Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Валидация оптического картирования генома для идентификации конституциональных геномных вариантов в постнатальной когорте

4 августа 2023 г. обновлено: Bionano Genomics
Целью этого исследования только для использования в научных исследованиях (RUO) является обнаружение геномных структурных вариантов (SV) в ДНК человека с помощью оптического картирования генома (OGM) с использованием системы Bionano Genomics Saphyr. SV представляют собой тип генетического альтернирования, который включает делеции, дупликации и сбалансированные и несбалансированные перестройки (например, инверсии или транслокации), а также специфические повторяющиеся расширения и сокращения. Результаты анализа OGM будут сравниваться с предыдущими результатами клинических генетических тестов, чтобы определить, насколько OGM соотносится с текущими стандартами медицинской помощи (SOC) методами клинических испытаний, такими как анализ хромосомных микрочипов (CMA), кариотипирование, Саузерн-блот-анализ, полимеразная цепная реакция (ПЦР). ), флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) и/или секвенирование следующего поколения (NGS) и т. д.

Обзор исследования

Статус

Рекрутинг

Условия

Вмешательство/лечение

Подробное описание

Оптическое картирование генома (OGM) — это новый цитогеномный инструмент нового поколения, который позволяет проводить всесторонний анализ структурных вариантов (SV) в геноме. OGM в его текущей итерации выполняется в системе Saphyr, которая разработана и продается компанией Bionano Genomics (Сан-Диего, Калифорния). OGM использует визуализацию сверхдлинных молекул ДНК (> 150 т.п.н.), которые помечены уникальным мотивом последовательности из 6 пар оснований (CTTAAG), который встречается во всем геноме. Изображения меченых молекул ДНК используются для создания сборки de novo, которую можно сравнить с эталонным геномом для идентификации всех классов SV, таких как делеции, дупликации, сбалансированные/несбалансированные геномные перестройки (инсерции, инверсии и транслокации), и повторите расширение/сжатие массива). Кроме того, отдельный алгоритм на основе охвата позволяет обнаруживать анализ числа копий по всему геному (аналогично CMA) и анализ отсутствия гетерозиготности (AOH). В том же анализе параллельный или пошаговый конвейер анализа данных позволяет определить размер патогенных расширений повторов CGG (соответствующих синдрому ломкой X), а также повторных сокращений D4Z4, которые соответствуют лице-лопаточно-плечевой мышечной дистрофии типа 1 (FSHD1). В последнее время, в нескольких исследованиях, OGM продемонстрировал превосходную согласованность с тестированием стандарта медицинской помощи. Важно отметить, что рабочий процесс OGM может предоставить результаты в течение трех-пяти дней.

Целью этого двойного слепого многоцентрового ретроспективного наблюдательного исследования, одобренного Институциональным наблюдательным советом (IRB), является оценка согласованности обнаружения структурных вариантов с помощью OGM по сравнению со стандартными тестами (такими как CMA, кариотипирование, Саузерн). блот-анализ, ПЦР, FISH и/или NGS и т. д.) в большой когорте, содержащей различные SV, включая анеуплоидии, внутригенные и смежные делеции, дупликации, сбалансированные и несбалансированные транслокации, инверсии, изохромосомы, кольцевые хромосомы, повторные экспансии, повторные схватки и многое другое. Это исследование также предназначено для оценки чувствительности, специфичности и воспроизводимости анализа OGM, проводимого в нескольких местах, несколькими операторами и на различных приборах Saphyr. На всех участках были разработаны и внедрены протоколы согласованного тестирования и интерпретации.

Тип исследования

Наблюдательный

Регистрация (Оцененный)

1000

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Контакты исследования

Учебное резервное копирование контактов

  • Имя: Megan Martin, MS
  • Номер телефона: 801-931-6203
  • Электронная почта: mmartin@bionano.com

