Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Validatie van optische genoommapping voor de identificatie van constitutionele genomische varianten in een postnataal cohort

4 augustus 2023 bijgewerkt door: Bionano Genomics
Het doel van dit RUO-onderzoek (alleen voor onderzoek) is het detecteren van genomische structurele varianten (SV's) in menselijk DNA door middel van Optical Genome Mapping (OGM) met behulp van het Bionano Genomics Saphyr-systeem. SV's zijn een soort genetische afwisseling die deleties, duplicaties en zowel gebalanceerde als ongebalanceerde herschikkingen (bijv. Inversies of translocaties) omvat, evenals specifieke herhaalde expansies en contracties. De resultaten van OGM-analyse zullen worden vergeleken met eerdere klinische genetische testresultaten om te bepalen hoe OGM zich verhoudt tot huidige standaardzorg (SOC) klinische testmethoden zoals chromosomale microarray-analyse (CMA), karyotypering, Southern blot-analyse, polymerasekettingreactie (PCR). ), fluorescentie in situ hybridisatie (FISH), en/of next generation sequencing (NGS), enz.

Studie Overzicht

Toestand

Werving

Conditie

Interventie / Behandeling

Gedetailleerde beschrijving

Optical genome mapping (OGM) is een opkomende cytogenomic tool van de volgende generatie die een uitgebreide analyse van structurele varianten (SV's) in het genoom mogelijk maakt. OGM wordt in zijn huidige iteratie uitgevoerd op het Saphyr-systeem, dat is ontwikkeld en op de markt wordt gebracht door Bionano Genomics (San Diego, CA). OGM maakt gebruik van beeldvorming van ultralange DNA-moleculen (>150 kbp) die zijn gelabeld op een uniek sequentiemotief van 6 basenparen (CTTAAG) dat overal in het genoom voorkomt. De afbeeldingen van de gelabelde DNA-moleculen worden gebruikt om een ​​de novo-assemblage te genereren die kan worden vergeleken met een referentiegenoom om alle klassen van SV's te identificeren, zoals deleties, duplicaties, gebalanceerde/ongebalanceerde genomische herschikkingen (inserties, inversies en translocaties), en herhaal array-uitbreidingen/contracties). Bovendien maakt een afzonderlijk op dekking gebaseerd algoritme de detectie mogelijk van genoombrede analyse van het aantal kopieën (vergelijkbaar met CMA) en de afwezigheid van heterozygositeitsanalyse (AOH). In dezelfde assay maakt een gelijktijdige of stapsgewijze data-analysepijplijn het mogelijk om pathogene CGG-herhalingsuitbreidingen te bepalen (consistent met het fragiele X-syndroom) evenals D4Z4-herhalingscontracties die consistent zijn met facioscapulohumerale spierdystrofie type 1 (FSHD1). Onlangs heeft OGM in verschillende onderzoeken een uitstekende overeenstemming met standaardzorgtesten aangetoond. Belangrijk is dat de OGM-workflow binnen drie tot vijf dagen resultaten kan opleveren.

Het doel van deze dubbelblinde, multi-site, retrospectieve, observationele, door de Institutional Review Board (IRB) goedgekeurde studie is het evalueren van de concordantie van structurele variantdetectie door OGM in vergelijking met standaardzorgtesten (zoals CMA, karyotypering, Southern blot-analyse, PCR, FISH en/of NGS, enz.), in een groot cohort met een verscheidenheid aan SV's, waaronder aneuploïdieën, intragene en aangrenzende deleties, duplicaties, gebalanceerde en ongebalanceerde translocaties, inversies, isochromosomen, ringchromosomen, herhaalde uitbreidingen, herhaalde weeën, en meer. Deze studie is ook bedoeld om de gevoeligheid, specificiteit en reproduceerbaarheid te beoordelen van OGM-analyse die op meerdere locaties, door talrijke operators en op verschillende Saphyr-instrumenten wordt uitgevoerd. Op alle locaties werden consensustests en interpretatieprotocollen ontwikkeld en geïmplementeerd.

