Resposta do hospedeiro à infecção por análise direta da abundância/transcrição do tipo de célula única do tipo de célula de leucócitos, LS-TA direto
Perfil de expressão do tipo de célula única de sangue periférico de genes estimulados por interferon e outros genes de biomarcadores para a triagem de pacientes febris
A doença febril é uma condição comum, particularmente entre os pacientes jovens e é crucial ter uma triagem precoce de pacientes de acordo com várias etiologias para permitir o tratamento apropriado. A maioria dos testes de diagnóstico é direcionada para a detecção de patógenos, enquanto outros ensaios estão principalmente relacionados a proteínas séricas. O transcriptoma das células sanguíneas foi explorado para diferenciar infecções bacterianas e virais.
Aqui, propomos desenvolver um teste rápido usando as respostas do hospedeiro em termos de expressões genéticas de populações de células unicelulares de leucócitos periféricos (monócitos e granulócitos) para diferenciar três categorias principais de infecções que são bacterianas, virais e tuberculose.
O ensaio é chamado de abundância direta de transcrição de leucócitos de leucócitos (TA) (LS-TA direto), pois pode determinar diretamente a expressão gênica de um tipo de célula única especificada (por exemplo monócitos e granulócitos) entre várias populações de células de leucócitos diretamente em uma amostra de sangue periférico. Tais resultados significam a natureza da resposta do hospedeiro e podem ser usados para indicar o tipo de infecção (tuberculose viral, bacteriana ou ativa).
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
O LS-TA direto é um biomarcador baseado em razão (RBB) para análise de expressão de genes sanguíneos que pode ser realizada em equipamentos comumente disponíveis (por exemplo, qPCR ou máquinas de PCR digital). Usando a razão de TA de gene numerador definido anterior e gene denominador, este RBB pode quantificar a expressão gênica do tipo de célula única constitucional especificada (por exemplo monócitos e granulócitos) dentro de uma amostra de mistura celular de sangue total.
O LS-TA direto foi pioneiro no Pi [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. E foi desenvolvido para quantificação da resposta precoce das células B após a vacinação [doi: 10.3390/genes12070971].
Recentemente, o método é usado para desenvolver biomarcadores de resposta do hospedeiro após a infecção para diferenciar o tipo de patógenos (como tuberculose viral, bacteriana ou ativa). Os genes numeradores e denominadores foram identificados usando conjuntos de dados de expressão de genes públicos para monócitos e granulócitos. O desempenho diagnóstico foi bom usando esses dados públicos.
Portanto, esses RBBs serão aplicados nessas amostras retrospectivas para avaliar e comparar seu desempenho diagnóstico (triagem) de pacientes febris em diferentes etiologias de patógenos.
Tipo de estudo
Inscrição (Real)
Contactos e Locais
Locais de estudo
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Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critérios de inclusão:
- Amostra de infecção bacteriana: isolamento positivo do organismo na cultura do sangue (grupo de amostras de infecção bacteriana)
- TB ativo diagnosticado clínico (grupo de infecção por tuberculose)
Critérios de exclusão:
- Fase renal em estágio final
- Gravidez
- Infecções para as quais o tratamento de antibióticos a longo prazo é fortemente recomendado (incluindo endocardite infecciosa, infecções osteoarticulares, abscessos cerebrais ou hepáticos ou pulmonares, tuberculose ou infecções micobacterianas não -bobos))
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
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Controles de vacinação
Até 200 amostras adultas coletadas como linha de base deste estudo serão usadas para estabelecer os intervalos de referência dos biomarcadores baseados em proporção por PCR quantitativa ou PCR digital.
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Nenhuma intervenção para este estudo retrospectivo
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Amostras de infecção bacteriana
Uma amostra retrospectiva de pacientes adultos com cultura sanguínea bacteriana positiva.
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Nenhuma intervenção para este estudo retrospectivo
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Amostras de tuberculose
Uma amostra retrospectiva de pacientes adultos que foram diagnosticados para ter doença de tuberculose ativa.
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Nenhuma intervenção para este estudo retrospectivo
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Resposta do host viral LS-TA direto em monócitos (resposta do interferon tipo I)
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O LS-TA direto é um tipo de RBB que pode ser facilmente quantificado por qPCR ou DPCR de um par de genes, o gene do numerador RBB e o gene denominador RBB. O biomarcador é a proporção dos 2 genes. Tipo de célula única: monócito. Gene do numerador RBB: ifi27 ou ifi44l. Gene denominador RBB: PSAP, CTSS ou CPVL. Os vários RBB (p. As taxas IFI27/PSAP e IFI44L/PSAP) serão comparadas em termos de sensibilidade/especificidade do desempenho diagnóstico nas amostras de controle de vacinação e amostras de grupos de infecção. A AUC da análise ROC será realizada quando apropriado. |
1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Resposta do hospedeiro viral LS direto-ta em granulócitos (resposta do interferon tipo I)
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O LS-TA direto é um tipo de RBB que pode ser facilmente quantificado por qPCR ou DPCR de um par de genes, o gene do numerador RBB e o gene denominador RBB. O biomarcador é a proporção dos 2 genes. Tipo de célula única: granulócito. Gene do numerador RBB: rsad2 ou ifit1. Gene denominador RBB: SAT1 ou SRGN. Os vários RBB serão comparados em termos de sensibilidade/especificidade do desempenho diagnóstico nas amostras de controle da vacinação e amostras de grupos de infecção. A AUC da análise ROC será realizada quando apropriado. |
1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Resposta do hospedeiro de infecção bacteriana LS-TA direta em monócitos (resposta pró-inflamatória)
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O LS-TA direto é um tipo de RBB que pode ser facilmente quantificado por qPCR ou DPCR de um par de genes, o gene do numerador RBB e o gene denominador RBB. O biomarcador é a proporção dos 2 genes. Tipo de célula única: monócito. Gene numerador RBB: vnn1, ou nlrc4. Gene denominador RBB: PSAP, CTSS ou CPVL. Os vários RBBs serão comparados em termos de sensibilidade/especificidade do desempenho diagnóstico nas amostras de controle da vacinação e amostras de grupos de infecção. A AUC da análise ROC será realizada quando apropriado. |
1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Resposta do hospedeiro de infecção bacteriana LS direta LS em granulócitos (resposta pró-inflamatória)
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O LS-TA direto é um tipo de RBB que pode ser facilmente quantificado por qPCR ou DPCR de um par de genes, o gene do numerador RBB e o gene denominador RBB. O biomarcador é a proporção dos 2 genes. Tipo de célula única: granulócito. Gene do numerador RBB: ALPL, ARG1 ou ANLA3. Gene denominador RBB: SAT1 ou SRGN. Os vários RBB serão comparados em termos de sensibilidade/especificidade do desempenho diagnóstico nas amostras de controle da vacinação e amostras de grupos de infecção. A AUC da análise ROC será realizada quando apropriado. |
1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Resposta ativa do host TB LS-TA DIRETO em monócitos (resposta do interferon tipo II)
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O LS-TA direto é um tipo de RBB que pode ser facilmente quantificado por qPCR ou DPCR de um par de genes, o gene do numerador RBB e o gene denominador RBB. O biomarcador é a proporção dos 2 genes. Tipo de célula única: monócito. RBB Numerator Gene: Wars1, ATF3 ou Calhm6. Gene denominador RBB: PSAP, CTSS ou CPVL. Os vários RBB serão comparados em termos de sensibilidade/especificidade do desempenho diagnóstico nas amostras de controle da vacinação e amostras de grupos de infecção. A AUC da análise ROC será realizada quando apropriado. |
1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Resposta ativa do host TB LS-TA DIRETO em granulócitos (resposta do interferon tipo II)
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O LS-TA direto é um tipo de RBB que pode ser facilmente quantificado por qPCR ou DPCR de um par de genes, o gene do numerador RBB e o gene denominador RBB. O biomarcador é a proporção dos 2 genes. Tipo de célula única: granulócito. Gene numerador RBB: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A ou ETV7. Gene denominador RBB: SAT1 ou SRGN. Os vários RBB serão comparados em termos de sensibilidade/especificidade do desempenho diagnóstico nas amostras de controle da vacinação e amostras de grupos de infecção. A AUC da análise ROC será realizada quando apropriado. |
1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Intervalos de referência e mediana desses LS-TA RBB direto no grupo controle
Prazo: 1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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O valor médio e a faixa central de 95% de cada RBB serão determinados.
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1 dia (primeira amostra coletada após a admissão)
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Publicações e links úteis
Publicações Gerais
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Estimado)
Conclusão do estudo (Estimado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- Direct LS-TA retrospective
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Descrição do plano IPD
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
produto fabricado e exportado dos EUA
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