Isäntävaste infektiolle leukosyyttien yksisoluisen tyyppisen geeniekspression/transkriptin runsauden suoralla analyysillä, suora LS-TA
Perifeerinen veren yksisoluinen interferonistimuloitujen ja muiden biomarkkerigeenien ekspressioprofiili kuumeisten potilaiden triaatioon
Kuumetairaus on yleinen tila, etenkin nuorten potilaiden keskuudessa, ja potilaiden varhainen triaatio on välttämätöntä erilaisten etiologioiden mukaan asianmukaisen hoidon mahdollistamiseksi. Suurin osa diagnostisista testeistä on kohdistettu patogeenien havaitsemiseen, kun taas muut määritykset liittyvät pääosin seerumin proteiineihin. Verisolujen transkriptiota on tutkittu bakteeri- ja virusinfektioiden erottamiseksi.
Tässä ehdotamme nopean testin kehittämistä isäntävasteiden avulla perifeeristen leukosyyttien (monosyytit ja granulosyyttien) yksisoluisten populaatioiden geeniekspressiot, jotta voidaan erottaa kolme pääluokkaa infektiota, jotka ovat bakteereja, virus- ja tuberkulooseja.
Määritystä kutsutaan suoriksi leukosyyttien yksisoluisen tyyppisen transkription runsauden (TA) määrityksen (suora LS-TA), koska se voi suoraan määrittää määritetyn yksisoluisen tyypin geeniekspression (esim. Monosyytit ja granulosyytit) erilaisissa leukosyyttisolupopulaatioissa suoraan perifeerisen verinäytteen. Tällaiset tulokset merkitsevät isäntävasteen luonnetta, ja niitä voidaan käyttää infektion tyypin (virus-, bakteerien tai aktiivisen tuberkuloosin) osoittamiseen.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Suora LS-TA on suhdepohjainen biomarkkeri (RBB) veren geeniekspressioanalyysille, joka voidaan suorittaa yleisesti saatavissa olevissa laitteissa (esim. qPCR tai digitaaliset PCR -koneet). Käyttämällä aikaisemman määritellyn numeraattorigeenin ja nimittäjägeenin TA-suhdetta, tämä RBB voi kvantifioida määritellyn perustuslaillisen yksisoluisen tyypin geeniekspression (esim. Monosyytit ja granulosyyttit) kokoveren soluseoksen näytteessä.
Suora LS-TA oli PI: n edelläkävijä menetelmä [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Ja sitä on kehitetty varhaisen B -soluvasteen kvantifioimiseksi rokotuksen jälkeen [doi: 10.3390/genes12070971].
Äskettäin menetelmää käytetään isäntävasteen biomarkkereiden kehittämiseen tartunnan jälkeen patogeenien tyypin (kuten virus-, bakteeri- tai aktiivisen tuberkuloosin) erottamiseksi. Numeroija- ja nimittäjägeenit on tunnistettu käyttämällä monosyyttien ja granulosyyttien julkisia geeniekspressiotietoaineistoja. Diagnostinen suorituskyky oli hyvä käyttämällä näitä julkisia tietoja.
Siksi näitä RBB: tä sovelletaan näihin retrospektiivisiin näytteisiin kuumepotilaiden diagnostisen (triaatio) suorituskyvyn arvioimiseksi ja vertaamiseksi erilaisiin patogeeniologioihin.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Bakteeri -infektionäyte: Organismin positiivinen eristäminen veriviljelmässä (bakteeri -infektionäyte)
- Kliininen diagnosoitu aktiivinen TB (tuberkuloosi -infektioryhmä)
Poissulkemiskriteerit:
- Loppuvaiheen munuaisten vajaatoiminta
- Raskaus
- Infektiot, joille pitkäaikainen antibioottihoito on voimakkaasti suositeltavaa (mukaan lukien tarttuva endokardiitti, osteoartikulaariset infektiot, aivo- tai maksa- tai keuhkojen paiseet, tuberkuloosi tai ei -ei -muurahaiset mykobakteeriset infektiot)
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Rokotuskontrollit
Tämän tutkimuksen perustasona kerättyjä jopa 200 aikuista näytettä käytetään suhteiden biomarkkereiden vertailualueiden määrittämiseen kvantitatiivisella PCR: llä tai digitaalisella PCR: llä.
