Ответ хозяина на инфекцию путем прямого анализа экспрессии/транскрипта гена типа лейкоцитов, прямой LS-TA
Профиль экспрессии отдельных клеток периферической крови и других генов биомаркеров для сортировки лихорадочных пациентов
Фебрильные заболевания являются распространенным заболеванием, особенно среди молодых пациентов, и крайне важно иметь раннюю сортировку пациентов в соответствии с различными этиологиями, чтобы обеспечить соответствующее лечение. Большинство диагностических тестов нацелены на обнаружение патогенов, в то время как другие анализы в основном связаны с сывороточными белками. Клетки крови были исследованы для дифференциации бактериальных и вирусных инфекций.
Здесь мы предлагаем разработать быстрый тест с использованием ответов хозяина с точки зрения экспрессии генов одноклеточных популяций периферических лейкоцитов (моноцитов и гранулоцитов), чтобы дифференцировать три основные категории инфекций, которые являются бактериальными, вирусными и туберкулезоми.
Анализ называется анализом изобилия с прямым лейкоцитарным транскриптом (TA) (Direct LS-TA), поскольку он может непосредственно определять экспрессию гена указанного отдельного типа (например, моноциты и гранулоциты) среди различных популяций клеток лейкоцитов непосредственно в образце периферической крови. Такие результаты означают характер ответа хозяина и могут использоваться для указания типа инфекции (вирусный, бактериальный или активный туберкулез).
Обзор исследования
Статус
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Прямой LS-TA является биомаркером на основе соотношений (RBB) для анализа экспрессии генов крови, который может быть выполнен в обычно доступном оборудовании (например, QPCR или цифровые машины ПЦР). Используя отношение TA предварительного определенного гена числителя и гена знаменателя, этот RBB может количественно определять экспрессию генов указанного конституционного отдельного типа (например, моноциты и гранулоциты) внутри клеточного образца цельной крови.
Direct LS-TA был методом, впервые зарегистрированным PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. И он был разработан для количественной оценки раннего ответа В -клеток после вакцинации [doi: 10.3390/genes12070971].
Недавно этот метод используется для разработки биомаркеров ответа хозяина после инфекции, чтобы дифференцировать тип патогенов (такие как вирусный, бактериальный или активный туберкулез). Гены числителей и знаменателей были идентифицированы с использованием общедоступных наборов данных экспрессии генов для моноцитов и гранулоцитов. Диагностическая производительность была хороша с использованием этих публичных данных.
Следовательно, эти RBB будут применяться в этих ретроспективных образцах для оценки и сравнения их диагностических (сортирующих) характеристик фебрильных пациентов с различными этиологиями патогенов.
Тип исследования
Регистрация (Действительный)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
-
Hong Kong, Гонконг
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения:
- Образец бактериальной инфекции: положительная выделение организма в культуре крови (группа образцов бактериальной инфекции)
- Клинический диагноз активный туберкулез (Tuberculosis Infection Group)
Критерии исключения:
- Почечная недостаточность конечной стадии
- Беременность
- Инфекции, для которых долгосрочное лечение антибиотиками настоятельно рекомендуется (включая инфекционный эндокардит, остеоартикулярные инфекции, церебральные или печеночные или легкие абсцессы, туберкулез или нетуберкулезные микобактериальные инфекции)
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Управление вакцинацией
До 200 образцов взрослых, собранных в качестве базовой линии этого исследования, будут использоваться для установления эталонных диапазонов биомаркеров на основе соотношений с помощью количественной ПЦР или цифровой ПЦР.
|
Нет вмешательства для этого ретроспективного исследования
|
|
Образцы бактериальной инфекции
Ретроспективный образцы взрослых пациентов с положительной бактериальной культурой крови.
|
Нет вмешательства для этого ретроспективного исследования
|
|
Образцы туберкулеза
Ретроспективная выборка у взрослых пациентов, у которых была диагностирована активная болезнь туберкулеза.
|
Нет вмешательства для этого ретроспективного исследования
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Ответ вирусного хоста Прямой LS-TA в моноцитах (ответ интерферона типа I)
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: моноцит. Rbb numerator gene: ifi27 или ifi44l. Ген знаменателя RBB: PSAP, CTSS или CPVL. Различные RBB (например, IFI27/PSAP и IFI44L/PSAP -соотношения) будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностических показателей в образцах контрольной вакцинации и образцов из групп инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо. |
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
|
Ответ вирусного хоста Прямой LS-TA в гранулоцитах (ответ интерферона типа I)
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: гранулоцит. Ген численности RBB: RSAD2 или ifit1. Ген знаменателя RBB: SAT1 или SRGN. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в образцах контрольной вакцинации и образцов из инфекционных групп. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо. |
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
|
Бактериальная инфекция реакция хозяина Прямая LS-TA в моноцитах (провоспалительный ответ)
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: моноцит. Rbb numerator gene: vnn1 или nlrc4. Ген знаменателя RBB: PSAP, CTSS или CPVL. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностических показателей в образцах контрольных вакцинации и образцов из групп инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо. |
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
|
Бактериальная инфекция реакция хозяина Прямая LS-TA в гранулоцитах (провоспалительный ответ)
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: гранулоцит. Rbb numerator gene: alpl, arg1 или ancya3. Ген знаменателя RBB: SAT1 или SRGN. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в образцах контрольной вакцинации и образцов из инфекционных групп. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо. |
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
|
Активный отклик хоста TB Direct LS-TA в моноцитах (ответ интерферона типа II)
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: моноцит. Rbb Numerator Gene: Wars1, ATF3 или CALHM6. Ген знаменателя RBB: PSAP, CTSS или CPVL. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в образцах контрольной вакцинации и образцов из инфекционных групп. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо. |
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
|
Активный отклик хоста TB Direct LS-TA в гранулоцитах (ответ интерферона типа II)
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: гранулоцит. Ген численности RBB: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A или ETV7. Ген знаменателя RBB: SAT1 или SRGN. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в образцах контрольной вакцинации и образцов из инфекционных групп. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо. |
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Справочные интервалы и медиана этих прямых LS-TA RBB в контрольной группе
Временное ограничение: 1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Среднее значение и центральный диапазон 95% каждого RBB будут определены.
|
1 день (впервые собранный образец после поступления)
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Публикации и полезные ссылки
Общие публикации
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- Direct LS-TA retrospective
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Описание плана IPD
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
продукт, произведенный в США и экспортированный из США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .