Convalida della mappatura del genoma ottico per l'identificazione delle varianti genomiche costituzionali in una coorte postnatale

La mappatura ottica del genoma (OGM) è uno strumento citogenomico emergente di nuova generazione che consente un'analisi completa delle varianti strutturali (SV) nel genoma. L'OGM, nella sua attuale iterazione, viene eseguito sul sistema Saphyr, sviluppato e commercializzato da Bionano Genomics (San Diego, CA). OGM utilizza l'imaging di molecole di DNA ultra lunghe (> 150 kbp) che sono etichettate in un motivo di sequenza di 6 coppie di basi unico (CTTAAG) che si verifica in tutto il genoma. Le immagini delle molecole di DNA marcate vengono utilizzate per generare un assemblaggio de novo che può essere confrontato con un genoma di riferimento per identificare tutte le classi di SV, come delezioni, duplicazioni, riarrangiamenti genomici bilanciati/sbilanciati (inserzioni, inversioni e traslocazioni), e ripetere le espansioni/contrazioni dell'array). Inoltre, un algoritmo separato basato sulla copertura consente il rilevamento dell'analisi del numero di copie dell'intero genoma (simile a CMA) e l'assenza di analisi dell'eterozigosi (AOH). Nello stesso saggio, una pipeline di analisi dei dati simultanea o graduale consente di dimensionare le espansioni di ripetizione CGG patogene (coerenti con la sindrome dell'X fragile) così come le contrazioni ripetute di D4Z4 che sono coerenti con la distrofia muscolare facioscapolohumeral di tipo 1 (FSHD1). Recentemente, in diversi studi, l'OGM ha dimostrato un'eccellente concordanza con i test standard di cura. È importante sottolineare che il flusso di lavoro OGM può fornire risultati entro tre-cinque giorni.

Lo scopo di questo studio in doppio cieco, multi-sito, retrospettivo, osservazionale, approvato dall'Institutional Review Board (IRB) è valutare la concordanza del rilevamento delle varianti strutturali mediante OGM rispetto ai test standard di cura (come CMA, cariotipo, Southern blot, PCR, FISH e/o NGS, ecc.), in un'ampia coorte contenente una varietà di SV tra cui aneuploidie, delezioni intrageniche e contigue, duplicazioni, traslocazioni bilanciate e sbilanciate, inversioni, isocromosomi, cromosomi ad anello, espansioni ripetute, ripetere le contrazioni e altro ancora. Questo studio è progettato anche per valutare la sensibilità, la specificità e la riproducibilità dell'analisi OGM condotta in più siti, da numerosi operatori e su diversi strumenti Saphyr. I test di consenso e i protocolli di interpretazione sono stati sviluppati e implementati in tutti i siti.