Denne siden ble automatisk oversatt og nøyaktigheten av oversettelsen er ikke garantert. Vennligst referer til engelsk versjon for en kildetekst.

Validering av optisk genomkartlegging for identifisering av konstitusjonelle genomiske varianter i en postnatal kohort

4. august 2023 oppdatert av: Bionano Genomics
Hensikten med denne studien kun for bruk (RUO) er å oppdage genomiske strukturelle varianter (SV-er) i humant DNA ved hjelp av optisk genomkartlegging (OGM) ved bruk av Bionano Genomics Saphyr-systemet. SV-er er en type genetisk veksling som inkluderer slettinger, dupliseringer og både balanserte og ubalanserte omorganiseringer (f.eks. inversjoner eller translokasjoner), samt spesifikke gjentatte utvidelser og sammentrekninger. Resultatene av OGM-analyse vil bli sammenlignet med tidligere kliniske genetiske testresultater for å bestemme hvordan OGM sammenligner med gjeldende standard of care (SOC) kliniske testmetoder som kromosomal mikroarray-analyse (CMA), karyotyping, Southern blot-analyse, polymerasekjedereaksjon (PCR). ), fluorescens in situ hybridisering (FISH), og/eller neste generasjons sekvensering (NGS), etc.

Studieoversikt

Status

Rekruttering

Forhold

Intervensjon / Behandling

Detaljert beskrivelse

Optisk genomkartlegging (OGM) er et fremvoksende neste generasjons cytogenomisk verktøy som muliggjør en omfattende analyse av strukturelle varianter (SV-er) i genomet. OGM, i sin nåværende iterasjon, utføres på Saphyr-systemet, som er utviklet og markedsført av Bionano Genomics (San Diego, CA). OGM benytter avbildning av ultralange DNA-molekyler (>150 kbp) som er merket med et unikt 6 basepar sekvensmotiv (CTTAAG) som forekommer i hele genomet. Bildene av de merkede DNA-molekylene brukes til å generere en de novo-sammenstilling som kan sammenlignes med et referansegenom for å identifisere alle klasser av SV-er, som slettinger, duplikasjoner, balanserte/ubalanserte genomiske omorganiseringer (innsettinger, inversjoner og translokasjoner), og gjenta matriseutvidelser/-sammentrekninger). I tillegg muliggjør en egen dekningsbasert algoritme deteksjon av genomomfattende kopiantallanalyse (ligner på CMA), og fravær av heterozygositetsanalyse (AOH). I den samme analysen tillater en samtidig eller trinnvis dataanalyse-pipeline dimensjonering av patogene gjentatte CGG-utvidelser (konsistent med fragilt X-syndrom) samt D4Z4 gjentatte sammentrekninger som er i samsvar med facioscapulohumeral muskeldystrofi type 1 (FSHD1). Nylig, i flere studier, har OGM vist utmerket samsvar med standard-of-care testing. Viktigere er at OGM-arbeidsflyten kan gi resultater innen tre-fem dager.

Målet med denne dobbeltblindede, multi-site, retrospektive, observasjons, Institutional Review Board (IRB)-godkjente studien er å evaluere samsvaret mellom strukturell variantdeteksjon av OGM sammenlignet med standard omsorgstester (som CMA, karyotyping, Southern) blot-analyse, PCR, FISH og/eller NGS, etc.), i en stor kohort som inneholder en rekke SV-er, inkludert aneuploidier, intragene og sammenhengende delesjoner, duplikasjoner, balanserte og ubalanserte translokasjoner, inversjoner, isokromosomer, ringkromosomer, gjentatte utvidelser, gjenta sammentrekninger og mer. Denne studien er også designet for å vurdere sensitiviteten, spesifisiteten og reproduserbarheten til OGM-analyse utført på flere steder, av mange operatører og på forskjellige Saphyr-instrumenter. Konsensustesting og tolkningsprotokoller ble utviklet og implementert på alle nettsteder.

Studietype

Observasjonsmessig

Registrering (Antatt)

1000

Kontakter og plasseringer

Denne delen inneholder kontaktinformasjon for de som utfører studien, og informasjon om hvor denne studien blir utført.

Studiekontakt

Studer Kontakt Backup

Studiesteder

  • Forente stater
    • Georgia
      • Atlanta, Georgia, Forente stater, 30328
        • Aktiv, ikke rekrutterende
        • Praxis Genomics
      • Augusta, Georgia, Forente stater, 30912
        • Aktiv, ikke rekrutterende
        • Augusta University Research Institute
    • Iowa
      • Iowa City, Iowa, Forente stater, 52242
        • Aktiv, ikke rekrutterende
        • University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
    • New York
      • New York, New York, Forente stater, 10032
        • Aktiv, ikke rekrutterende
        • Columbia University Irving Medical Center
      • W. Henrietta, New York, Forente stater, 14586
        • Aktiv, ikke rekrutterende
        • DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
    • South Carolina
      • Greenwood, South Carolina, Forente stater, 29646
        • Rekruttering
        • Greenwood Genetic Center
        • Hovedetterforsker:
          • Steven A. Skinner, MD
    • Utah
      • Salt Lake City, Utah, Forente stater, 84109
        • Rekruttering
        • Lineagen (A Bionano Genomics Company)
    • Wisconsin
      • Milwaukee, Wisconsin, Forente stater, 53226
        • Aktiv, ikke rekrutterende
        • Medical College of Wisconsin

Deltakelseskriterier

Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.