|
Ei puuttumista tähän retrospektiiviseen tutkimukseen
|
|
Bakteeri -infektionäytteet
Retrospektiivinen näyte aikuisista potilaista, joilla on positiivinen bakteeriveriviljelmä.
|
Ei puuttumista tähän retrospektiiviseen tutkimukseen
|
|
Tuberkuloosinäytteet
Retrospektiivinen näyte aikuisista potilaista, joilla diagnosoitiin aktiivinen tuberkuloositauti.
|
Ei puuttumista tähän retrospektiiviseen tutkimukseen
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Virus-isäntävaste Suora LS-TA monosyyteissä (tyypin I interferonivaste)
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: Monosyytti. RBB -numeroijageeni: IFI27 tai IFI44L. RBB -nimittäjä Geeni: PSAP, CTSS tai CPVL. Eri RBB (esim. IFI27/PSAP ja IFI44L/PSAP -suhteita) verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn herkkyyden/spesifisyyden perusteella tartunnan ryhmien rokotuksen kontrollinäytteissä ja näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
|
Virus-isäntävaste Suora LS-TA granulosyytteissä (tyypin I interferonivaste)
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: granulosyytti. RBB -numeroijageeni: RSAD2 tai IFIT1. RBB -nimittäjä Geeni: SAT1 tai SRGN. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/spesifisyyden suhteen diagnostisen suorituskyvyn suhteen rokotuksen kontrollinäytteissä ja infektioryhmien näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
|
Bakteeri-infektion isäntävaste Suora LS-TA monosyyteissä (tulehdusta edistävä vaste)
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: Monosyytti. RBB -numeroijageeni: VNN1 tai NLRC4. RBB -nimittäjä Geeni: PSAP, CTSS tai CPVL. Erilaisia RBB: itä verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn spesifisyyden suhteen rokotuksen kontrollinäytteissä ja infektioryhmien näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
|
Bakteeri-infektion isäntävaste Suora LS-TA granulosyyteissä (tulehdusta edistävä vaste)
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: granulosyytti. RBB -numeroijageeni: Alpl, arg1 tai ansa3. RBB -nimittäjä Geeni: SAT1 tai SRGN. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/spesifisyyden suhteen diagnostisen suorituskyvyn suhteen rokotuksen kontrollinäytteissä ja infektioryhmien näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
|
Aktiivinen TB-isäntävaste Suora LS-TA monosyyteissä (tyypin II interferonivaste)
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: Monosyytti. RBB -numeroijageeni: Wars1, ATF3 tai Calhm6. RBB -nimittäjä Geeni: PSAP, CTSS tai CPVL. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/spesifisyyden suhteen diagnostisen suorituskyvyn suhteen rokotuksen kontrollinäytteissä ja infektioryhmien näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
|
Aktiivinen TB-isäntävaste Suora LS-TA granulosyytteissä (tyypin II interferonivaste)
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: granulosyytti. RBB -numeroijageeni: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A tai ETV7. RBB -nimittäjä Geeni: SAT1 tai SRGN. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/spesifisyyden suhteen diagnostisen suorituskyvyn suhteen rokotuksen kontrollinäytteissä ja infektioryhmien näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Näiden suorien LS-TA RBB: n vertailuvälit ja mediaani kontrolliryhmässä
Aikaikkuna: 1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Kunkin RBB: n mediaani -arvo ja keskimääräinen 95% -alue määritetään.
|
1 päivä (ensin kerätty näyte maahantulon jälkeen)
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- Direct LS-TA retrospective
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .