Validación del mapeo óptico del genoma para la identificación de variantes genómicas constitucionales en una cohorte posnatal

El mapeo óptico del genoma (OGM) es una herramienta citogenómica emergente de próxima generación que permite un análisis integral de las variantes estructurales (SV) en el genoma. OGM, en su iteración actual, se realiza en el sistema Saphyr, que es desarrollado y comercializado por Bionano Genomics (San Diego, CA). OGM emplea imágenes de moléculas de ADN ultralargas (>150 kbp) que están marcadas en un motivo de secuencia de 6 pares de bases único (CTTAAG) que se produce en todo el genoma. Las imágenes de las moléculas de ADN marcadas se utilizan para generar un ensamblaje de novo que se puede comparar con un genoma de referencia para identificar todas las clases de SV, como deleciones, duplicaciones, reordenamientos genómicos equilibrados/desequilibrados (inserciones, inversiones y translocaciones), y repita las expansiones/contracciones de la matriz). Además, un algoritmo separado basado en la cobertura permite la detección del análisis del número de copias de todo el genoma (similar a CMA) y la ausencia de análisis de heterocigosidad (AOH). En el mismo ensayo, un canal de análisis de datos simultáneo o escalonado permite dimensionar las expansiones de repeticiones CGG patógenas (compatibles con el síndrome de X frágil), así como las contracciones repetidas de D4Z4, que son compatibles con la distrofia muscular facioescapulohumeral tipo 1 (FSHD1). Recientemente, en varios estudios, OGM ha demostrado una excelente concordancia con las pruebas estándar de atención. Es importante destacar que el flujo de trabajo de OGM puede proporcionar resultados en un plazo de tres a cinco días.

El objetivo de este estudio doble ciego, multisitio, retrospectivo, observacional, aprobado por la Junta de Revisión Institucional (IRB, por sus siglas en inglés) es evaluar la concordancia de la detección de variantes estructurales por OGM en comparación con las pruebas estándar de atención (como CMA, cariotipo, Southern análisis de transferencia, PCR, FISH y/o NGS, etc.), en una gran cohorte que contiene una variedad de SV que incluyen aneuploidías, deleciones intragénicas y contiguas, duplicaciones, translocaciones balanceadas y no balanceadas, inversiones, isocromosomas, cromosomas en anillo, expansiones repetidas, contracciones repetidas, y más. Este estudio también está diseñado para evaluar la sensibilidad, especificidad y reproducibilidad del análisis OGM realizado en múltiples sitios, por numerosos operadores y en diferentes instrumentos Saphyr. Se desarrollaron e implementaron protocolos de interpretación y prueba de consenso en todos los sitios.