Kvalifikasjonskriterier

Alder som er kvalifisert for studier

  • Barn
  • Voksen
  • Eldre voksen

Tar imot friske frivillige

Nei

Prøvetakingsmetode

Ikke-sannsynlighetsprøve

Studiepopulasjon

Enkeltpersoner vil bli rekruttert hvis de har genetiske testresultater (som CMA, karyotyping, Southern blot-analyse, PCR, FISH og/eller NGS, etc.) for å sammenligne med resultater for optisk genomkartlegging.

Beskrivelse

Inklusjonskriterier:

  1. Person med en genomisk aberrasjon identifisert av CMA, karyotyping, Southern blot-analyse, PCR, FISH og/eller NGS eller annen standardbehandling (SOC) genetisk testteknologi hvis kliniske testresultater er tilgjengelige for å sammenligne med resultater fra OGM.
  2. Pasienter med tidligere negative SOC-genetiske testresultater hvis resultater er tilgjengelige for å sammenligne med resultater fra OGM.

Ekskluderingskriterier:

  1. Enhver person som har valgt bort forskning ved testlaboratoriet.
  2. En person hvis genetiske test inneholder følgende varianter: patogene sekvensvarianter, abnormiteter som involverer akrosentriske p-armer og sentromerer, under 20 % for mosaikk, og tetraploidi.

Studieplan

Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.

Hvordan er studiet utformet?

Designdetaljer

  • Observasjonsmodeller: Kohort
  • Tidsperspektiver: Retrospektiv

Kohorter og intervensjoner

Gruppe / Kohort
Intervensjon / Behandling
Standard of care genetisk testgruppe
Personer med genomiske testresultater fra en standardbehandlingstest (SOC) (som CMA, karyotyping, Southern blot-analyse, PCR, FISH og/eller NGS osv.) vil bli registrert i studien for å sammenligne SOC-resultatet med resultater fra optisk genomkartlegging.
Annen: Standard of care genetisk testgruppe
N/A - ingen intervensjon da dette er en observasjonsstudie.

Hva måler studien?

Primære resultatmål

Resultatmål
Tiltaksbeskrivelse
Tidsramme
Sensitivitet/konkordans og spesifisitet av OGM med standard omsorgstesting for påvisning av strukturelle varianter.
Tidsramme: Gjennom studiegjennomføring i snitt 1 år
OGM-resultater blir evaluert mot standarden for omsorgstest og samsvar (sensitivitet og spesifisitet) vil bli bestemt.
Gjennom studiegjennomføring i snitt 1 år

Sekundære resultatmål

Resultatmål
Tiltaksbeskrivelse
Tidsramme
Reproduserbarhet og identifikasjon av strukturelle varianter utover grensen for deteksjon av standard pleiemetoder.
Tidsramme: Gjennom studiegjennomføring i snitt 1 år
Inter-site samt inter- og intra-run variabilitet av OGM vil bli vurdert ved reproduserbarhetsstudier.
Gjennom studiegjennomføring i snitt 1 år

Samarbeidspartnere og etterforskere

Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.

Sponsor

Bionano Genomics

Samarbeidspartnere

Columbia University
University of Iowa
Medical College of Wisconsin
Augusta University
University of Rochester
Greenwood Genetic Center
Praxis Genomics

Etterforskere

  • Hovedetterforsker: Alka Chaubey, PhD, FACMG, Bionano Genomics

Publikasjoner og nyttige lenker

Den som er ansvarlig for å legge inn informasjon om studien leverer frivillig disse publikasjonene. Disse kan handle om alt relatert til studiet.

Generelle publikasjoner

Studierekorddatoer

Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.

Studer hoveddatoer

Studiestart (Faktiske)

30. november 2020

Primær fullføring (Antatt)

31. mars 2024

Studiet fullført (Antatt)

30. juni 2024

Datoer for studieregistrering

Først innsendt

7. mars 2022

Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene

15. mars 2022

Først lagt ut (Faktiske)

25. mars 2022

Oppdateringer av studieposter

Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)

7. august 2023

Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene

4. august 2023

Sist bekreftet

1. august 2023

Mer informasjon

Begreper knyttet til denne studien

Nøkkelord

Ytterligere relevante MeSH-vilkår

Andre studie-ID-numre

  • 20203726

Plan for individuelle deltakerdata (IPD)

Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?

NEI

Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter

Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt

Nei

Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt

Nei

Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .

Abonnere