Места учебы

  • Соединенные Штаты
    • Georgia
      • Atlanta, Georgia, Соединенные Штаты, 30328
        • Активный, не рекрутирующий
        • Praxis Genomics
      • Augusta, Georgia, Соединенные Штаты, 30912
        • Активный, не рекрутирующий
        • Augusta University Research Institute
    • Iowa
      • Iowa City, Iowa, Соединенные Штаты, 52242
        • Активный, не рекрутирующий
        • University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
    • New York
      • New York, New York, Соединенные Штаты, 10032
        • Активный, не рекрутирующий
        • Columbia University Irving Medical Center
      • W. Henrietta, New York, Соединенные Штаты, 14586
        • Активный, не рекрутирующий
        • DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
    • South Carolina
      • Greenwood, South Carolina, Соединенные Штаты, 29646
        • Рекрутинг
        • Greenwood Genetic Center
        • Главный следователь:
          • Steven A. Skinner, MD
    • Utah
      • Salt Lake City, Utah, Соединенные Штаты, 84109
        • Рекрутинг
        • Lineagen (A Bionano Genomics Company)
    • Wisconsin
      • Milwaukee, Wisconsin, Соединенные Штаты, 53226
        • Активный, не рекрутирующий
        • Medical College of Wisconsin

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

  • Ребенок
  • Взрослый
  • Пожилой взрослый

Принимает здоровых добровольцев

Нет

Метод выборки

Невероятностная выборка

Исследуемая популяция

Лица будут набраны, если у них есть стандартные результаты генетических тестов (таких как CMA, кариотипирование, Саузерн-блоттинг, ПЦР, FISH и/или NGS и т. д.) для сравнения с результатами оптического картирования генома.

Описание

Критерии включения:

  1. Человек с геномной аберрацией, выявленной с помощью CMA, кариотипирования, Саузерн-блоттинга, ПЦР, FISH и/или NGS или другой стандартной технологии генетического тестирования (SOC), чьи результаты клинических испытаний доступны для сравнения с результатами OGM.
  2. Пациенты с предыдущими отрицательными результатами генетического тестирования SOC, результаты которых доступны для сравнения с результатами OGM.

Критерий исключения:

  1. Любое лицо, отказавшееся от исследований в испытательной лаборатории.
  2. Человек, чей генетический тест содержит следующие варианты: варианты патогенной последовательности, аномалии, связанные с акроцентрическими p-плечами и центромерами, менее 20% мозаицизма и тетраплоидия.

Учебный план

В этом разделе представлена ​​подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

  • Наблюдательные модели: Когорта
  • Временные перспективы: Ретроспектива

Когорты и вмешательства

Группа / когорта
Вмешательство/лечение
Стандарт медицинской помощи группа генетического тестирования
В исследование будут включены лица с результатами геномного теста стандартного медицинского обслуживания (SOC) (например, CMA, кариотипирование, Саузерн-блот-анализ, ПЦР, FISH и/или NGS и т. д.) для сравнения результата SOC с результатами. с помощью оптического картирования генома.
Другой: Стандарт медицинской помощи группа генетического тестирования
N/A — без вмешательства, так как это обсервационное исследование.

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Чувствительность/соответствие и специфичность OGM стандартному тестированию для выявления структурных вариантов.
Временное ограничение: По завершении обучения, в среднем 1 год
Результаты OGM оцениваются по сравнению со стандартным тестом на лечение, и будет определяться соответствие (чувствительность и специфичность).
По завершении обучения, в среднем 1 год

Вторичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Воспроизводимость и идентификация структурных вариантов за пределами обнаружения стандартных методов лечения.
Временное ограничение: По завершении обучения, в среднем 1 год
Межцентровая, а также меж- и внутрисерийная изменчивость OGM будет оцениваться с помощью исследований воспроизводимости.
По завершении обучения, в среднем 1 год

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

Bionano Genomics

Соавторы

Columbia University
University of Iowa
Medical College of Wisconsin
Augusta University
University of Rochester
Greenwood Genetic Center
Praxis Genomics

Следователи

  • Главный следователь: Alka Chaubey, PhD, FACMG, Bionano Genomics

Публикации и полезные ссылки

Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.

Общие публикации

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Действительный)

30 ноября 2020 г.

Первичное завершение (Оцененный)

31 марта 2024 г.

Завершение исследования (Оцененный)

30 июня 2024 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

7 марта 2022 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

15 марта 2022 г.

Первый опубликованный (Действительный)

25 марта 2022 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Действительный)

7 августа 2023 г.

Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества

4 августа 2023 г.

Последняя проверка

1 августа 2023 г.

Дополнительная информация

Термины, связанные с этим исследованием

Ключевые слова

Дополнительные соответствующие термины MeSH

Другие идентификационные номера исследования

  • 20203726

Планирование данных отдельных участников (IPD)

Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?

НЕТ

Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы

Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.

Нет

Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.

Нет

Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .

Подписаться