출생 후 코호트에서 구성 게놈 변이 식별을 위한 광학 게놈 매핑 검증
2023년 8월 4일 업데이트: Bionano Genomics
이 연구 전용(RUO) 연구의 목적은 Bionano Genomics Saphyr 시스템을 사용하여 OGM(Optical Genome Mapping)으로 인간 DNA에서 게놈 구조 변이(SV)를 검출하는 것입니다.
SV는 삭제, 복제, 균형 및 불균형 재배열(예: 반전 또는 전좌), 특정 반복 확장 및 수축을 포함하는 유전적 교대 유형입니다.
OGM 분석 결과는 이전 임상 유전자 검사 결과와 비교되어 OGM이 염색체 마이크로어레이 분석(CMA), 핵형 분석, 서던 블롯 분석, 중합효소 연쇄 반응(PCR)과 같은 현재 표준 치료(SOC) 임상 검사 방법과 어떻게 비교되는지 결정합니다. ), FISH(Fluorescence in situ hybridization) 및/또는 NGS(next generation sequencing) 등
연구 개요
상세 설명
광학 게놈 매핑(OGM)은 게놈의 구조 변이(SV)에 대한 포괄적인 분석을 가능하게 하는 차세대 세포 게놈 도구입니다. 현재 반복에서 OGM은 Bionano Genomics(San Diego, CA)에서 개발하고 판매하는 Saphyr 시스템에서 수행됩니다. OGM은 게놈 전체에서 발생하는 고유한 6개 염기쌍 시퀀스 모티프(CTTAAG)에서 표지된 매우 긴 DNA 분자(>150kbp)의 이미징을 사용합니다. 표지된 DNA 분자의 이미지는 삭제, 복제, 균형/불균형 게놈 재배열(삽입, 역위 및 전좌)과 같은 SV의 모든 클래스를 식별하기 위해 참조 게놈과 비교할 수 있는 새로운 어셈블리를 생성하는 데 사용됩니다. 배열 확장/축소 반복). 또한 별도의 커버리지 기반 알고리즘을 통해 게놈 차원의 복제 수 분석(CMA와 유사) 및 이형 접합체(AOH) 분석의 부재를 감지할 수 있습니다. 동일한 분석에서 동시 또는 단계별 데이터 분석 파이프라인은 안면견갑상완 근이영양증 유형 1(FSHD1)과 일치하는 D4Z4 반복 수축뿐만 아니라 병원성 CGG 반복 확장(취약한 X 증후군과 일치)의 크기를 조정할 수 있습니다. 최근 여러 연구에서 OGM은 표준 치료 테스트와 우수한 일치성을 보여주었습니다. 중요한 것은 OGM 워크플로우가 3-5일 이내에 결과를 제공할 수 있다는 것입니다.
IRB(Institutional Review Board)에서 승인한 이 이중 맹검, 다중 사이트, 후향적 관찰 연구의 목적은 표준 치료 테스트(예: CMA, 핵형 분석, Southern 블롯 분석, PCR, FISH 및/또는 NGS 등), 이수성, 유전자 내 및 연속 결실, 복제, 균형 및 불균형 전좌, 역위, 동염색체, 고리 염색체, 반복 확장, 반복 수축 등. 이 연구는 또한 여러 사이트에서 수많은 작업자가 다양한 Saphyr 기기에서 수행한 OGM 분석의 민감도, 특이성 및 재현성을 평가하도록 설계되었습니다. 모든 사이트에서 합의 테스트 및 해석 프로토콜이 개발 및 구현되었습니다.
연구 유형
관찰
등록 (추정된)
1000
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 연락처
- 이름: Alex Hastie, PhD
- 전화번호: 267-315-0914
- 이메일: ahastie@bionanogenomics.com
연구 연락처 백업
- 이름: Megan Martin, MS
- 전화번호: 801-931-6203
- 이메일: mmartin@bionano.com
연구 장소
-
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Georgia
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Atlanta, Georgia, 미국, 30328
- 모집하지 않고 적극적으로
- Praxis Genomics
-
Augusta, Georgia, 미국, 30912
- 모집하지 않고 적극적으로
- Augusta University Research Institute
-
-
Iowa
-
Iowa City, Iowa, 미국, 52242
- 모집하지 않고 적극적으로
- University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
-
-
New York
-
New York, New York, 미국, 10032
- 모집하지 않고 적극적으로
- Columbia University Irving Medical Center
-
W. Henrietta, New York, 미국, 14586
- 모집하지 않고 적극적으로
- DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
-
-
South Carolina
-
Greenwood, South Carolina, 미국, 29646
- 모병
- Greenwood Genetic Center
-
수석 연구원:
- Steven A. Skinner, MD
-
-
Utah
-
Salt Lake City, Utah, 미국, 84109
- 모병
- Lineagen (A Bionano Genomics Company)
-
-
Wisconsin
-
Milwaukee, Wisconsin, 미국, 53226
- 모집하지 않고 적극적으로
- Medical College of Wisconsin
-
-
참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
샘플링 방법
비확률 샘플
연구 인구
개인은 광학 게놈 매핑 결과와 비교하기 위해 치료 표준 유전자 검사 결과(예: CMA, 핵형 분석, 서던 블롯 분석, PCR, FISH 및/또는 NGS 등)가 있는 경우 모집됩니다.
설명
포함 기준:
- CMA, 핵형 분석, 서던 블롯 분석, PCR, FISH 및/또는 NGS 또는 임상 테스트 결과를 OGM 결과와 비교할 수 있는 기타 표준 치료(SOC) 유전자 테스트 기술로 식별된 게놈 이상을 가진 개인.
- OGM 결과와 비교할 수 있는 이전 SOC 유전자 검사 결과 음성 환자.
제외 기준:
- 테스트 실험실에서 연구를 거부한 모든 개인.
- 유전자 검사에 다음과 같은 변이가 포함된 개인: 병원성 서열 변이, acrocentric p-arm 및 centromeres와 관련된 이상, 20% 미만의 모자이즘 및 4배체.
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 관찰 모델: 보병대
- 시간 관점: 회고전
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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치료 표준 유전자 검사 그룹
표준 치료(SOC) 테스트(예: CMA, 핵형 분석, 서던 블롯 분석, PCR, FISH 및/또는 NGS 등)의 게놈 테스트 결과가 있는 개인은 SOC 결과를 결과와 비교하기 위해 연구에 등록됩니다. 광학 게놈 매핑에서.
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N/A - 관찰 연구이므로 개입이 없습니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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구조적 변이의 검출을 위한 관리 테스트의 표준과 함께 OGM의 민감도/일치성 및 특이성.
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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OGM 결과는 관리 테스트 표준에 대해 평가되며 일치도(민감도 및 특이도)가 결정됩니다.
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학업 수료까지 평균 1년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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표준 치료 방법의 검출 한계를 넘어서는 구조적 변형의 재현성 및 식별.
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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OGM의 사이트 간 및 실행 간 변동성은 재현성 연구에 의해 평가됩니다.
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학업 수료까지 평균 1년
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
스폰서
협력자
수사관
- 수석 연구원: Alka Chaubey, PhD, FACMG, Bionano Genomics
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
- Shieh JT, Penon-Portmann M, Wong KHY, Levy-Sakin M, Verghese M, Slavotinek A, Gallagher RC, Mendelsohn BA, Tenney J, Beleford D, Perry H, Chow SK, Sharo AG, Brenner SE, Qi Z, Yu J, Klein OD, Martin D, Kwok PY, Boffelli D. Application of full-genome analysis to diagnose rare monogenic disorders. NPJ Genom Med. 2021 Sep 23;6(1):77. doi: 10.1038/s41525-021-00241-5. Erratum In: NPJ Genom Med. 2021 Oct 12;6(1):88.
- Stence AA, Thomason JG, Pruessner JA, Sompallae RR, Snow AN, Ma D, Moore SA, Bossler AD. Validation of Optical Genome Mapping for the Molecular Diagnosis of Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy. J Mol Diagn. 2021 Nov;23(11):1506-1514. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.07.021. Epub 2021 Aug 9.
