Vertsrespons på infeksjon ved direkte analyse av leukocytt enkeltcelletype genuttrykk/transkripsjonsforekomst, direkte LS-TA
Perifert ekspresjonsprofil for enkelt celletype av interferon-stimulerte og andre biomarkørgener for triage av feberpasienter
Febre sykdom er en vanlig tilstand, spesielt blant unge pasienter, og det er avgjørende å ha en tidlig triage av pasienter i henhold til forskjellige etiologier for å muliggjøre passende behandling. De fleste diagnostiske tester er målrettet mot påvisning av patogener, mens andre analyser stort sett er relatert til serumproteiner. Transkriptom for blodceller er blitt undersøkt for å differensiere bakterie- og virusinfeksjoner.
Her foreslår vi å utvikle en rask test ved bruk av vertsresponsene når det gjelder genuttrykk av encellepopulasjoner av perifere leukocytter (monocytter og granulocytter) for å skille tre hovedkategorier av infeksjoner som er bakteriell, viral og tuberkulose.
Analysen kalles direkte leukocytt-enkeltcelletype transkripsjonsforekomst (TA) -analyse (direkte LS-TA), da den direkte kan bestemme genuttrykket til en spesifisert enkeltcelletype (f.eks. monocytter og granulocytter) blant forskjellige leukocyttcellepopulasjoner direkte i en perifer blodprøve. Slike resultater indikerer arten av vertsrespons og kan brukes til å indikere infeksjonstypen (viral, bakteriell eller aktiv tuberkulose).
Studieoversikt
Status
Forhold
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
Direkte LS-TA er en forholdsbasert biomarkør (RBB) for blodgenekspresjonsanalyse som kan utføres i vanlig tilgjengelig utstyr (f.eks. QPCR eller digitale PCR -maskiner). Ved å bruke forholdet mellom TA for tidligere definert numeratorgen og denominator-genet, kan dette RBB kvantifisere genuttrykk av den spesifiserte konstitusjonelle enkeltcelletypen (f.eks. monocytter og granulocytter) inne i en celleblandingsprøve av fullblod.
Direkte LS-TA var en metode som var pioner av PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Og det er utviklet for kvantifisering av tidlig B -cellespons etter vaksinasjon [DOI: 10.3390/Genes12070971].
Nylig brukes metoden for å utvikle biomarkører for vertsrespons etter infeksjon for å skille typen patogener (for eksempel viral, bakteriell eller aktiv tuberkulose). Teller og nevnergener er blitt identifisert ved bruk av offentlige genuttrykksdatasett for monocytter og granulocytter. Diagnostisk ytelse var bra ved å bruke disse offentlige dataene.
Derfor vil disse RBB -ene bli brukt i disse retrospektive prøvene for å evaluere og sammenligne deres diagnostiske (triage) ytelse av feberpasienter til forskjellige patogenetiologier.
Studietype
Registrering (Faktiske)
Kontakter og plasseringer
Studiesteder
-
-
-
Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Voksen
- Eldre voksen
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inkluderingskriterier:
- Bakteriell infeksjonsprøve: Positiv isolasjon av organisme i blodkultur (bakteriell infeksjonsprøvegruppe)
- Klinisk diagnostisert aktiv TB (tuberkuloseinfeksjonsgruppe)
Eksklusjonskriterier:
- Nyresvikt i sluttstadiet
- Svangerskap
- Infeksjoner som langvarig antibiotikabehandling er sterkt anbefalt (inkludert infektiv endokarditt, osteoartikulære infeksjoner, cerebral eller lever- eller lunge -abscesser, tuberkulose eller ikke -tuberkuløse mykobakterielle infeksjoner)
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Vaksinasjonskontroller
Opptil 200 voksne prøver samlet som grunnlinjen for denne studien vil bli brukt for å etablere referanseseriene til de forholdsbaserte biomarkørene med kvantitativ PCR eller digital PCR.
|
Ingen inngrep for denne retrospektive studien
|
|
Bakterielle infeksjonsprøver
En retrospektiv prøve av voksne pasienter med positiv bakteriell blodkultur.
|
Ingen inngrep for denne retrospektive studien
|
|
Tuberkuloseprøver
En retrospektiv prøve av voksne pasienter som ble diagnostisert for å ha aktiv tuberkulosesykdom.
