Optisen genomikartoituksen validointi perustuslaillisten genomimuunnelmien tunnistamiseksi synnytyksen jälkeisessä kohortissa
perjantai 4. elokuuta 2023 päivittänyt: Bionano Genomics
Tämän vain tutkimuskäyttöön (RUO) tehdyn tutkimuksen tarkoituksena on havaita genomisia rakennevariantteja (SV:t) ihmisen DNA:sta optisella genomikartoituksella (OGM) käyttämällä Bionano Genomics Saphyr -järjestelmää.
SV:t ovat eräänlainen geneettinen vuorottelu, joka sisältää deleetioita, päällekkäisyyksiä ja sekä tasapainoisia että epätasapainoisia uudelleenjärjestelyjä (esim. inversioita tai translokaatioita) sekä erityisiä toistuvia laajennuksia ja supistuksia.
OGM-analyysin tuloksia verrataan aikaisempien kliinisten geneettisten testien tuloksiin sen määrittämiseksi, kuinka OGM verrataan nykyisiin hoitostandardien (SOC) kliinisiin testimenetelmiin, kuten kromosomaalisiin mikrosiruanalyysiin (CMA), karyotyypitykseen, Southern blot -analyysiin, polymeraasiketjureaktioon (PCR). ), fluoresenssi in situ -hybridisaatio (FISH) ja/tai seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) jne.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Optinen genomikartoitus (OGM) on nouseva seuraavan sukupolven sytogenominen työkalu, joka mahdollistaa genomin rakennemuunnelmien (SV:iden) kattavan analyysin. OGM, nykyisessä iteraatiossaan, suoritetaan Saphyr-järjestelmässä, jonka on kehittänyt ja markkinoi Bionano Genomics (San Diego, CA). OGM käyttää ultrapitkien DNA-molekyylien (>150 kbp) kuvantamista, jotka on leimattu ainutlaatuisella 6 emäsparin sekvenssimotiivilla (CTTAAG), jota esiintyy koko genomissa. Leimattujen DNA-molekyylien kuvia käytetään luomaan de novo -kokoonpano, jota voidaan verrata referenssigenomiin, jotta voidaan tunnistaa kaikki SV-luokat, kuten deleetiot, päällekkäisyydet, tasapainoiset/epätasapainoiset genomiset uudelleenjärjestelyt (insertiot, inversiot ja translokaatiot), ja toista taulukon laajennukset/supistukset). Lisäksi erillinen peittopohjainen algoritmi mahdollistaa genominlaajuisen kopiomääräanalyysin (samanlainen kuin CMA) ja heterotsygoottisuusanalyysin (AOH) puuttumisen havaitsemisen. Samassa määrityksessä samanaikainen tai vaiheittainen data-analyysiputki mahdollistaa patogeenisten CGG-toistolaajennusten mitoituksen (yhdenmukaisen hauraan X-oireyhtymän kanssa) sekä D4Z4-toistosupistuksia, jotka ovat yhdenmukaisia facioscapulohumeral lihasdystrofian tyypin 1 (FSHD1) kanssa. Äskettäin useissa tutkimuksissa OGM on osoittanut erinomaisen yhteensopivuuden hoitostandardien kanssa. Tärkeää on, että OGM-työnkulku voi tuottaa tuloksia kolmen tai viiden päivän kuluessa.