- Mantere T, Neveling K, Pebrel-Richard C, Benoist M, van der Zande G, Kater-Baats E, Baatout I, van Beek R, Yammine T, Oorsprong M, Hsoumi F, Olde-Weghuis D, Majdali W, Vermeulen S, Pauper M, Lebbar A, Stevens-Kroef M, Sanlaville D, Dupont JM, Smeets D, Hoischen A, Schluth-Bolard C, El Khattabi L. Optical genome mapping enables constitutional chromosomal aberration detection. Am J Hum Genet. 2021 Aug 5;108(8):1409-1422. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.05.012. Epub 2021 Jul 7.
- Chaisson MJP, Sanders AD, Zhao X, Malhotra A, Porubsky D, Rausch T, Gardner EJ, Rodriguez OL, Guo L, Collins RL, Fan X, Wen J, Handsaker RE, Fairley S, Kronenberg ZN, Kong X, Hormozdiari F, Lee D, Wenger AM, Hastie AR, Antaki D, Anantharaman T, Audano PA, Brand H, Cantsilieris S, Cao H, Cerveira E, Chen C, Chen X, Chin CS, Chong Z, Chuang NT, Lambert CC, Church DM, Clarke L, Farrell A, Flores J, Galeev T, Gorkin DU, Gujral M, Guryev V, Heaton WH, Korlach J, Kumar S, Kwon JY, Lam ET, Lee JE, Lee J, Lee WP, Lee SP, Li S, Marks P, Viaud-Martinez K, Meiers S, Munson KM, Navarro FCP, Nelson BJ, Nodzak C, Noor A, Kyriazopoulou-Panagiotopoulou S, Pang AWC, Qiu Y, Rosanio G, Ryan M, Stutz A, Spierings DCJ, Ward A, Welch AE, Xiao M, Xu W, Zhang C, Zhu Q, Zheng-Bradley X, Lowy E, Yakneen S, McCarroll S, Jun G, Ding L, Koh CL, Ren B, Flicek P, Chen K, Gerstein MB, Kwok PY, Lansdorp PM, Marth GT, Sebat J, Shi X, Bashir A, Ye K, Devine SE, Talkowski ME, Mills RE, Marschall T, Korbel JO, Eichler EE, Lee C. Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes. Nat Commun. 2019 Apr 16;10(1):1784. doi: 10.1038/s41467-018-08148-z.
- Chan S, Lam E, Saghbini M, Bocklandt S, Hastie A, Cao H, Holmlin E, Borodkin M. Structural Variation Detection and Analysis Using Bionano Optical Mapping. Methods Mol Biol. 2018;1833:193-203. doi: 10.1007/978-1-4939-8666-8_16.
- Barseghyan H, Tang W, Wang RT, Almalvez M, Segura E, Bramble MS, Lipson A, Douine ED, Lee H, Delot EC, Nelson SF, Vilain E. Next-generation mapping: a novel approach for detection of pathogenic structural variants with a potential utility in clinical diagnosis. Genome Med. 2017 Oct 25;9(1):90. doi: 10.1186/s13073-017-0479-0.
- Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6. doi: 10.1038/nbt.2303.
- Iqbal MA, Broeckel U, Levy B, Sinner S, Sahajpal N, Rodriguez V, Stence A, Awayda K, Scharer G, Skinner C, Stevenson R, Bossler A, Nagy PL, Kohle R. Multi-site technical performance and concordance of optical genome mapping: constitutional postnatal study for SV, CNV, and repeat array analysis. MedRxiv (pre-print). 2021 Dec 30; doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.27.21268432
연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2020년 11월 30일
기본 완료 (추정된)
2024년 3월 31일
연구 완료 (추정된)
2024년 6월 30일
연구 등록 날짜
최초 제출
2022년 3월 7일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2022년 3월 15일
처음 게시됨 (실제)
2022년 3월 25일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
2023년 8월 7일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2023년 8월 4일
마지막으로 확인됨
2023년 8월 1일
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- 20203726
개별 참가자 데이터(IPD) 계획
개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?
아니요
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
아니
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
아니
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