Hostrespons op infectie door directe analyse van leukocyten single cell-type genexpressie/transcript-abundantie, directe ls-ta
Perifeer bloed met één cel-type expressieprofiel van interferon-gestimuleerde en andere biomarkergenen voor triage van febriele patiënten
Febriele ziekte is een veel voorkomende aandoening, met name bij jonge patiënten en het is cruciaal om een vroege triage van patiënten te hebben volgens verschillende etiologieën om een passende behandeling mogelijk te maken. De meeste diagnostische tests zijn gericht op de detectie van pathogenen, terwijl andere testen meestal gerelateerd zijn aan serumeiwitten. Bloedcellen transcriptoom is onderzocht om bacteriële en virale infecties te differentiëren.
Hier stellen we voor om een snelle test te ontwikkelen met behulp van de gastheerreacties in termen van genuitdrukkingen van eencellige populaties van perifere leukocyten (monocyten en granulocyten) om drie belangrijke categorieën infecties te onderscheiden die bacterieel, virale en tuberculose zijn.
De assay wordt directe leukocyten single cell-type transcript abundantie (TA) -assay (directe LS-TA) genoemd, omdat het direct de genexpressie van een gespecificeerd enkelceltype kan bepalen (b.v. Monocyten en granulocyten) onder verschillende leukocytencelpopulaties rechtstreeks in een perifeer bloedmonster. Dergelijke resultaten betekenen de aard van de respons van de gastheer en kunnen worden gebruikt om het type infectie aan te geven (virale, bacteriële of actieve tuberculose).
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Direct LS-TA is een op ratio gebaseerde biomarker (RBB) voor bloedgenexpressieanalyse die kan worden uitgevoerd in algemeen beschikbare apparatuur (b.v. qPCR of digitale PCR -machines). Met behulp van de verhouding van TA van eerder gedefinieerd numeratorgen- en denominatorgen, kan deze RBB genexpressie van het gespecificeerde constitutionele enkelvoudige celtype kwantificeren (b.v. Monocyten en granulocyten) in een celmengselmonster van volbloed.
Direct LS-TA was een methode die werd ontwikkeld door de PI [Tang 2017, https://patens.google.com/patent/us9589099b2/]. En het is ontwikkeld voor kwantificering van vroege B -celrespons na vaccinatie [DOI: 10.3390/genen12070971].
Onlangs wordt de methode gebruikt om biomarkers van gastheerrespons te ontwikkelen na infectie om het type pathogenen te onderscheiden (zoals virale, bacteriële of actieve tuberculose). Numerator- en noemergenen zijn geïdentificeerd met behulp van publieke genexpressiegegevenssets voor monocyten en granulocyten. Diagnostische prestaties waren goed met behulp van deze openbare gegevens.
Daarom zullen deze RBB's in deze retrospectieve monsters worden toegepast om hun diagnostische (triage) prestaties van febriele patiënten te evalueren en te vergelijken met verschillende pathogeen -etiologieën.
Studietype
Inschrijving (Werkelijk)
Contacten en locaties
Studie Locaties
-
-
-
Hong Kong, Hongkong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Bacteriële infectiemonster: positieve isolatie van het organisme in bloedkweek (monstergroep bacteriële infectie)
- Klinische gediagnosticeerde actieve tuberculose (tuberculose -infectiegroep)
Uitsluitingscriteria:
- Eindstadium nierfalen
- Zwangerschap
- Infecties waarvoor een langdurige antibioticabehandeling sterk wordt aanbevolen (inclusief infectieuze endocarditis, osteoarticulaire infecties, cerebrale of lever- of longabcessen, tuberculose of niet -cuberculeuze mycobacteriële infecties)
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Vaccinatiecontroles
Tot 200 volwassen monsters verzameld als de basislijn van deze studie zal worden gebruikt om de referentiebereiken van de op ratio gebaseerde biomarkers vast te stellen door kwantitatieve PCR of digitale PCR.
|
Geen interventie voor deze retrospectieve studie
|
|
Bacteriële infectiemonsters
Een retrospectief monster van volwassen patiënten met positieve bacteriële bloedkweek.
|
Geen interventie voor deze retrospectieve studie
|
|
Tuberculosemonsters
Een retrospectieve steekproef van volwassen patiënten met wie werd gediagnosticeerd om een actieve tuberculose -ziekte te hebben.
|
Geen interventie voor deze retrospectieve studie
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Virale gastheerrespons Direct LS-TA in monocyten (Type I Interferon-reactie)
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Direct LS-TA is een soort RBB die gemakkelijk kan worden gekwantificeerd door qPCR of DPCR van een paar genen, het RBB-tellergen en het RBB-noemergengen. De biomarker is de verhouding van de 2 genen. Single Cell-Type: monocyt. RBB -teller gen: ifi27 of ifi44L. RBB Denominator Gene: PSAP, CTSS of CPVL. De verschillende RBB (bijv. IFI27/PSAP en IFI44L/PSAP -verhoudingen) worden vergeleken in termen van hun gevoeligheid/specificiteit van diagnostische prestaties in de vaccinatiecontrolemonsters en monsters van infectiegroepen. AUC van ROC -analyse zal waar nodig worden uitgevoerd. |
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
|
Virale gastheerrespons Direct LS-TA in granulocyten (type I interferon-reactie)
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Direct LS-TA is een soort RBB die gemakkelijk kan worden gekwantificeerd door qPCR of DPCR van een paar genen, het RBB-tellergen en het RBB-noemergengen. De biomarker is de verhouding van de 2 genen. Single Cell-Type: Granulocyt. RBB -teller gen: RSAD2 of Ifit1. RBB Denominator Gene: SAT1 of SRGN. De verschillende RBB zal worden vergeleken in termen van hun gevoeligheid/specificiteit van diagnostische prestaties in de vaccinatiecontrolemonsters en monsters van infectiegroepen. AUC van ROC -analyse zal waar nodig worden uitgevoerd. |
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
|
Bacteriële infectie Host Response Direct LS-TA in monocyten (pro-inflammatoire reactie)
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Direct LS-TA is een soort RBB die gemakkelijk kan worden gekwantificeerd door qPCR of DPCR van een paar genen, het RBB-tellergen en het RBB-noemergengen. De biomarker is de verhouding van de 2 genen. Single Cell-Type: monocyt. RBB -teller gen: VNN1 of NLRC4. RBB Denominator Gene: PSAP, CTSS of CPVL. De verschillende RBB's worden vergeleken in termen van hun gevoeligheid/specificiteit van diagnostische prestaties in de vaccinatiecontrolemonsters en monsters van infectiegroepen. AUC van ROC -analyse zal waar nodig worden uitgevoerd. |
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
|
Bacteriële infectie Hostrespons Direct LS-TA in granulocyten (pro-inflammatoire respons)
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Direct LS-TA is een soort RBB die gemakkelijk kan worden gekwantificeerd door qPCR of DPCR van een paar genen, het RBB-tellergen en het RBB-noemergengen. De biomarker is de verhouding van de 2 genen. Single Cell-Type: Granulocyt. RBB -teller gen: ALPL, Arg1 of AnxA3. RBB Denominator Gene: SAT1 of SRGN. De verschillende RBB zal worden vergeleken in termen van hun gevoeligheid/specificiteit van diagnostische prestaties in de vaccinatiecontrolemonsters en monsters van infectiegroepen. AUC van ROC -analyse zal waar nodig worden uitgevoerd. |
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
|
Actieve TB-hostrespons Direct LS-TA in monocyten (type II interferonrespons)
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Direct LS-TA is een soort RBB die gemakkelijk kan worden gekwantificeerd door qPCR of DPCR van een paar genen, het RBB-tellergen en het RBB-noemergengen. De biomarker is de verhouding van de 2 genen. Single Cell-Type: monocyt. RBB -teller gen: Wars1, ATF3 of CALHM6. RBB Denominator Gene: PSAP, CTSS of CPVL. De verschillende RBB zal worden vergeleken in termen van hun gevoeligheid/specificiteit van diagnostische prestaties in de vaccinatiecontrolemonsters en monsters van infectiegroepen. AUC van ROC -analyse zal waar nodig worden uitgevoerd. |
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
|
Actieve TB-hostrespons Direct LS-TA in granulocyten (type II interferonrespons)
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Direct LS-TA is een soort RBB die gemakkelijk kan worden gekwantificeerd door qPCR of DPCR van een paar genen, het RBB-tellergen en het RBB-noemergengen. De biomarker is de verhouding van de 2 genen. Single Cell-Type: Granulocyt. RBB -teller gen: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A of ETV7. RBB Denominator Gene: SAT1 of SRGN. De verschillende RBB zal worden vergeleken in termen van hun gevoeligheid/specificiteit van diagnostische prestaties in de vaccinatiecontrolemonsters en monsters van infectiegroepen. AUC van ROC -analyse zal waar nodig worden uitgevoerd. |
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Referentie-intervallen en mediaan van deze directe LS-TA RBB in de controlegroep
Tijdsspanne: 1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
De mediane waarde en het centrale 95% bereik van elke RBB worden bepaald.
|
1 dag (eerste verzamelde monster na toelating)
|
Medewerkers en onderzoekers
Sponsor
Publicaties en nuttige links
Algemene publicaties
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Geschat)
Studie voltooiing (Geschat)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- Direct LS-TA retrospective
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Beschrijving IPD-plan
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
product vervaardigd in en geëxporteerd uit de V.S.
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .