Validação do mapeamento óptico do genoma para a identificação de variantes genômicas constitucionais em uma coorte pós-natal
4 de agosto de 2023 atualizado por: Bionano Genomics
O objetivo deste estudo de uso exclusivo para pesquisa (RUO) é detectar variantes estruturais genômicas (SVs) no DNA humano por mapeamento ótico do genoma (OGM) usando o sistema Bionano Genomics Saphyr.
SVs são um tipo de alternância genética que inclui deleções, duplicações e rearranjos equilibrados e desequilibrados (ex: inversões ou translocações), bem como expansões e contrações de repetição específicas.
Os resultados da análise de OGM serão comparados aos resultados de testes genéticos clínicos anteriores para determinar como OGM se compara aos métodos de teste clínico padrão (SOC) atuais, como análise de microarranjo cromossômico (CMA), cariótipo, análise de Southern blot, reação em cadeia da polimerase (PCR ), hibridização fluorescente in situ (FISH) e/ou sequenciamento de próxima geração (NGS), etc.
Visão geral do estudo
Status
Recrutamento
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
O mapeamento óptico do genoma (OGM) é uma ferramenta citogenômica emergente de última geração que permite uma análise abrangente de variantes estruturais (SVs) no genoma. O OGM, em sua iteração atual, é realizado no sistema Saphyr, que é desenvolvido e comercializado pela Bionano Genomics (San Diego, CA). O OGM emprega imagens de moléculas de DNA ultralongas (>150 kbp) que são marcadas em um único motivo de sequência de 6 pares de bases (CTTAAG) que ocorre em todo o genoma. As imagens das moléculas de DNA marcadas são usadas para gerar uma montagem de novo que pode ser comparada a um genoma de referência para identificar todas as classes de SVs, como deleções, duplicações, rearranjos genômicos balanceados/desbalanceados (inserções, inversões e translocações), e repetir expansões/contrações de matriz). Além disso, um algoritmo baseado em cobertura separado permite a detecção da análise do número de cópias em todo o genoma (semelhante ao CMA) e a análise da ausência de heterozigosidade (AOH). No mesmo ensaio, um pipeline de análise de dados simultâneo ou passo a passo permite dimensionar as expansões de repetição CGG patogênicas (consistentes com a síndrome do X frágil), bem como as contrações de repetição D4Z4 que são consistentes com a distrofia muscular facioscapuloumeral tipo 1 (FSHD1). Recentemente, em vários estudos, o OGM demonstrou excelente concordância com os testes padrão de atendimento. É importante ressaltar que o fluxo de trabalho OGM pode fornecer resultados em três a cinco dias.
O objetivo deste estudo duplo-cego, multi-site, retrospectivo, observacional, aprovado pelo Conselho de Revisão Institucional (IRB) é avaliar a concordância da detecção de variantes estruturais por OGM em comparação com testes padrão de atendimento (como CMA, cariótipo, Southern análise de blot, PCR, FISH e/ou NGS, etc.), em uma grande coorte contendo uma variedade de SVs, incluindo aneuploidias, deleções intragênicas e contíguas, duplicações, translocações balanceadas e desbalanceadas, inversões, isocromossomos, cromossomos em anel, expansões repetidas, repita as contrações e muito mais. Este estudo também foi desenvolvido para avaliar a sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade da análise OGM realizada em vários locais, por vários operadores e em diferentes instrumentos Saphyr. Testes de consenso e protocolos de interpretação foram desenvolvidos e implementados em todos os locais.
Tipo de estudo
Observacional
Inscrição (Estimado)
1000
Contactos e Locais
Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.
Contato de estudo
- Nome: Alex Hastie, PhD
- Número de telefone: 267-315-0914
- E-mail: ahastie@bionanogenomics.com
Estude backup de contato
- Nome: Megan Martin, MS
- Número de telefone: 801-931-6203
- E-mail: mmartin@bionano.com
Locais de estudo
-
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Georgia
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Atlanta, Georgia, Estados Unidos, 30328
- Ativo, não recrutando
- Praxis Genomics
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Augusta, Georgia, Estados Unidos, 30912
- Ativo, não recrutando
- Augusta University Research Institute
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Iowa
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Iowa City, Iowa, Estados Unidos, 52242
- Ativo, não recrutando
- University of Iowa Hospitals & Clinics, Molecular Pathology
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New York
-
New York, New York, Estados Unidos, 10032
- Ativo, não recrutando
- Columbia University Irving Medical Center
-
W. Henrietta, New York, Estados Unidos, 14586
- Ativo, não recrutando
- DNA Microarray CGH Laboratory, Department of Pathology, University of Rochester Medical Center
-
-
South Carolina
-
Greenwood, South Carolina, Estados Unidos, 29646
- Recrutamento
- Greenwood Genetic Center
-
Investigador principal:
- Steven A. Skinner, MD
-
-
Utah
-
Salt Lake City, Utah, Estados Unidos, 84109
- Recrutamento
- Lineagen (A Bionano Genomics Company)
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Wisconsin
-
Milwaukee, Wisconsin, Estados Unidos, 53226
- Ativo, não recrutando
- Medical College of Wisconsin
-
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Critérios de participação
Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Filho
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Não
Método de amostragem
Amostra Não Probabilística
População do estudo
Os indivíduos serão recrutados se tiverem resultados de testes genéticos padrão de atendimento (como CMA, cariótipo, análise Southern blot, PCR, FISH e/ou NGS, etc.) para comparar com os resultados do mapeamento óptico do genoma.
Descrição
Critério de inclusão:
- Indivíduo com uma aberração genômica identificada por CMA, cariótipo, análise de Southern blot, PCR, FISH e/ou NGS ou outra tecnologia de teste genético padrão de atendimento (SOC) cujos resultados de testes clínicos estão disponíveis para comparação com os resultados de OGM.
- Pacientes com resultados de testes genéticos SOC negativos anteriores cujos resultados estão disponíveis para comparação com os resultados do OGM.
Critério de exclusão:
- Qualquer indivíduo que optou por não participar da pesquisa no laboratório de testes.
- Um indivíduo cujo teste genético contém as seguintes variantes: variantes de sequência patogênica, anormalidades envolvendo p-arms e centrômeros acrocêntricos, abaixo de 20% para mosaicismo e tetraploidia.
Plano de estudo
Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Modelos de observação: Coorte
- Perspectivas de Tempo: Retrospectivo
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
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Grupo de teste genético padrão de atendimento
Indivíduos com resultados de testes genômicos de um teste padrão de atendimento (SOC) (como CMA, cariótipo, análise Southern blot, PCR, FISH e/ou NGS, etc.) serão incluídos no estudo para comparar o resultado SOC com os resultados do mapeamento óptico do genoma.
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N/A - sem intervenção, pois este é um estudo observacional.
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Sensibilidade/concordância e especificidade de OGM com teste padrão de atendimento para detecção de variantes estruturais.
Prazo: Até a conclusão do estudo, uma média de 1 ano
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Os resultados do OGM são avaliados em relação ao padrão de teste de atendimento e a concordância (sensibilidade e especificidade) será determinada.
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Até a conclusão do estudo, uma média de 1 ano
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Reprodutibilidade e identificação de variantes estruturais além do limite de detecção dos métodos padrão de atendimento.
Prazo: Até a conclusão do estudo, uma média de 1 ano
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A variabilidade inter-site, bem como inter e intra-execução de OGM será avaliada por estudos de reprodutibilidade.
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Até a conclusão do estudo, uma média de 1 ano
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Colaboradores e Investigadores
É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Alka Chaubey, PhD, FACMG, Bionano Genomics
Publicações e links úteis
A pessoa responsável por inserir informações sobre o estudo fornece voluntariamente essas publicações. Estes podem ser sobre qualquer coisa relacionada ao estudo.
Publicações Gerais
- Shieh JT, Penon-Portmann M, Wong KHY, Levy-Sakin M, Verghese M, Slavotinek A, Gallagher RC, Mendelsohn BA, Tenney J, Beleford D, Perry H, Chow SK, Sharo AG, Brenner SE, Qi Z, Yu J, Klein OD, Martin D, Kwok PY, Boffelli D. Application of full-genome analysis to diagnose rare monogenic disorders. NPJ Genom Med. 2021 Sep 23;6(1):77. doi: 10.1038/s41525-021-00241-5. Erratum In: NPJ Genom Med. 2021 Oct 12;6(1):88.
- Stence AA, Thomason JG, Pruessner JA, Sompallae RR, Snow AN, Ma D, Moore SA, Bossler AD. Validation of Optical Genome Mapping for the Molecular Diagnosis of Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy. J Mol Diagn. 2021 Nov;23(11):1506-1514. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.07.021. Epub 2021 Aug 9.
- Mantere T, Neveling K, Pebrel-Richard C, Benoist M, van der Zande G, Kater-Baats E, Baatout I, van Beek R, Yammine T, Oorsprong M, Hsoumi F, Olde-Weghuis D, Majdali W, Vermeulen S, Pauper M, Lebbar A, Stevens-Kroef M, Sanlaville D, Dupont JM, Smeets D, Hoischen A, Schluth-Bolard C, El Khattabi L. Optical genome mapping enables constitutional chromosomal aberration detection. Am J Hum Genet. 2021 Aug 5;108(8):1409-1422. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.05.012. Epub 2021 Jul 7.
- Chaisson MJP, Sanders AD, Zhao X, Malhotra A, Porubsky D, Rausch T, Gardner EJ, Rodriguez OL, Guo L, Collins RL, Fan X, Wen J, Handsaker RE, Fairley S, Kronenberg ZN, Kong X, Hormozdiari F, Lee D, Wenger AM, Hastie AR, Antaki D, Anantharaman T, Audano PA, Brand H, Cantsilieris S, Cao H, Cerveira E, Chen C, Chen X, Chin CS, Chong Z, Chuang NT, Lambert CC, Church DM, Clarke L, Farrell A, Flores J, Galeev T, Gorkin DU, Gujral M, Guryev V, Heaton WH, Korlach J, Kumar S, Kwon JY, Lam ET, Lee JE, Lee J, Lee WP, Lee SP, Li S, Marks P, Viaud-Martinez K, Meiers S, Munson KM, Navarro FCP, Nelson BJ, Nodzak C, Noor A, Kyriazopoulou-Panagiotopoulou S, Pang AWC, Qiu Y, Rosanio G, Ryan M, Stutz A, Spierings DCJ, Ward A, Welch AE, Xiao M, Xu W, Zhang C, Zhu Q, Zheng-Bradley X, Lowy E, Yakneen S, McCarroll S, Jun G, Ding L, Koh CL, Ren B, Flicek P, Chen K, Gerstein MB, Kwok PY, Lansdorp PM, Marth GT, Sebat J, Shi X, Bashir A, Ye K, Devine SE, Talkowski ME, Mills RE, Marschall T, Korbel JO, Eichler EE, Lee C. Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes. Nat Commun. 2019 Apr 16;10(1):1784. doi: 10.1038/s41467-018-08148-z.
- Chan S, Lam E, Saghbini M, Bocklandt S, Hastie A, Cao H, Holmlin E, Borodkin M. Structural Variation Detection and Analysis Using Bionano Optical Mapping. Methods Mol Biol. 2018;1833:193-203. doi: 10.1007/978-1-4939-8666-8_16.
- Barseghyan H, Tang W, Wang RT, Almalvez M, Segura E, Bramble MS, Lipson A, Douine ED, Lee H, Delot EC, Nelson SF, Vilain E. Next-generation mapping: a novel approach for detection of pathogenic structural variants with a potential utility in clinical diagnosis. Genome Med. 2017 Oct 25;9(1):90. doi: 10.1186/s13073-017-0479-0.
- Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6. doi: 10.1038/nbt.2303.
- Iqbal MA, Broeckel U, Levy B, Sinner S, Sahajpal N, Rodriguez V, Stence A, Awayda K, Scharer G, Skinner C, Stevenson R, Bossler A, Nagy PL, Kohle R. Multi-site technical performance and concordance of optical genome mapping: constitutional postnatal study for SV, CNV, and repeat array analysis. MedRxiv (pre-print). 2021 Dec 30; doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.27.21268432
Datas de registro do estudo
Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
30 de novembro de 2020
Conclusão Primária (Estimado)
31 de março de 2024
Conclusão do estudo (Estimado)
30 de junho de 2024
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
7 de março de 2022
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
15 de março de 2022
Primeira postagem (Real)
25 de março de 2022
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
7 de agosto de 2023
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
4 de agosto de 2023
Última verificação
1 de agosto de 2023
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
- Transtornos Mentais, Desordem Mental
- Doenças do Sistema Nervoso
- Manifestações Neurológicas
- Manifestações Neurocomportamentais
- Doenças Genéticas, Congênitas
- Doenças Genéticas, Ligadas ao X
- Doenças musculoesqueléticas
- Doenças Musculares
- Doenças Neuromusculares
- Distúrbios Musculares Atróficos
- Retardo Mental, Ligado ao X
- Distúrbios Heredodegenerativos, Sistema Nervoso
- Distúrbios do Neurodesenvolvimento
- Transtornos Invasivos do Desenvolvimento Infantil
- Distúrbios cromossômicos
- Distúrbios dos cromossomos sexuais
- Distrofias Musculares
- Anomalias congénitas
- Transtorno do Espectro Autista
- Síndrome do X Frágil
- Deficiências de Desenvolvimento
- Deficiência Intelectual
- Distrofia Muscular Facioescapulohumeral
Outros números de identificação do estudo
- 20203726
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
NÃO
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
Não
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