生後コホートにおける構成ゲノムバリアントの同定のための光学ゲノムマッピングの検証

光学ゲノム マッピング (OGM) は、ゲノムの構造バリアント (SV) の包括的な分析を可能にする新しい次世代細胞ゲノム ツールです。 OGM は、現在のイテレーションでは、Bionano Genomics (カリフォルニア州サンディエゴ) によって開発および販売されている Saphyr システムで実行されます。 OGM は、ゲノム全体で発生するユニークな 6 塩基対配列モチーフ (CTTAAG) で標識された超長 DNA 分子 (>150 kbp) のイメージングを採用しています。 標識された DNA 分子の画像を使用して de novo アセンブリを生成し、参照ゲノムと比較して、欠失、重複、バランス/アンバランスなゲノム再編成 (挿入、逆位、転座) などのすべてのクラスの SV を識別します。配列の伸縮を繰り返す）。 さらに、別のカバレッジベースのアルゴリズムにより、ゲノム全体のコピー数分析 (CMA と同様) の検出、およびヘテロ接合性 (AOH) 分析の不在が可能になります。 同じアッセイでは、同時または段階的なデータ分析パイプラインにより、病原性 CGG 反復拡張 (脆弱 X 症候群と一致) と、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー 1 型 (FSHD1) と一致する D4Z4 反復収縮のサイジングが可能になります。 最近、いくつかの研究で、OGM は標準治療検査との優れた一致を示しました。 重要なことに、OGM ワークフローは 3 ～ 5 日以内に結果を提供できます。

この二重盲検、マルチサイト、レトロスペクティブ、観察、治験審査委員会 (IRB) 承認の研究の目的は、OGM による構造バリアント検出の一致性を、標準的なケア検査 (CMA、核型分析、サザンなど) と比較して評価することです。ブロット分析、PCR、FISH、および/またはNGSなど）、異数性、遺伝子内および隣接する欠失、重複、バランスのとれた転座および不均衡な転座、逆位、同染色体、環状染色体、反復拡大を含むさまざまなSVを含む大規模なコホートで、収縮などを繰り返します。 この研究は、複数のサイトで、多数のオペレーターによって、さまざまな Saphyr 機器で実施された OGM 分析の感度、特異性、および再現性を評価するようにも設計されています。 コンセンサス テストと解釈プロトコルが開発され、すべてのサイトで実装されました。