Réponse de l'hôte à l'infection par analyse directe de l'expression du gène de type à cellule unique leucocytaire
Profil d'expression de type à cellules unicellulaires du sang périphérique des gènes de biomarqueurs stimulés par l'interféron pour le triage de patients fébriles
La maladie fébrile est une condition courante, en particulier chez les jeunes patients et il est crucial d'avoir un triage précoce de patients selon diverses étiologies pour permettre un traitement approprié. La plupart des tests de diagnostic sont destinés à la détection d'agents pathogènes tandis que d'autres tests sont principalement liés aux protéines sériques. Le transcriptome des cellules sanguines a été explorée pour différencier les infections bactériennes et virales.
Ici, nous proposons de développer un test rapide en utilisant les réponses de l'hôte en termes d'expressions génétiques de populations à cellule unique de leucocytes périphériques (monocytes et granulocytes) pour différencier trois grandes catégories d'infections qui sont bactériennes, virales et tuberculosis.
Le test est appelé test d'abondance de transcription de type de cellule unique (TA) de type de cellule direct (TA) (LS-TA direct) car il peut déterminer directement l'expression du gène d'un type de cellule unique spécifié (par ex. Monocytes et granulocytes) parmi les différentes populations de cellules leucocytaires directement dans un échantillon de sang périphérique. Ces résultats signifient la nature de la réponse de l'hôte et peuvent être utilisés pour indiquer le type d'infection (tuberculose virale, bactérienne ou active).
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
Le LS-TA direct est un biomarqueur basé sur un rapport (RBB) pour l'analyse de l'expression des gènes sanguins qui peut être effectué dans des équipements couramment disponibles (par exemple QPCR ou machines PCR numériques). En utilisant le rapport de TA du gène numérique et du gène du dénominateur défini préalables, ce RBB peut quantifier l'expression du gène du type de cellule unique constitutionnel spécifié (par ex. Monocytes et granulocytes) à l'intérieur d'un échantillon de mélange de cellules de sang total.
Direct LS-Ta était une méthode lancée par le PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Et il a été développé pour la quantification de la réponse précoce des cellules B après la vaccination [doi: 10.3390 / gènes12070971].
Récemment, la méthode est utilisée pour développer des biomarqueurs de réponse hôte après infection pour différencier le type d'agents pathogènes (comme la tuberculose virale, bactérienne ou active). Les gènes de numérateur et de dénominateur ont été identifiés en utilisant des ensembles de données d'expression de gènes publics pour les monocytes et les granulocytes. Les performances diagnostiques étaient bonnes en utilisant ces données publiques.
Par conséquent, ces RBB seront appliqués dans ces échantillons rétrospectifs pour évaluer et comparer leurs performances diagnostiques (triage) de patients fébriles dans différentes étiologies pathogènes.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critères d'inclusion:
- Échantillon d'infection bactérienne: isolement positif de l'organisme dans la culture (groupe d'échantillon d'infection bactérienne)
- TB actif diagnostiqué clinique (groupe d'infection par la tuberculose)
Critères d'exclusion:
- Insuffisance rénale de l'étape finale
- Grossesse
- Les infections pour lesquelles un traitement antibiotique à long terme est fortement recommandée (notamment l'endocardite infectieuse, les infections ostéoarticulaires, les abcès cérébraux ou hépatiques ou pulmonaires, la tuberculose ou les infections mycobactériennes non turulaires)
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Contrôles de vaccination
Jusqu'à 200 échantillons adultes prélevés comme référence de cette étude seront utilisés pour établir les plages de référence des biomarqueurs basés sur le rapport par PCR quantitative ou PCR numérique.
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Aucune intervention pour cette étude rétrospective
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Échantillons d'infection bactérienne
Un échantillon rétrospectif de patients adultes atteints d'hémoculture bactérienne positive.
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Aucune intervention pour cette étude rétrospective
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Échantillons de tuberculose
Un échantillon rétrospectif de patients adultes qui ont été diagnostiqués comme ayant une maladie de tuberculose active.
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Aucune intervention pour cette étude rétrospective
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Réponse de l'hôte viral Direct LS-Ta dans les monocytes (réponse d'interféron de type I)
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Le LS-TA direct est une sorte de RBB qui peut être facilement quantifié par qPCR ou DPCR d'une paire de gènes, le gène du numérateur RBB et le gène du dénominateur RBB. Le biomarqueur est le rapport des 2 gènes. Type de cellule unique: monocyte. RBB Numerator Gene: IFI27 ou IFI44L. RBB Denominator Gene: PSAP, CTSS ou CPVL. Les divers RBB (par exemple. Les rapports IFI27 / PSAP et IFI44L / PSAP) seront comparés en termes de sensibilité / spécificité des performances diagnostiques dans les échantillons de contrôle de vaccination et les échantillons de groupes d'infection. L'ANUC de l'analyse ROC sera effectuée le cas échéant. |
1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Réponse de l'hôte viral Direct LS-Ta dans les granulocytes (réponse d'interféron de type I)
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Le LS-TA direct est une sorte de RBB qui peut être facilement quantifié par qPCR ou DPCR d'une paire de gènes, le gène du numérateur RBB et le gène du dénominateur RBB. Le biomarqueur est le rapport des 2 gènes. Type de cellule unique: granulocyte. RBB Numerator Gene: RSAD2 ou IFIT1. RBB Gene de dénominateur: SAT1 ou SRGN. Les différents RBB seront comparés en termes de sensibilité / spécificité des performances diagnostiques dans les échantillons de contrôle de la vaccination et les échantillons de groupes d'infection. L'ANUC de l'analyse ROC sera effectuée le cas échéant. |
1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Infection bactérienne Réponse de l'hôte LS-TA directement dans les monocytes (réponse pro-inflammatoire)
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Le LS-TA direct est une sorte de RBB qui peut être facilement quantifié par qPCR ou DPCR d'une paire de gènes, le gène du numérateur RBB et le gène du dénominateur RBB. Le biomarqueur est le rapport des 2 gènes. Type de cellule unique: monocyte. Génique du numérateur RBB: VNN1 ou NLRC4. RBB Denominator Gene: PSAP, CTSS ou CPVL. Les divers RBB seront comparés en termes de sensibilité / spécificité des performances diagnostiques dans les échantillons de contrôle de la vaccination et les échantillons de groupes d'infection. L'ANUC de l'analyse ROC sera effectuée le cas échéant. |
1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Infection bactérienne Réponse de l'hôte LS-TA directement dans les granulocytes (réponse pro-inflammatoire)
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Le LS-TA direct est une sorte de RBB qui peut être facilement quantifié par qPCR ou DPCR d'une paire de gènes, le gène du numérateur RBB et le gène du dénominateur RBB. Le biomarqueur est le rapport des 2 gènes. Type de cellule unique: granulocyte. Génique du numérateur RBB: Alpl, Arg1 ou ANXA3. RBB Gene de dénominateur: SAT1 ou SRGN. Les différents RBB seront comparés en termes de sensibilité / spécificité des performances diagnostiques dans les échantillons de contrôle de la vaccination et les échantillons de groupes d'infection. L'ANUC de l'analyse ROC sera effectuée le cas échéant. |
1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Réponse de l'hôte TB actif Direct LS-TA dans les monocytes (réponse de l'interféron de type II)
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Le LS-TA direct est une sorte de RBB qui peut être facilement quantifié par qPCR ou DPCR d'une paire de gènes, le gène du numérateur RBB et le gène du dénominateur RBB. Le biomarqueur est le rapport des 2 gènes. Type de cellule unique: monocyte. RBB Numerator Gene: WARS1, ATF3 ou CALHM6. RBB Denominator Gene: PSAP, CTSS ou CPVL. Les différents RBB seront comparés en termes de sensibilité / spécificité des performances diagnostiques dans les échantillons de contrôle de la vaccination et les échantillons de groupes d'infection. L'ANUC de l'analyse ROC sera effectuée le cas échéant. |
1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Réponse de l'hôte TB actif LS-TA directement dans les granulocytes (réponse d'interféron de type II)
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Le LS-TA direct est une sorte de RBB qui peut être facilement quantifié par qPCR ou DPCR d'une paire de gènes, le gène du numérateur RBB et le gène du dénominateur RBB. Le biomarqueur est le rapport des 2 gènes. Type de cellule unique: granulocyte. RBB Numerator Gene: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A ou ETV7. RBB Gene de dénominateur: SAT1 ou SRGN. Les différents RBB seront comparés en termes de sensibilité / spécificité des performances diagnostiques dans les échantillons de contrôle de la vaccination et les échantillons de groupes d'infection. L'ANUC de l'analyse ROC sera effectuée le cas échéant. |
1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Intervalles de référence et médiane de ces RB LS-Ta directs dans le groupe témoin
Délai: 1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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La valeur médiane et la plage centrale de 95% de chaque RBB seront déterminées.
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1 jour (premier échantillon collecté après l'admission)
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Publications et liens utiles
Publications générales
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
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Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- Direct LS-TA retrospective
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