Studietype

Observationeel

Inschrijving (Geschat)

1000

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studiecontact

Studie Contact Back-up

Studie Locaties

  • Verenigde Staten
    • Georgia
      • Atlanta, Georgia, Verenigde Staten, 30328
        • Actief, niet wervend
        • Praxis Genomics
      • Augusta, Georgia, Verenigde Staten, 30912
        • Actief, niet wervend
        • Augusta University Research Institute
    • Iowa
      • Iowa City, Iowa, Verenigde Staten, 52242
        • Actief, niet wervend
        • University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
    • New York
      • New York, New York, Verenigde Staten, 10032
        • Actief, niet wervend
        • Columbia University Irving Medical Center
      • W. Henrietta, New York, Verenigde Staten, 14586
        • Actief, niet wervend
        • DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
    • South Carolina
      • Greenwood, South Carolina, Verenigde Staten, 29646
        • Werving
        • Greenwood Genetic Center
        • Hoofdonderzoeker:
          • Steven A. Skinner, MD
    • Utah
      • Salt Lake City, Utah, Verenigde Staten, 84109
        • Werving
        • Lineagen (A Bionano Genomics Company)
    • Wisconsin
      • Milwaukee, Wisconsin, Verenigde Staten, 53226
        • Actief, niet wervend
        • Medical College of Wisconsin

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

  • Kind
  • Volwassen
  • Oudere volwassene

Accepteert gezonde vrijwilligers

Nee

Bemonsteringsmethode

Niet-waarschijnlijkheidssteekproef

Studie Bevolking

Individuen zullen worden aangeworven als ze de standaard genetische testresultaten hebben (zoals CMA, karyotypering, Southern blot-analyse, PCR, FISH en/of NGS, enz.) om te vergelijken met de resultaten van optische genoomkartering.

Beschrijving

Inclusiecriteria:

  1. Individu met een genomische afwijking geïdentificeerd door CMA, karyotypering, Southern blot-analyse, PCR, FISH en/of NGS of andere genetische testtechnologie (SOC) waarvan de klinische testresultaten beschikbaar zijn om te vergelijken met de resultaten van OGM.
  2. Patiënten met eerdere negatieve SOC genetische testresultaten van wie de resultaten beschikbaar zijn om te vergelijken met resultaten van OGM.

Uitsluitingscriteria:

  1. Elke persoon die zich heeft afgemeld voor onderzoek in het testlaboratorium.
  2. Een persoon wiens genetische test de volgende varianten bevat: pathogene sequentievarianten, afwijkingen met betrekking tot acrocentrische p-armen en centromeren, minder dan 20% voor mozaïekvorming en tetraploïdie.

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

  • Observatiemodellen: Cohort
  • Tijdsperspectieven: Retrospectief

Cohorten en interventies

Groep / Cohort
Interventie / Behandeling
Standaard van zorg genetische testgroep
Personen met genomische testresultaten van een standaardzorgtest (SOC) (zoals CMA, karyotypering, Southern-blotanalyse, PCR, FISH en/of NGS, enz.) zullen worden ingeschreven in het onderzoek om het SOC-resultaat te vergelijken met de resultaten van optische genoommapping.
Ander: Standaard van zorg genetische testgroep
Nvt - geen interventie aangezien dit een observationele studie is.

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Gevoeligheid/concordantie en specificiteit van OGM met standaardzorgtesten voor detectie van structurele varianten.
Tijdsspanne: Door afronding van de studie gemiddeld 1 jaar
OGM-resultaten worden geëvalueerd aan de hand van de zorgstandaardtest en concordantie (gevoeligheid en specificiteit) wordt bepaald.
Door afronding van de studie gemiddeld 1 jaar

Secundaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Reproduceerbaarheid en identificatie van structurele varianten buiten de detectielimiet van standaardzorgmethoden.
Tijdsspanne: Door afronding van de studie gemiddeld 1 jaar
Zowel inter-site als inter- en intra-run variabiliteit van OGM zal worden beoordeeld door middel van reproduceerbaarheidsstudies.
Door afronding van de studie gemiddeld 1 jaar

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

Bionano Genomics

Medewerkers

Columbia University
University of Iowa
Medical College of Wisconsin
Augusta University
University of Rochester
Greenwood Genetic Center
Praxis Genomics

Onderzoekers

  • Hoofdonderzoeker: Alka Chaubey, PhD, FACMG, Bionano Genomics

Publicaties en nuttige links

De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.

Algemene publicaties

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Werkelijk)

30 november 2020

Primaire voltooiing (Geschat)

31 maart 2024

Studie voltooiing (Geschat)

30 juni 2024

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

7 maart 2022

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

15 maart 2022

Eerst geplaatst (Werkelijk)

25 maart 2022

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Werkelijk)

7 augustus 2023

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

4 augustus 2023

Laatst geverifieerd

1 augustus 2023

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Trefwoorden

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

  • 20203726

Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)

Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?

NEE

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Abonneren