Tämän kaksoissokkoutetun, monipaikkaisen, retrospektiivisen, havainnollisen, Institutional Review Boardin (IRB) hyväksymän tutkimuksen tavoitteena on arvioida OGM:n rakenteellisen muunnelman havaitsemisen yhteensopivuutta tavallisiin hoitotesteihin (kuten CMA, karyotyypitys, Southern) verrattuna. blot-analyysi, PCR, FISH ja/tai NGS jne.), suuressa kohortissa, joka sisältää erilaisia SV:itä, mukaan lukien aneuploidiat, intrageeniset ja vierekkäiset deleetiot, duplikaatiot, tasapainoiset ja epätasapainoiset translokaatiot, inversiot, isokromosomit, rengaskromosomit, toistuvat laajennukset, toista supistukset ja paljon muuta. Tämä tutkimus on myös suunniteltu arvioimaan useissa paikoissa, useiden käyttäjien ja eri Saphyr-instrumenteilla suoritetun OGM-analyysin herkkyyttä, spesifisyyttä ja toistettavuutta. Konsensustestaus- ja tulkintaprotokollat kehitettiin ja otettiin käyttöön kaikilla toimipaikoilla.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
1000
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Alex Hastie, PhD
- Puhelinnumero: 267-315-0914
- Sähköposti: ahastie@bionanogenomics.com
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Megan Martin, MS
- Puhelinnumero: 801-931-6203
- Sähköposti: mmartin@bionano.com
Opiskelupaikat
-
-
Georgia
-
Atlanta, Georgia, Yhdysvallat, 30328
- Aktiivinen, ei rekrytointi
- Praxis Genomics
-
Augusta, Georgia, Yhdysvallat, 30912
- Aktiivinen, ei rekrytointi
- Augusta University Research Institute
-
-
Iowa
-
Iowa City, Iowa, Yhdysvallat, 52242
- Aktiivinen, ei rekrytointi
- University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
-
-
New York
-
New York, New York, Yhdysvallat, 10032
- Aktiivinen, ei rekrytointi
- Columbia University Irving Medical Center
-
W. Henrietta, New York, Yhdysvallat, 14586
- Aktiivinen, ei rekrytointi
- DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
-
-
South Carolina
-
Greenwood, South Carolina, Yhdysvallat, 29646
- Rekrytointi
- Greenwood Genetic Center
-
Päätutkija:
- Steven A. Skinner, MD
-
-
Utah
-
Salt Lake City, Utah, Yhdysvallat, 84109
- Rekrytointi
- Lineagen (A Bionano Genomics Company)
-
-
Wisconsin
-
Milwaukee, Wisconsin, Yhdysvallat, 53226
- Aktiivinen, ei rekrytointi
- Medical College of Wisconsin
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Henkilöitä rekrytoidaan, jos heillä on standardinmukaiset hoidon geneettiset testitulokset (kuten CMA, karyotyypitys, Southern blot -analyysi, PCR, FISH ja/tai NGS jne.), jotta niitä voidaan verrata optisiin genomikartoitustuloksiin.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Henkilö, jolla on CMA:n, karyotyypityksen, Southern blot -analyysin, PCR:n, FISH:n ja/tai NGS:n tai muun standard of care (SOC) geneettisen testaustekniikan avulla tunnistettu genominen poikkeama, jonka kliinisiä testituloksia voidaan verrata OGM:n tuloksiin.
- Potilaat, joilla on aiemmat negatiiviset SOC-geenitestien tulokset, joiden tuloksia voidaan verrata OGM:n tuloksiin.
Poissulkemiskriteerit:
- Jokainen henkilö, joka kieltäytyi tutkimuksesta testauslaboratoriossa.
- Yksilö, jonka geneettinen testi sisältää seuraavat variantit: patogeeniset sekvenssivariantit, poikkeavuudet, joihin liittyy akrosentrisiä p-varsia ja sentromeereja, alle 20 % mosaiikista ja tetraploidia.
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Kohortti
- Aikanäkymät: Takautuva
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Hoitogeenitestien standardiryhmä
Tutkimukseen otetaan henkilöt, joilla on genomitestin tulokset standardin hoitotestistä (SOC) (kuten CMA, karyotyypitys, Southern blot -analyysi, PCR, FISH ja/tai NGS jne.), jotta voidaan verrata SOC-tulosta tuloksiin. optisesta genomikartoituksesta.
|
N/A - ei interventiota, koska tämä on havainnointitutkimus.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
OGM:n herkkyys/yhteensopivuus ja spesifisyys standardin hoitotestin kanssa rakennemuunnelmien havaitsemiseksi.