|
Ingen inngrep for denne retrospektive studien
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Viral vertsrespons direkte LS-TA i monocytter (type I interferonrespons)
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB som lett kan kvantifiseres ved qPCR eller DPCR av et par gener, RBB-teller-genet og RBB-nevnergenet. Biomarkøren er forholdet mellom de to genene. Enkelt celletype: monocytt. RBB Numerator -gen: IFI27 eller IFI44L. RBB nevnergen: PSAP, CTSS eller CPVL. De forskjellige RBB (f.eks. IFI27/PSAP og IFI44L/PSAP -forhold) vil bli sammenlignet med tanke på deres følsomhet/spesifisitet av diagnostisk ytelse i vaksinasjonskontrollprøvene og prøvene fra infeksjonsgrupper. AUC for ROC -analyse vil bli utført der det er aktuelt. |
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
|
Viral vertsrespons direkte LS-TA i granulocytter (type I interferonrespons)
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB som lett kan kvantifiseres ved qPCR eller DPCR av et par gener, RBB-teller-genet og RBB-nevnergenet. Biomarkøren er forholdet mellom de to genene. Enkelt celletype: granulocytt. RBB Numerator -gen: RSAD2 eller IFIT1. RBB nevnergen: SAT1 eller SRGN. De forskjellige RBB vil bli sammenlignet med tanke på deres følsomhet/spesifisitet av diagnostisk ytelse i vaksinasjonskontrollprøvene og prøvene fra infeksjonsgrupper. AUC for ROC -analyse vil bli utført der det er aktuelt. |
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
|
Bakteriell infeksjon vertsrespons direkte LS-TA i monocytter (pro-inflammatorisk respons)
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB som lett kan kvantifiseres ved qPCR eller DPCR av et par gener, RBB-teller-genet og RBB-nevnergenet. Biomarkøren er forholdet mellom de to genene. Enkelt celletype: monocytt. RBB Numerator -gen: VNN1, eller NLRC4. RBB nevnergen: PSAP, CTSS eller CPVL. De forskjellige RBB -ene vil bli sammenlignet med tanke på deres følsomhet/spesifisitet av diagnostisk ytelse i vaksinasjonskontrollprøvene og prøvene fra infeksjonsgrupper. AUC for ROC -analyse vil bli utført der det er aktuelt. |
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
|
Bakteriell infeksjon vertsrespons direkte LS-TA i granulocytter (pro-inflammatorisk respons)
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB som lett kan kvantifiseres ved qPCR eller DPCR av et par gener, RBB-teller-genet og RBB-nevnergenet. Biomarkøren er forholdet mellom de to genene. Enkelt celletype: granulocytt. RBB Numerator -gen: ALPL, ARG1 eller ANXA3. RBB nevnergen: SAT1 eller SRGN. De forskjellige RBB vil bli sammenlignet med tanke på deres følsomhet/spesifisitet av diagnostisk ytelse i vaksinasjonskontrollprøvene og prøvene fra infeksjonsgrupper. AUC for ROC -analyse vil bli utført der det er aktuelt. |
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
|
Aktiv TB vertsrespons Direkte LS-TA i monocytter (Type II interferonrespons)
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB som lett kan kvantifiseres ved qPCR eller DPCR av et par gener, RBB-teller-genet og RBB-nevnergenet. Biomarkøren er forholdet mellom de to genene. Enkelt celletype: monocytt. RBB Numerator -gen: WARS1, ATF3 eller CALHM6. RBB nevnergen: PSAP, CTSS eller CPVL. De forskjellige RBB vil bli sammenlignet med tanke på deres følsomhet/spesifisitet av diagnostisk ytelse i vaksinasjonskontrollprøvene og prøvene fra infeksjonsgrupper. AUC for ROC -analyse vil bli utført der det er aktuelt. |
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
|
Aktiv TB vertsrespons Direkte LS-TA i granulocytter (Type II interferonrespons)
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Direkte LS-TA er en slags RBB som lett kan kvantifiseres ved qPCR eller DPCR av et par gener, RBB-teller-genet og RBB-nevnergenet. Biomarkøren er forholdet mellom de to genene. Enkelt celletype: granulocytt. RBB Numerator -gen: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A eller ETV7. RBB nevnergen: SAT1 eller SRGN. De forskjellige RBB vil bli sammenlignet med tanke på deres følsomhet/spesifisitet av diagnostisk ytelse i vaksinasjonskontrollprøvene og prøvene fra infeksjonsgrupper. AUC for ROC -analyse vil bli utført der det er aktuelt. |
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Referanseintervaller og median av disse direkte LS-TA RBB i kontrollgruppen
Tidsramme: 1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Medianverdien og det sentrale 95% -området for hver RBB vil bli bestemt.
|
1 dag (først samlet prøve etter innleggelse)
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Publikasjoner og nyttige lenker
Generelle publikasjoner
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Antatt)
Studiet fullført (Antatt)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- Direct LS-TA retrospective
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
IPD-planbeskrivelse
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
produkt produsert i og eksportert fra USA
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .