用于鉴定产后队列中的宪法基因组变异的光学基因组作图验证
2023年8月4日 更新者：Bionano Genomics
这项仅供研究使用 (RUO) 研究的目的是使用 Bionano Genomics Saphyr 系统通过光学基因组作图 (OGM) 检测人类 DNA 中的基因组结构变异 (SV)。
SV 是一种遗传交替，包括缺失、重复、平衡和不平衡重排（例如：倒位或易位），以及特定的重复扩展和收缩。
OGM 分析的结果将与先前的临床基因检测结果进行比较，以确定 OGM 与当前护理标准 (SOC) 临床检测方法（例如染色体微阵列分析 (CMA)、核型分析、Southern 印迹分析、聚合酶链反应 (PCR) )、荧光原位杂交 (FISH) 和/或下一代测序 (NGS) 等。
研究概览
详细说明
光学基因组作图 (OGM) 是一种新兴的下一代细胞遗传学工具，可以对基因组中的结构变异 (SV) 进行全面分析。 OGM 在其当前迭代中是在 Saphyr 系统上执行的，该系统由 Bionano Genomics（加利福尼亚州圣地亚哥）开发和销售。 OGM 采用超长 DNA 分子 (>150 kbp) 的成像，这些分子标记在整个基因组中出现的独特的 6 碱基对序列基序 (CTTAAG)。 标记的 DNA 分子的图像用于生成可与参考基因组进行比较的从头组装，以识别所有类别的 SV，例如缺失、重复、平衡/不平衡基因组重排（插入、倒位和易位），并重复数组扩展/收缩）。 此外，一个单独的基于覆盖的算法可以检测全基因组拷贝数分析（类似于 CMA）和杂合性缺失 (AOH) 分析。 在同一测定中，并发或逐步数据分析管道允许确定致病性 CGG 重复扩张（与脆性 X 综合征一致）以及与面肩肱型肌营养不良症 1 型 (FSHD1) 一致的 D4Z4 重复收缩。 最近，在几项研究中，OGM 与护理标准测试表现出极好的一致性。 重要的是，OGM 工作流程可以在三到五天内提供结果。
这项双盲、多中心、回顾性、观察性、机构审查委员会 (IRB) 批准的研究的目的是评估 OGM 与标准护理测试（如 CMA、核型分析、Southern印迹分析、PCR、FISH 和/或 NGS 等），在包含各种 SV 的大型队列中，包括非整倍体、基因内和连续缺失、重复、平衡和不平衡易位、倒位、等染色体、环染色体、重复扩展、重复宫缩等等。 本研究还旨在评估由众多操作员在多个站点和不同 Saphyr 仪器上进行的 OGM 分析的灵敏度、特异性和可重复性。 在所有地点制定并实施了共识测试和解释协议。
研究类型
观察性的
注册 (估计的)
1000
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习联系方式
- 姓名：Alex Hastie, PhD
- 电话号码：267-315-0914
- 邮箱：ahastie@bionanogenomics.com
研究联系人备份
- 姓名：Megan Martin, MS
- 电话号码：801-931-6203
- 邮箱：mmartin@bionano.com
学习地点
-
-
Georgia
-
Atlanta、Georgia、美国、30328
- 主动，不招人
- Praxis Genomics
-
Augusta、Georgia、美国、30912
- 主动，不招人
- Augusta University Research Institute
-
-
Iowa
-
Iowa City、Iowa、美国、52242
- 主动，不招人
- University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
-
-
New York
-
New York、New York、美国、10032
- 主动，不招人
- Columbia University Irving Medical Center
-
W. Henrietta、New York、美国、14586
- 主动，不招人
- DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
-
-
South Carolina
-
Greenwood、South Carolina、美国、29646
- 招聘中
- Greenwood Genetic Center
-
首席研究员：
- Steven A. Skinner, MD
-
-
Utah
-
Salt Lake City、Utah、美国、84109
- 招聘中
- Lineagen (A Bionano Genomics Company)
-
-
Wisconsin
-
Milwaukee、Wisconsin、美国、53226
- 主动，不招人
- Medical College of Wisconsin
-
-
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
不
取样方法
非概率样本
研究人群
如果个人具有标准的护理基因测试结果（例如 CMA、核型分析、Southern 印迹分析、PCR、FISH 和/或 NGS 等）以与光学基因组作图结果进行比较，将被招募。
描述
纳入标准：
- 具有通过 CMA、核型分析、Southern 印迹分析、PCR、FISH 和/或 NGS 或其他护理标准 (SOC) 基因检测技术鉴定的基因组畸变的个体，其临床检测结果可与 OGM 的结果进行比较。
- 先前 SOC 基因检测结果为阴性的患者，其结果可用于与 OGM 的结果进行比较。
排除标准：
- 选择退出测试实验室研究的任何个人。
- 基因测试包含以下变异的个体：致病序列变异、涉及端心 p 臂和着丝粒的异常、嵌合体低于 20% 和四倍体。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
- 观测模型：队列
- 时间观点：追溯
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
|
Standard of Care基因检测组
具有护理标准 (SOC) 测试（例如 CMA、核型分析、Southern 印迹分析、PCR、FISH 和/或 NGS 等）的基因组测试结果的个体将被纳入研究，以将 SOC 结果与结果进行比较来自光学基因组作图。
|
N/A - 没有干预，因为这是一项观察性研究。
|
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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OGM 的敏感性/一致性和特异性与用于检测结构变异的护理测试标准。
大体时间：通过学习完成，平均1年
|
OGM 结果根据护理测试标准进行评估，并确定一致性（灵敏度和特异性）。
|
通过学习完成，平均1年
|
次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
超出标准护理方法检测限度的结构变异的可重复性和鉴定。
大体时间：通过学习完成，平均1年
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OGM 的站点间以及运行间和运行内变异性将通过再现性研究进行评估。
|
通过学习完成，平均1年
|
合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
合作者
调查人员
- 首席研究员：Alka Chaubey, PhD, FACMG、Bionano Genomics
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Shieh JT, Penon-Portmann M, Wong KHY, Levy-Sakin M, Verghese M, Slavotinek A, Gallagher RC, Mendelsohn BA, Tenney J, Beleford D, Perry H, Chow SK, Sharo AG, Brenner SE, Qi Z, Yu J, Klein OD, Martin D, Kwok PY, Boffelli D. Application of full-genome analysis to diagnose rare monogenic disorders. NPJ Genom Med. 2021 Sep 23;6(1):77. doi: 10.1038/s41525-021-00241-5. Erratum In: NPJ Genom Med. 2021 Oct 12;6(1):88.
- Stence AA, Thomason JG, Pruessner JA, Sompallae RR, Snow AN, Ma D, Moore SA, Bossler AD. Validation of Optical Genome Mapping for the Molecular Diagnosis of Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy. J Mol Diagn. 2021 Nov;23(11):1506-1514. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.07.021. Epub 2021 Aug 9.
- Mantere T, Neveling K, Pebrel-Richard C, Benoist M, van der Zande G, Kater-Baats E, Baatout I, van Beek R, Yammine T, Oorsprong M, Hsoumi F, Olde-Weghuis D, Majdali W, Vermeulen S, Pauper M, Lebbar A, Stevens-Kroef M, Sanlaville D, Dupont JM, Smeets D, Hoischen A, Schluth-Bolard C, El Khattabi L. Optical genome mapping enables constitutional chromosomal aberration detection. Am J Hum Genet. 2021 Aug 5;108(8):1409-1422. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.05.012. Epub 2021 Jul 7.
- Chaisson MJP, Sanders AD, Zhao X, Malhotra A, Porubsky D, Rausch T, Gardner EJ, Rodriguez OL, Guo L, Collins RL, Fan X, Wen J, Handsaker RE, Fairley S, Kronenberg ZN, Kong X, Hormozdiari F, Lee D, Wenger AM, Hastie AR, Antaki D, Anantharaman T, Audano PA, Brand H, Cantsilieris S, Cao H, Cerveira E, Chen C, Chen X, Chin CS, Chong Z, Chuang NT, Lambert CC, Church DM, Clarke L, Farrell A, Flores J, Galeev T, Gorkin DU, Gujral M, Guryev V, Heaton WH, Korlach J, Kumar S, Kwon JY, Lam ET, Lee JE, Lee J, Lee WP, Lee SP, Li S, Marks P, Viaud-Martinez K, Meiers S, Munson KM, Navarro FCP, Nelson BJ, Nodzak C, Noor A, Kyriazopoulou-Panagiotopoulou S, Pang AWC, Qiu Y, Rosanio G, Ryan M, Stutz A, Spierings DCJ, Ward A, Welch AE, Xiao M, Xu W, Zhang C, Zhu Q, Zheng-Bradley X, Lowy E, Yakneen S, McCarroll S, Jun G, Ding L, Koh CL, Ren B, Flicek P, Chen K, Gerstein MB, Kwok PY, Lansdorp PM, Marth GT, Sebat J, Shi X, Bashir A, Ye K, Devine SE, Talkowski ME, Mills RE, Marschall T, Korbel JO, Eichler EE, Lee C. Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes. Nat Commun. 2019 Apr 16;10(1):1784. doi: 10.1038/s41467-018-08148-z.
- Chan S, Lam E, Saghbini M, Bocklandt S, Hastie A, Cao H, Holmlin E, Borodkin M. Structural Variation Detection and Analysis Using Bionano Optical Mapping. Methods Mol Biol. 2018;1833:193-203. doi: 10.1007/978-1-4939-8666-8_16.
- Barseghyan H, Tang W, Wang RT, Almalvez M, Segura E, Bramble MS, Lipson A, Douine ED, Lee H, Delot EC, Nelson SF, Vilain E. Next-generation mapping: a novel approach for detection of pathogenic structural variants with a potential utility in clinical diagnosis. Genome Med. 2017 Oct 25;9(1):90. doi: 10.1186/s13073-017-0479-0.
- Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6. doi: 10.1038/nbt.2303.
- Iqbal MA, Broeckel U, Levy B, Sinner S, Sahajpal N, Rodriguez V, Stence A, Awayda K, Scharer G, Skinner C, Stevenson R, Bossler A, Nagy PL, Kohle R. Multi-site technical performance and concordance of optical genome mapping: constitutional postnatal study for SV, CNV, and repeat array analysis. MedRxiv (pre-print). 2021 Dec 30; doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.27.21268432
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2020年11月30日
初级完成 (估计的)
2024年3月31日
研究完成 (估计的)
2024年6月30日
研究注册日期
首次提交
2022年3月7日
首先提交符合 QC 标准的
2022年3月15日
首次发布 (实际的)
2022年3月25日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2023年8月7日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2023年8月4日
最后验证
2023年8月1日
更多信息
与本研究相关的术语
关键字
其他相关的 MeSH 术语
其他研究编号
- 20203726
计划个人参与者数据 (IPD)
计划共享个人参与者数据 (IPD)？
不
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
不
研究美国 FDA 监管的设备产品
不
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Standard of Care基因检测组的临床试验
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