Aikaikkuna: Opintojen suorittamisen kautta keskimäärin 1 vuosi
|
OGM-tulokset arvioidaan hoitotestin standardien mukaan ja yhdenmukaisuus (herkkyys ja spesifisyys) määritetään.
|
Opintojen suorittamisen kautta keskimäärin 1 vuosi
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Rakenteellisten muunnelmien toistettavuus ja tunnistaminen standardihoitomenetelmien havaitsemisrajan ulkopuolella.
Aikaikkuna: Opintojen suorittamisen kautta keskimäärin 1 vuosi
|
OGM:n paikkojen välinen sekä ajojen välinen vaihtelu arvioidaan uusittavuustutkimuksilla.
|
Opintojen suorittamisen kautta keskimäärin 1 vuosi
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Alka Chaubey, PhD, FACMG, Bionano Genomics
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Shieh JT, Penon-Portmann M, Wong KHY, Levy-Sakin M, Verghese M, Slavotinek A, Gallagher RC, Mendelsohn BA, Tenney J, Beleford D, Perry H, Chow SK, Sharo AG, Brenner SE, Qi Z, Yu J, Klein OD, Martin D, Kwok PY, Boffelli D. Application of full-genome analysis to diagnose rare monogenic disorders. NPJ Genom Med. 2021 Sep 23;6(1):77. doi: 10.1038/s41525-021-00241-5. Erratum In: NPJ Genom Med. 2021 Oct 12;6(1):88.
- Stence AA, Thomason JG, Pruessner JA, Sompallae RR, Snow AN, Ma D, Moore SA, Bossler AD. Validation of Optical Genome Mapping for the Molecular Diagnosis of Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy. J Mol Diagn. 2021 Nov;23(11):1506-1514. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.07.021. Epub 2021 Aug 9.
- Mantere T, Neveling K, Pebrel-Richard C, Benoist M, van der Zande G, Kater-Baats E, Baatout I, van Beek R, Yammine T, Oorsprong M, Hsoumi F, Olde-Weghuis D, Majdali W, Vermeulen S, Pauper M, Lebbar A, Stevens-Kroef M, Sanlaville D, Dupont JM, Smeets D, Hoischen A, Schluth-Bolard C, El Khattabi L. Optical genome mapping enables constitutional chromosomal aberration detection. Am J Hum Genet. 2021 Aug 5;108(8):1409-1422. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.05.012. Epub 2021 Jul 7.
- Chaisson MJP, Sanders AD, Zhao X, Malhotra A, Porubsky D, Rausch T, Gardner EJ, Rodriguez OL, Guo L, Collins RL, Fan X, Wen J, Handsaker RE, Fairley S, Kronenberg ZN, Kong X, Hormozdiari F, Lee D, Wenger AM, Hastie AR, Antaki D, Anantharaman T, Audano PA, Brand H, Cantsilieris S, Cao H, Cerveira E, Chen C, Chen X, Chin CS, Chong Z, Chuang NT, Lambert CC, Church DM, Clarke L, Farrell A, Flores J, Galeev T, Gorkin DU, Gujral M, Guryev V, Heaton WH, Korlach J, Kumar S, Kwon JY, Lam ET, Lee JE, Lee J, Lee WP, Lee SP, Li S, Marks P, Viaud-Martinez K, Meiers S, Munson KM, Navarro FCP, Nelson BJ, Nodzak C, Noor A, Kyriazopoulou-Panagiotopoulou S, Pang AWC, Qiu Y, Rosanio G, Ryan M, Stutz A, Spierings DCJ, Ward A, Welch AE, Xiao M, Xu W, Zhang C, Zhu Q, Zheng-Bradley X, Lowy E, Yakneen S, McCarroll S, Jun G, Ding L, Koh CL, Ren B, Flicek P, Chen K, Gerstein MB, Kwok PY, Lansdorp PM, Marth GT, Sebat J, Shi X, Bashir A, Ye K, Devine SE, Talkowski ME, Mills RE, Marschall T, Korbel JO, Eichler EE, Lee C. Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes. Nat Commun. 2019 Apr 16;10(1):1784. doi: 10.1038/s41467-018-08148-z.
