRBBの一種です。 バイオマーカーは2つの遺伝子の比です。 単一細胞タイプ：単球。 RBB分子遺伝子：WARS1、ATF3またはCALHM6。 RBB分母遺伝子：PSAP、CTSSまたはCPVL。 さまざまなRBBは、感染群からのワクチン接種制御サンプルとサンプルにおける診断パフォーマンスの感度/特異性の観点から比較されます。 ROC分析のAUCは、必要に応じて実行されます。 |
1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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顆粒球におけるアクティブTB宿主応答直接LS-TA（タイプIIインターフェロン応答）
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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Direct LS-TAは、RBB分子遺伝子とRBB分母遺伝子のQPCRまたはDPCRによって容易に定量化できるRBBの一種です。 バイオマーカーは2つの遺伝子の比です。 単一細胞タイプ：顆粒球。 RBB分子遺伝子：ANKRD22、BATF2、CD274、FCGR1AまたはETV7。 RBB分母遺伝子：SAT1またはSRGN。 さまざまなRBBは、感染群からのワクチン接種制御サンプルとサンプルにおける診断パフォーマンスの感度/特異性の観点から比較されます。 ROC分析のAUCは、必要に応じて実行されます。 |
1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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コントロールグループのこれらの直接LS-TA RBBの参照間隔と中央値
時間枠：1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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各RBBの中央値と中央95％の範囲が決定されます。
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1日（入院後に最初に収集されたサンプル）
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協力者と研究者
出版物と役立つリンク
一般刊行物
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (推定)
研究の完了 (推定)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
本研究に関する用語
キーワード
その他の研究ID番号
- Direct LS-TA retrospective
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