Risposta dell'ospite all'infezione mediante analisi diretta dell'espressione genica/trascrizione del tipo di cellula singola leucocita, LS-TA diretta
Profilo di espressione di tipo cellulare singolo periferico del sangue singolo di geni di biomarcatori stimolati dall'interferone e altri geni di biomarcatore per il triage di pazienti febbrili
La malattia febbrile è una condizione comune, in particolare tra i giovani pazienti ed è fondamentale avere un triage precoce di pazienti secondo varie eziologie per consentire un trattamento adeguato. La maggior parte dei test diagnostici sono mirati alla rilevazione di agenti patogeni mentre altri test sono principalmente correlati alle proteine sieriche. Il trascrittoma delle cellule del sangue è stato esplorato per differenziare le infezioni batteriche e virali.
Qui, proponiamo di sviluppare un test rapido usando le risposte ospiti in termini di espressioni geniche delle popolazioni a cellule singole di leucociti periferici (monociti e granulociti) per differenziare tre principali categorie di infezioni che sono batteriche, virali e tubercolosi.
Il dosaggio è chiamato dosaggio di trascrizione di tipo cellulare a singolo tipo di leucociti diretto (TA) (LS-TA diretto) in quanto può determinare direttamente l'espressione genica di un singolo tipo di cellula specifica (ad es. Monociti e granulociti) tra le varie popolazioni di cellule di leucociti direttamente in un campione di sangue periferico. Tali risultati indicano la natura della risposta dell'ospite e possono essere utilizzati per indicare il tipo di infezione (tubercolosi virale, batterica o attiva).
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Direct LS-TA è un biomarcatore basato sul rapporto (RBB) per l'analisi dell'espressione genica del sangue che può essere eseguito in apparecchiature comunemente disponibili (ad es. QPCR o macchine PCR digitali). Utilizzando il rapporto tra il gene numeratore definito e il gene denominatore definito, questo RBB può quantificare l'espressione genica del tipo di cellula singolo costituzionale specificata (ad es. Monociti e granulociti) all'interno di un campione di sangue cellulare di sangue intero.
Direct LS-TA è stato un metodo aperto da PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Ed è stato sviluppato per la quantificazione della risposta precoce delle cellule B dopo la vaccinazione [DOI: 10.3390/genes12070971].
Recentemente, il metodo viene utilizzato per sviluppare biomarcatori di risposta dell'ospite dopo infezione per differenziare il tipo di agenti patogeni (come la tubercolosi virale, batterica o attiva). I geni numeratori e denominatori sono stati identificati utilizzando set di dati di espressione genica pubblica per monociti e granulociti. Le prestazioni diagnostiche sono state buone utilizzando questi dati pubblici.
Pertanto, questi RBB saranno applicati in questi campioni retrospettivi per valutare e confrontare le loro prestazioni diagnostiche (triage) dei pazienti febbrili in diverse eziologie patogene.
Tipo di studio
Iscrizione (Effettivo)
Contatti e Sedi
Luoghi di studio
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Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criteri di inclusione:
- Campione di infezione batterica: isolamento positivo dell'organismo nella cultura emocroccia (gruppo di campioni di infezione batterica)
- TB attivo diagnosticato clinico (gruppo di infezione da tubercolosi)
Criteri di esclusione:
- Insufficienza renale alla fase finale
- Gravidanza
- Infezioni per le quali è fortemente raccomandato il trattamento antibiotico a lungo termine (compresa l'endocardite infettiva, le infezioni osteoarticolari, le infezioni micobatteriche cerebrali o epatiche o polmonari)
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
Intervento / Trattamento |
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Controlli di vaccinazione
Fino a 200 campioni adulti raccolti come base di questo studio verranno utilizzati per stabilire gli intervalli di riferimento dei biomarcatori basati sul rapporto mediante PCR quantitativo o PCR digitale.
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Nessun intervento per questo studio retrospettivo
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Campioni di infezione batterica
Un campione retrospettivo di pazienti adulti con emocoltura batterica positiva.
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Nessun intervento per questo studio retrospettivo
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Campioni di tubercolosi
Un campione retrospettivo di pazienti adulti a cui è stato diagnosticato la malattia della tubercolosi attiva.
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Nessun intervento per questo studio retrospettivo
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Risposta dell'ospite virale Diretto LS-TA nei monociti (risposta dell'interferone di tipo I)
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: monocita. Gene numeratore RBB: IFI27 o IFI44L. Gene denominatore RBB: PSAP, CTSS o CPVL. I vari RBB (ad es. I rapporti IFI27/PSAP e IFI44L/PSAP) verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di controllo della vaccinazione e campioni da gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Risposta dell'ospite virale Diretto LS-TA nei granulociti (risposta dell'interferone di tipo I)
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: granulocita. Gene numeratore RBB: RSAD2 o IFIT1. Gene denominatore RBB: SAT1 o SRGN. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di controllo della vaccinazione e campioni da gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Risposta dell'ospite di infezione batterica Diretta LS-TA nei monociti (risposta pro-infiammatoria)
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: monocita. Gene numeratore RBB: VNN1 o NLRC4. Gene denominatore RBB: PSAP, CTSS o CPVL. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di controllo della vaccinazione e campioni da gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Risposta dell'ospite di infezione batterica Diretta LS-TA nei granulociti (risposta pro-infiammatoria)
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: granulocita. Gene numeratore RBB: ALPL, Arg1 o AnxA3. Gene denominatore RBB: SAT1 o SRGN. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di controllo della vaccinazione e campioni da gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Risposta dell'host TB attiva LS-TA diretta nei monociti (risposta dell'interferone di tipo II)
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: monocita. Gene numeratore RBB: Wars1, ATF3 o CALHM6. Gene denominatore RBB: PSAP, CTSS o CPVL. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di controllo della vaccinazione e campioni da gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Risposta dell'host TB attiva LS-TA diretta nei granulociti (risposta dell'interferone di tipo II)
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: granulocita. Gene numeratore RBB: ankrd22, BATF2, CD274, FCGR1A o ETV7. Gene denominatore RBB: SAT1 o SRGN. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di controllo della vaccinazione e campioni da gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Intervalli di riferimento e mediana di questi RBB LS-TA diretti nel gruppo di controllo
Lasso di tempo: 1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Verranno determinati il valore mediano e l'intervallo centrale del 95% di ciascun RBB.
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1 giorno (primo campione raccolto dopo l'ammissione)
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Pubblicazioni e link utili
Pubblicazioni generali
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
- Direct single cell-type gene expression analysis in Whole blood: Novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for monitoring bacterial infection Nelson LS Tang, Tsz-Ki Kwan, Dan Huang, Suk Ling Ma, K.S. Leung bioRxiv 2025.01.27.634977; doi: https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634977
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Completamento dello studio (Stimato)
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Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
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Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- Direct LS-TA retrospective
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