- Chan S, Lam E, Saghbini M, Bocklandt S, Hastie A, Cao H, Holmlin E, Borodkin M. Structural Variation Detection and Analysis Using Bionano Optical Mapping. Methods Mol Biol. 2018;1833:193-203. doi: 10.1007/978-1-4939-8666-8_16.
- Barseghyan H, Tang W, Wang RT, Almalvez M, Segura E, Bramble MS, Lipson A, Douine ED, Lee H, Delot EC, Nelson SF, Vilain E. Next-generation mapping: a novel approach for detection of pathogenic structural variants with a potential utility in clinical diagnosis. Genome Med. 2017 Oct 25;9(1):90. doi: 10.1186/s13073-017-0479-0.
- Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6. doi: 10.1038/nbt.2303.
- Iqbal MA, Broeckel U, Levy B, Sinner S, Sahajpal N, Rodriguez V, Stence A, Awayda K, Scharer G, Skinner C, Stevenson R, Bossler A, Nagy PL, Kohle R. Multi-site technical performance and concordance of optical genome mapping: constitutional postnatal study for SV, CNV, and repeat array analysis. MedRxiv (pre-print). 2021 Dec 30; doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.27.21268432
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Maanantai 30. marraskuuta 2020
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Sunnuntai 31. maaliskuuta 2024
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Sunnuntai 30. kesäkuuta 2024
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Maanantai 7. maaliskuuta 2022
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 15. maaliskuuta 2022
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Perjantai 25. maaliskuuta 2022
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Maanantai 7. elokuuta 2023
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 4. elokuuta 2023
Viimeksi vahvistettu
Tiistai 1. elokuuta 2023
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- Mielenterveyshäiriöt
- Hermoston sairaudet
- Neurologiset ilmenemismuodot
- Neurokäyttäytymisoireet
- Geneettiset sairaudet, synnynnäiset
- Geneettiset sairaudet, X-Linked
- Tuki- ja liikuntaelinten sairaudet
- Lihassairaudet
- Neuromuskulaariset sairaudet
- Lihassairaudet, Atrofiset
- Henkinen kehitysvammaisuus, X-Linked
- Heredodegeneratiiviset häiriöt, hermosto
- Neurokehityshäiriöt
- Lapsen kehityshäiriöt, leviävät
- Kromosomihäiriöt
- Sukupuolikromosomihäiriöt
- Lihasdystrofiat
- Synnynnäiset poikkeavuudet
- Autismispektrihäiriö
- Fragile X -syndrooma
- Kehitysvammat
- Henkinen vamma
- Lihasdystrofia, Facioscapulohumeral
Muut tutkimustunnusnumerot
- 20203726
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset Hoitogeenitestien standardiryhmä
-
The University of Texas Health Science Center,...Texas Neurological Society Research Grant-2020Valmis
-
Indiana UniversityNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIDDK)Valmis
-
Dr. Asim AlamPeruutettuTrauma | Hypotermia | Lämpötilan muutos, runkoKanada
-
OrganogenesisValmis
-
Rhizen Pharmaceuticals SAIncozen Therapeutics Pvt LtdValmis
-
Southwest Regional Wound Care CenterNext Science TMValmisHaavatulehdusYhdysvallat
-
HeNan Sincere Biotech Co., LtdTuntematon
-
University of South CarolinaNational Institute of Nursing Research (NINR)ValmisSydän-ja verisuonitaudit | Lihavuus | HyperlipidemiaYhdysvallat
-
The Cleveland ClinicSanten Inc.Aktiivinen, ei rekrytointi