Respuesta del huésped a la infección mediante análisis directo de la abundancia de expresión/transcripción de la expresión/transcripción de tipo de células individuales de leucocitos, LS-TA directo
Perfil de expresión de tipo de célula monofásica de sangre periférica de genes de biomarcadores estimulados por interferón y otros biomarcadores para pacientes febriles
La enfermedad febril es una condición común, particularmente entre los pacientes jóvenes y es crucial tener una clasificación temprana de pacientes de acuerdo con diversas etiologías para permitir el tratamiento adecuado. La mayoría de las pruebas de diagnóstico están dirigidas a la detección de patógenos, mientras que otros ensayos están en su mayoría relacionados con proteínas séricas. El transcriptoma de los glóbulos sanguíneos se ha explorado para diferenciar las infecciones bacterianas y virales.
Aquí, proponemos desarrollar una prueba rápida utilizando las respuestas del huésped en términos de expresiones génicas de poblaciones de células individuales de leucocitos periféricos (monocitos y granulocitos) para diferenciar tres categorías principales de infecciones que son bacterianas, virales y tuberculosis.
El ensayo se denomina ensayo de abundancia de transcripción de tipo celular de leucocito directo (TA) (LS-TA directo), ya que puede determinar directamente la expresión génica de un tipo de célula única especificada (p. Ej. Monocitos y granulocitos) entre varias poblaciones de células de leucocitos directamente en una muestra de sangre periférica. Dichos resultados significan la naturaleza de la respuesta del huésped y pueden usarse para indicar el tipo de infección (tuberculosis viral, bacteriana o activa).
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Direct LS-TA es un biomarcador basado en la relación (RBB) para el análisis de expresión génica sanguínea que se puede realizar en equipos comúnmente disponibles (p. Ej. QPCR o máquinas de PCR digitales). Usando la relación de TA del gen numerador definido previo y el gen denominador, este RBB puede cuantificar la expresión génica del tipo de células individuales especificadas (p. Ej. Monocitos y granulocitos) dentro de una muestra de mezcla celular de sangre completa.
Direct LS-TA fue un método pionero por el PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Y se ha desarrollado para la cuantificación de la respuesta temprana de las células B después de la vacunación [doi: 10.3390/genes12070971].
Recientemente, el método se utiliza para desarrollar biomarcadores de respuesta del huésped después de la infección para diferenciar el tipo de patógenos (como tuberculosis viral, bacteriana o activa). Los genes numeradores y denominadores se han identificado utilizando conjuntos de datos de expresión génica pública para monocitos y granulocitos. El rendimiento diagnóstico fue bueno utilizando estos datos públicos.
Por lo tanto, estos RBB se aplicarán en estas muestras retrospectivas para evaluar y comparar su rendimiento de diagnóstico (triaje) de pacientes febriles en diferentes etiologías de patógenos.
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Muestra de infección bacteriana: aislamiento positivo del organismo en el hemocultivo (grupo de muestra de infección bacteriana)
- TB activo diagnosticado clínico (grupo de infección de tuberculosis)
Criterios de exclusión:
- Falla renal de la etapa final
- Embarazo
- Se recomienda fuertemente infecciones para las que se recomienda el tratamiento antibiótico a largo plazo (incluida la endocarditis infecciosa, las infecciones osteoarticulares, los abscesos cerebrales o hepáticos o pulmonares, la tuberculosis o las infecciones nontuberculas micobacterianas)
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Controles de vacunación
Se utilizarán hasta 200 muestras de adultos recolectadas como línea de base de este estudio para establecer los rangos de referencia de los biomarcadores basados en la relación mediante PCR cuantitativa o PCR digital.
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Sin intervención para este estudio retrospectivo
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Muestras de infección bacteriana
Una muestra retrospectiva de pacientes adultos con hemocultivo bacteriano positivo.
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Sin intervención para este estudio retrospectivo
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Muestras de tuberculosis
Una muestra retrospectiva de pacientes adultos que fueron diagnosticados para tener enfermedad de tuberculosis activa.
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Sin intervención para este estudio retrospectivo
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Respuesta del huésped viral Direct LS-TA en monocitos (respuesta al interferón tipo I)
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: monocito. Gen numerador RBB: IFI27 o IFI44L. Gen denominador RBB: PSAP, CTSS o CPVL. Los diversos RBB (p. Ej. Las relaciones IFI27/PSAP e IFI44L/PSAP) se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de control de vacunación y muestras de grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Respuesta del huésped viral Direct LS-TA en granulocitos (respuesta al interferón tipo I)
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: granulocito. Gen numerador RBB: RSAD2 o IFIT1. Gen denominador RBB: SAT1 o SRGN. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de control de vacunación y muestras de grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Infección bacteriana Respuesta del huésped LS-TA directo en monocitos (respuesta proinflamatoria)
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: monocito. Gen numerador RBB: VNN1 o NLRC4. Gen denominador RBB: PSAP, CTSS o CPVL. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de control de vacunación y muestras de grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Infección bacteriana Respuesta del huésped LS-TA directo en granulocitos (respuesta proinflamatoria)
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: granulocito. Gen numerador RBB: ALPL, Arg1 o AnxA3. Gen denominador RBB: SAT1 o SRGN. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de control de vacunación y muestras de grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Respuesta del huésped de TB activo LS-TA directo en monocitos (respuesta al interferón tipo II)
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: monocito. Gen Numerator RBB: Wars1, ATF3 o Calhm6. Gen denominador RBB: PSAP, CTSS o CPVL. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de control de vacunación y muestras de grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Respuesta activa del huésped TB Direct LS-TA en granulocitos (respuesta al interferón tipo II)
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: granulocito. Gen numerador RBB: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A o ETV7. Gen denominador RBB: SAT1 o SRGN. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de control de vacunación y muestras de grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Intervalos de referencia y mediana de estos RBB directo LS-TA en el grupo de control
Periodo de tiempo: 1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Se determinará el valor mediano y el rango central del 95% de cada RBB.
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1 día (primera muestra recolectada después de la admisión)
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Colaboradores e Investigadores
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Publicaciones y enlaces útiles
Publicaciones Generales
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
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- Direct LS-TA retrospective
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
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Descripción del plan IPD
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
producto fabricado y exportado desde los EE. UU.
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