Validation de la cartographie optique du génome pour l'identification de variants génomiques constitutionnels dans une cohorte postnatale

La cartographie optique du génome (OGM) est un outil cytogénomique émergent de nouvelle génération qui permet une analyse complète des variantes structurelles (SV) dans le génome. L'OGM, dans sa version actuelle, est réalisée sur le système Saphyr, qui est développé et commercialisé par Bionano Genomics (San Diego, CA). OGM utilise l'imagerie de molécules d'ADN ultra-longues (> 150 kbp) qui sont marquées au niveau d'un motif de séquence unique de 6 paires de bases (CTTAAG) qui se produit dans tout le génome. Les images des molécules d'ADN marquées sont utilisées pour générer un assemblage de novo qui peut être comparé à un génome de référence pour identifier toutes les classes de SV, telles que les délétions, les duplications, les réarrangements génomiques équilibrés/déséquilibrés (insertions, inversions et translocations), et répéter les expansions/contractions de la matrice). En outre, un algorithme séparé basé sur la couverture permet la détection de l'analyse du nombre de copies à l'échelle du génome (similaire à la CMA) et l'analyse de l'absence d'hétérozygotie (AOH). Dans le même test, un pipeline d'analyse de données simultanée ou par étapes permet de dimensionner les expansions répétées CGG pathogènes (compatibles avec le syndrome de l'X fragile) ainsi que les contractions répétées D4Z4 qui sont compatibles avec la dystrophie musculaire facioscapulohumérale de type 1 (FSHD1). Récemment, dans plusieurs études, l'OGM a démontré une excellente concordance avec les tests de référence. Surtout, le flux de travail OGM peut fournir des résultats dans les trois à cinq jours.

Le but de cette étude en double aveugle, multisite, rétrospective, observationnelle et approuvée par l'Institutional Review Board (IRB) est d'évaluer la concordance de la détection de variantes structurelles par OGM par rapport aux tests de soins standard (tels que CMA, caryotypage, Southern analyse par transfert, PCR, FISH et/ou NGS, etc.), dans une grande cohorte contenant une variété de SV, y compris des aneuploïdies, des délétions intragéniques et contiguës, des duplications, des translocations équilibrées et non équilibrées, des inversions, des isochromosomes, des chromosomes en anneau, des expansions répétées, contractions répétées, et plus encore. Cette étude vise également à évaluer la sensibilité, la spécificité et la reproductibilité des analyses OGM réalisées sur plusieurs sites, par de nombreux opérateurs et sur différents instruments Saphyr. Des tests de consensus et des protocoles d'interprétation ont été élaborés et mis en œuvre dans tous les sites.