Pneumocystis Jirovecii의 저항성 SNP 검출을 위한 액적 디지털 PCR 및 PCR-free BIOS센서 (DDBIOS)
2024년 8월 8일 업데이트: University Hospital, Brest
제안된 연구의 주요 목적은 DHPS(dihydropteroate synthase), DHFR(dihydrofolate reductase), CYB(cytochrome b), IMPDH(이노신-5'-모노포스페이트 탈수소효소)와 같은 치료 표적을 코딩하는 4개 유전자에서 Pneumocystis jirovecii 돌연변이 균주를 식별하는 것입니다. 따라서 P. jirovecii에 감염된 환자에서 잠재적으로 저항성인 균주의 유병률을 평가합니다.
연구 개요
상태
모집하지 않고 적극적으로
정황
상세 설명
뉴모시스티스 지로베시(P. jirovecii)는 면역력이 저하된 환자의 폐 감염이나 폐포자충 폐렴(PCP)을 일으키는 기회감염성 병원성 진균입니다. 현재 시험관 내 배양을 위한 시스템이 없습니다. 사용되는 진단 방법은 주로 PCP의 예방 및 치료에 널리 사용되는 분자 표적을 코딩하는 유전자 수준에서 단일 염기 다형성(SNP)의 검출 및 분석을 허용하는 분자 생물학 기술을 기반으로 합니다. 이러한 SNP는 잠재적으로 치료 저항성과 관련된 과오 돌연변이를 나타낼 수 있습니다. 이는 P. jirovecii 감염이 발생하기 전에 환자가 이러한 치료법에 노출되어 발생할 수 있습니다. 그러나 특히 프랑스에서는 이러한 돌연변이의 유병률에 관한 데이터가 부족합니다. PCR에 이어 DNA 서열분석을 기반으로 이러한 돌연변이를 검출하는 방법은 민감도 측면에서 한계가 있습니다. 이러한 맥락에서 병원체를 검출하고 특성화하기 위한 새롭고 보다 민감하며 신속한 도구의 평가가 필요합니다.
제안된 연구의 주요 목적은 DHPS(dihydropteroate synthase), DHFR(dihydrofolate reductase), CYB(cytochrome b), IMPDH 등 치료 표적을 암호화하는 4개 유전자에서 P. jirovecii 돌연변이 균주를 식별하는 것입니다. ) 따라서 P. jirovecii에 감염된 환자에서 잠재적 저항성 균주의 유병률을 평가합니다.
두 번째 목표는 다음과 같습니다.
- 관련된 요인을 결정하기 위해(예: 돌연변이 P. jirovecii 균주를 이용한 치료법 노출
- 항폐포자충 치료의 효과에 대한 돌연변이의 영향을 확인하기 위해(예: 감염의 유리한 진화와 불리한 진화)
- Pneumocystis jirovecii의 저항성과 관련된 돌연변이의 검출 및 특성화를 위해 디지털 액적 PCR과 PCR이 없는 바이오센서라는 두 가지 방법을 평가합니다.
연구 유형
관찰
등록 (추정된)
300
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 장소
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Brest, 프랑스, 29609
- CHU Brest
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참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
샘플링 방법
비확률 샘플
연구 인구
P. jirovecii가 폐 검체(기관지폐포 세척액, 가래, 기관지 흡인, 구인두 세척액, 비인두 검체)에서 검출된 환자를 연구에 포함할 수 있습니다.
설명
포함 기준:
- 폐검체(기관지폐포세척액, 객담, 기관지흡인, 구인두세척액, 비인두검체)에서 P. jirovecii가 검출된 환자
- 반대 없음
- 사회보장제도에 가입된 환자
제외 기준:
- 법적 보호를 받고 있는 환자(후견인, 큐레이터)
- 참여 거부
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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이 곰팡이에 감염된 환자의 치료에 잠재적으로 저항성을 갖는 특정 Pneumocystis jirovecii 계통의 존재
기간: 포함시
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디하이드로프테로에이트 신타제(DHPS), 디하이드로폴레이트 환원효소(DHFR), 사이토크롬 b(CYB), 이노신-5'-모노포스페이트 탈수소효소(IMMPH)와 같은 치료 표적을 암호화하는 4가지 유전자를 증폭하고 서열 분석하여 단일 뉴클레오티드 다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP), 특히 항폐포자충 치료에 대한 내성과 잠재적으로 연관되어 있는 것들입니다.
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2차 결과 측정
결과 측정 |
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P. jirovecii 돌연변이 균주와 관련된 요인(예: 치료에 대한 노출)을 확인합니다.
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기타 결과 측정
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항폐포자충 치료의 효과에 대한 돌연변이의 영향을 확인하기 위해(예: 감염의 유리한 진화와 불리한 진화)
기간: 1개월과 3개월
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1개월과 3개월
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Pneumocystis jirovecii의 저항성과 관련된 돌연변이의 검출 및 특성화를 위해 디지털 액적 PCR과 PCR이 없는 바이오센서라는 두 가지 방법을 평가합니다.
기간: 포함시
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포함시
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2024년 6월 1일
기본 완료 (추정된)
2026년 12월 31일
연구 완료 (추정된)
2026년 12월 31일
연구 등록 날짜
최초 제출
2024년 5월 22일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2024년 5월 22일
처음 게시됨 (실제)
2024년 5월 29일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
2024년 8월 9일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2024년 8월 8일
마지막으로 확인됨
2024년 4월 1일
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
개별 참가자 데이터(IPD) 계획
개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?
예
IPD 계획 설명
출판의 기초가 되는 모든 수집된 데이터
IPD 공유 기간
데이터는 최종 연구 보고서 완료 후 3년부터 15년까지 제공됩니다.
IPD 공유 액세스 기준
데이터 액세스 요청은 Brest UH 내부 위원회에서 검토됩니다.
요청자는 데이터 액세스 계약에 서명하고 완료해야 합니다.
IPD 공유 지원 정보 유형
- 연구_프로토콜
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
아니
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
아니
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