Odpowiedź gospodarza na zakażenie poprzez bezpośrednią analizę ekspresji genu typu leukocytów/obfitości transkryptu, bezpośredni LS-TA
Profil ekspresji typu komórek krwi obwodowej typu komórek stymulowanych i innych genów biomarker
Choroba gorączkowa jest częstym stanem, szczególnie wśród młodych pacjentów i kluczowe jest wczesne segregowanie pacjentów według różnych etiologii, aby umożliwić odpowiednie leczenie. Większość testów diagnostycznych jest ukierunkowana na wykrywanie patogenów, podczas gdy inne testy są głównie związane z białkami surowicy. Transkryptom komórek krwi zbadano w celu różnicowania infekcji bakteryjnych i wirusowych.
Tutaj proponujemy opracowanie szybkiego testu z wykorzystaniem odpowiedzi gospodarza pod względem ekspresji genów populacji jednokomórkowych leukocytów obwodowych (monocyty i granulocytów) w celu rozróżnienia trzech głównych kategorii infekcji, które są bakteryjne, wirusowe i gruźlicy.
Test nazywa się testem typu transkryptowego typu typu leukocytów (TA) (TA) (TA) (bezpośredni LS-TA), ponieważ może bezpośrednio określić ekspresję genów określonego typu pojedynczej komórki (np. monocyty i granulocyty) wśród różnych populacji komórek leukocytów bezpośrednio w obwodowej próbce krwi. Takie wyniki oznaczają charakter odpowiedzi gospodarza i mogą być stosowane do wskazania rodzaju infekcji (wirusowe, bakteryjne lub aktywne gruźlicę).
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Direct LS-TA to biomarker oparty na stosunku (RBB) do analizy ekspresji genów krwi, którą można wykonać w powszechnie dostępnych urządzeniach (np. QPCR lub cyfrowe maszyny PCR). Stosując stosunek TA wcześniej zdefiniowanego genu licznika i genu mianownika, ta RBB może kwantyfikować ekspresję genów określonego konstytucyjnego typu pojedynczego komórki (np. monocyty i granulocyty) wewnątrz próbki komórek krwi pełnej krwi.
Direct LS-TA był metodą pionierem PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. I został opracowany do kwantyfikacji wczesnej odpowiedzi komórek B po szczepieniu [DOI: 10.3390/Genes12070971].
Ostatnio metoda jest stosowana do opracowania biomarkerów odpowiedzi gospodarza po zakażeniu w celu różnicowania rodzaju patogenów (takich jak wirusowe, bakteryjne lub aktywne gruźlicę). Geny licznika i mianownika zostały zidentyfikowane za pomocą publicznych zestawów danych ekspresji genów dla monocytów i granulocytów. Wydajność diagnostyczna była dobra przy użyciu tych danych publicznych.
Dlatego te RBB zostaną zastosowane w tych próbkach retrospektywnych w celu oceny i porównania ich wydajności diagnostycznej (segregacji) pacjentów z gorączkami na różne etiologie patogenów.
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
-
Hong Kong, Hongkong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria włączenia:
- Próbka infekcji bakteryjnej: pozytywna izolacja organizmu w hodowli krwi (grupa próbek infekcji bakteryjnej)
- Zdiagnozowany kliniczny aktywny TB (grupa zakażeń gruźlicy)
Kryteria wykluczenia:
- End -Stage Niepowodzenie nerek
- Ciąża
- Zakażenia, dla których silnie zalecane jest długotrwałe leczenie antybiotykami (w tym zakaźne zapalenie wsierdzia, zakażenia zwyrodnicze, mózg lub ropnie wątrobowe lub płuc, gruźlica lub nieokruźnie zakażenia prątków)
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Kontrole szczepień
Do ustalenia zakresów referencyjnych opartych na stosunkach ilościowych PCR lub cyfrowego PCR zostanie wykorzystane do 200 dorosłych próbek zebranych jako linia bazowa tego badania.
|
Brak interwencji w tym badaniu retrospektywnym
|
|
Próbki infekcji bakteryjnej
Retrospektywna próbka dorosłych pacjentów z dodatnią bakteryjną hodowlą krwi.
|
Brak interwencji w tym badaniu retrospektywnym
|
|
Próbki gruźlicy
Retrospektywna próbka dorosłych pacjentów, u których zdiagnozowano aktywną chorobę gruźlicy.
|
Brak interwencji w tym badaniu retrospektywnym
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wirusowa odpowiedź gospodarza bezpośrednia LS-TA w monocytach (odpowiedź interferonu typu I)
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: monocyt. RBB Numerator Gen: IFI27 lub IFI44L. Gen mianownika RBB: PSAP, CTSS lub CPVL. Różne RBB (np. Stosunki IFI27/PSAP i IFI44L/PSAP) zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach kontroli szczepień i próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
|
Wirusowa odpowiedź gospodarza bezpośrednia LS-TA w granulocytach (odpowiedź interferonu typu I)
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: granulocyt. Gen licznika RBB: RSAD2 lub IFIT1. Gen mianownika RBB: SAT1 lub SRGN. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach kontroli szczepień i próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
|
Bakteryjna odpowiedź gospodarza infekcji Bezpośrednia LS-TA w monocytach (odpowiedź prozapalna)
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: monocyt. Gen RBB licznikowy: VNN1 lub NLRC4. Gen mianownika RBB: PSAP, CTSS lub CPVL. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach kontroli szczepień i próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
|
Bakteryjna odpowiedź gospodarza infekcji Bezpośrednia LS-TA w granulocytach (odpowiedź prozapalna)
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: granulocyt. Gen RBB licznika: ALPL, Arg1 lub ANSA3. Gen mianownika RBB: SAT1 lub SRGN. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach kontroli szczepień i próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
|
Aktywna odpowiedź gospodarza TB bezpośrednia LS-TA w monocytach (odpowiedź interferonu typu II)
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: monocyt. Gen RBB licznikowy: Wars1, ATF3 lub CALHM6. Gen mianownika RBB: PSAP, CTSS lub CPVL. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach kontroli szczepień i próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
|
Aktywna odpowiedź gospodarza TB bezpośrednia LS-TA w granulocytach (odpowiedź interferonu typu II)
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: granulocyt. Gen RBB licznika: Ankrd22, BATF2, CD274, FCGR1A lub ETV7. Gen mianownika RBB: SAT1 lub SRGN. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach kontroli szczepień i próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Odstępy odniesienia i mediana tych bezpośrednich LS-TA RBB w grupie kontrolnej
Ramy czasowe: 1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Wartość mediana i centralny zakres 95% każdego RBB zostanie określony.
|
1 dzień (pierwsza zebrana próbka po przyjęciu)
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- Direct LS-TA retrospective
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Opis planu IPD
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .