Værtsrespons på infektion ved direkte analyse af leukocyt enkeltcelletype genekspression/transkriptionsforekomst, direkte LS-TA
Perifert blod-enkeltcelletype ekspressionsprofil af interferon-stimulerede og andre biomarkørgener til triage af febrile patienter
Febrile sygdom er en almindelig tilstand, især blandt unge patienter, og det er vigtigt at have en tidlig triage af patienter i henhold til forskellige aetiologier for at muliggøre passende behandling. De fleste diagnostiske tests er målrettet mod påvisning af patogener, mens andre assays for det meste er relateret til serumproteiner. Blodceller transkriptom er blevet undersøgt for at differentiere bakterielle og virale infektioner.
Her foreslår vi at udvikle en hurtig test ved hjælp af værtsresponserne med hensyn til genudtryk af enkeltcellepopulationer af perifere leukocytter (monocytter og granulocytter) for at differentiere tre hovedkategorier af infektioner, der er bakterielle, virale og tuberkulose.
Assayet kaldes direkte leukocyt-enkeltcelletype-transkriptionsforekomst (TA) -assay (direkte LS-TA), da det direkte kan bestemme genekspressionen af en specificeret enkeltcelletype (f.eks. Monocytter og granulocytter) blandt forskellige leukocytcellepopulationer direkte i en perifer blodprøve. Sådanne resultater betegner arten af værtsrespons og kan bruges til at indikere infektionstypen (viral, bakteriel eller aktiv tuberkulose).
Studieoversigt
Status
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Direct LS-TA er et forholdsbaseret biomarkør (RBB) for blodgenekspressionsanalyse, som kan udføres i almindeligt tilgængeligt udstyr (f.eks. QPCR eller digitale PCR -maskiner). Ved anvendelse af forholdet mellem TA af foruddefineret tællergen og denominatorgen kan dette RBB kvantificere genekspression af den specificerede forfatningsmæssige enkeltcelletype (f.eks. Monocytter og granulocytter) inde i en celle blandingsprøve af helblod.
Direct LS-TA var en metode, der var banebrydende af PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Og det er udviklet til kvantificering af tidlig B -celle -respons efter vaccination [doi: 10.3390/gener12070971].
For nylig bruges metoden til at udvikle værtsrespons -biomarkører efter infektion for at differentiere typen af patogener (såsom viral, bakteriel eller aktiv tuberkulose). Tæller- og nævnergener er blevet identificeret ved anvendelse af offentlige genekspressionsdatasæt til monocytter og granulocytter. Diagnostisk ydeevne var god ved hjælp af disse offentlige data.
Derfor vil disse RBB'er blive anvendt i disse retrospektive prøver for at evaluere og sammenligne deres diagnostiske (triage) ydeevne af feberlige patienter i forskellige patogenetiologier.
Undersøgelsestype
Tilmelding (Faktiske)
Kontakter og lokationer
Studiesteder
-
-
-
Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Voksen
- Ældre voksen
Tager imod sunde frivillige
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inkluderingskriterier:
- Prøve af bakterieinfektion: Positiv isolering af organisme i blodkultur (Bakteriel infektionseksempelgruppe)
- Klinisk diagnosticeret aktiv TB (tuberkulose infektionsgruppe)
Ekskluderingskriterier:
- Slutningsstadium nyresvigt
- Graviditet
- Infektioner, for hvilke langvarig antibiotikabehandling anbefales stærkt (inklusive infektions endokarditis, osteoartikulære infektioner, cerebrale eller lever- eller lungeabcesser, tuberkulose eller ikke -nontuberkuløse mycobakterielle infektioner)
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Vaccinationskontrol
Op til 200 voksne prøver indsamlet som basislinjen i denne undersøgelse vil blive brugt til at etablere referencepladser for de forholdsbaserede biomarkører ved kvantitativ PCR eller digital PCR.
|
Ingen intervention til denne retrospektive undersøgelse
|
|
Bakterieinfektionsprøver
En retrospektiv prøve af voksne patienter med positiv bakteriel blodkultur.
|
Ingen intervention til denne retrospektive undersøgelse
|
|
Tuberkuloseprøver
En retrospektiv prøve af voksne patienter, der blev diagnosticeret for at have aktiv tuberkulosesygdom.
|
Ingen intervention til denne retrospektive undersøgelse
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Viral værtsrespons direkte LS-TA i monocytter (type I interferon-respons)
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB, der let kan kvantificeres ved qPCR eller DPCR af et par gener, RBB-tællergenet og RBB-nævnergenet. Biomarkøren er forholdet mellem de 2 gener. Enkelt celletype: monocyt. RBB -tællergen: IFI27 eller IFI44L. RBB -nævnergen: PSAP, CTSS eller CPVL. De forskellige RBB (f.eks. IFI27/PSAP og IFI44L/PSAP -forhold) vil blive sammenlignet med hensyn til deres følsomhed/specificitet af diagnostisk ydeevne i vaccinationskontrolprøver og prøver fra infektionsgrupper. AUC for ROC -analyse udføres, hvor det er relevant. |
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
|
Viral værtsrespons direkte LS-TA i granulocytter (type I interferon-respons)
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB, der let kan kvantificeres ved qPCR eller DPCR af et par gener, RBB-tællergenet og RBB-nævnergenet. Biomarkøren er forholdet mellem de 2 gener. Enkelt celletype: Granulocyt. RBB -tællergen: RSAD2 eller IFIT1. RBB -nævnergen: SAT1 eller SRGN. De forskellige RBB sammenlignes med hensyn til deres følsomhed/specificitet af diagnostisk ydeevne i vaccinationskontrolprøverne og prøver fra infektionsgrupper. AUC for ROC -analyse udføres, hvor det er relevant. |
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
|
Bakteriel infektions værtsreaktion direkte LS-TA i monocytter (pro-inflammatorisk respons)
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB, der let kan kvantificeres ved qPCR eller DPCR af et par gener, RBB-tællergenet og RBB-nævnergenet. Biomarkøren er forholdet mellem de 2 gener. Enkelt celletype: monocyt. RBB -tællergen: VNN1 eller NLRC4. RBB -nævnergen: PSAP, CTSS eller CPVL. De forskellige RBB'er sammenlignes med hensyn til deres følsomhed/specificitet af diagnostisk ydeevne i vaccinationskontrolprøverne og prøver fra infektionsgrupper. AUC for ROC -analyse udføres, hvor det er relevant. |
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
|
Bakteriel infektions værtsreaktion direkte LS-TA i granulocytter (pro-inflammatorisk respons)
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB, der let kan kvantificeres ved qPCR eller DPCR af et par gener, RBB-tællergenet og RBB-nævnergenet. Biomarkøren er forholdet mellem de 2 gener. Enkelt celletype: Granulocyt. RBB -tællergen: ALPL, ARG1 eller ANXA3. RBB -nævnergen: SAT1 eller SRGN. De forskellige RBB sammenlignes med hensyn til deres følsomhed/specificitet af diagnostisk ydeevne i vaccinationskontrolprøverne og prøver fra infektionsgrupper. AUC for ROC -analyse udføres, hvor det er relevant. |
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
|
Aktiv TB-værtsreaktion Direkte LS-TA i monocytter (Type II Interferon Response)
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB, der let kan kvantificeres ved qPCR eller DPCR af et par gener, RBB-tællergenet og RBB-nævnergenet. Biomarkøren er forholdet mellem de 2 gener. Enkelt celletype: monocyt. RBB -tællergen: WARS1, ATF3 eller CALHM6. RBB -nævnergen: PSAP, CTSS eller CPVL. De forskellige RBB sammenlignes med hensyn til deres følsomhed/specificitet af diagnostisk ydeevne i vaccinationskontrolprøverne og prøver fra infektionsgrupper. AUC for ROC -analyse udføres, hvor det er relevant. |
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
|
Aktiv TB-værtsreaktion Direkte LS-TA i granulocytter (type II interferon-respons)
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB, der let kan kvantificeres ved qPCR eller DPCR af et par gener, RBB-tællergenet og RBB-nævnergenet. Biomarkøren er forholdet mellem de 2 gener. Enkelt celletype: Granulocyt. RBB -tællergen: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A eller ETV7. RBB -nævnergen: SAT1 eller SRGN. De forskellige RBB sammenlignes med hensyn til deres følsomhed/specificitet af diagnostisk ydeevne i vaccinationskontrolprøverne og prøver fra infektionsgrupper. AUC for ROC -analyse udføres, hvor det er relevant. |
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Referenceintervaller og median af disse direkte LS-TA RBB i kontrolgruppen
Tidsramme: 1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Medianværdien og det centrale 95% -område for hver RBB vil blive bestemt.
|
1 dag (først indsamlet prøve efter optagelse)
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Publikationer og nyttige links
Generelle publikationer
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Primær færdiggørelse (Anslået)
Studieafslutning (Anslået)
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- Direct LS-TA retrospective
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
IPD-planbeskrivelse
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
produkt fremstillet i og eksporteret fra U.S.A.
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .