Droplet Digital PCR og PCR-fri BIOSensorer til påvisning af modstandsassocierede SNP'er i Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8. august 2024 opdateret af: University Hospital, Brest
Hovedformålet med den foreslåede forskning er at identificere Pneumocystis jirovecii mutantstammer på 4 gener, der koder for terapeutiske mål, såsom dihydropteroatsyntase (DHPS), dihydrofolatreduktase (DHFR), cytochrom b (CYB), inosin-5'-monophosphat dehydrogenase (IMPDH) og derfor at vurdere forekomsten af potentielt resistente stammer hos patienter inficeret med P. jirovecii.
Studieoversigt
Status
Aktiv, ikke rekrutterende
Betingelser
Detaljeret beskrivelse
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) er en opportunistisk patogen svamp, der er ansvarlig for lungeinfektion eller Pneumocystis pneumoni (PCP) hos immunkompromitterede patienter. Der er i øjeblikket intet system til dets in vitro-kultur. De anvendte diagnostiske metoder er hovedsageligt baseret på molekylærbiologiske teknikker, som også muliggør påvisning og analyse af enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP'er), især på niveauet af gener, der koder for målene for molekyler, der i vid udstrækning anvendes til forebyggelse og behandling af PCP. Disse SNP'er kan repræsentere missense-mutationer, der potentielt er forbundet med behandlingsresistens. De kan skyldes udsættelse af patienter for disse behandlinger før udviklingen af P. jirovecii-infektion. Data vedrørende forekomsten af disse mutationer er dog stadig sparsomme, især i Frankrig. Metoder til påvisning af disse mutationer baseret på PCR efterfulgt af DNA-sekventering har begrænsninger med hensyn til følsomhed. Evalueringen af nye, mere følsomme og hurtige værktøjer til påvisning og karakterisering af patogener i denne sammenhæng er nødvendig.
Hovedformålet med den foreslåede forskning er at identificere P. jirovecii mutantstammer på 4 gener, der koder for terapeutiske mål, såsom dihydropteroatsyntase (DHPS), dihydrofolatreduktase (DHFR), cytochrom b (CYB), inosin-5'-monophosphatdehydrogenase (IMPDH) ) og derfor for at vurdere forekomsten af potentielt resistente stammer hos patienter inficeret med P. jirovecii.
De sekundære mål er:
- at bestemme de faktorer, der er forbundet (f.eks. eksponering for behandlinger) med mutante P. jirovecii-stammer
- at bestemme virkningen af mutationer på effektiviteten af anti-Pneumocystis behandling (f.eks. gunstig vs. ugunstig udvikling af infektionen)
- at evaluere to metoder - digital dråbe-PCR og biosensorer uden PCR - til påvisning og karakterisering af mutationer forbundet med resistens i Pneumocystis jirovecii
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Anslået)
300
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiesteder
-
-
-
Brest, Frankrig, 29609
- CHU Brest
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Barn
- Voksen
- Ældre voksen
Tager imod sunde frivillige
Ingen
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Patienter, hvor P. jirovecii blev påvist i en pulmonal prøve (bronkoalveolær skylning, sputum, bronkial aspiration, oropharyngeal skylning, nasopharyngeal prøve) kan inkluderes i undersøgelsen
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Patienter, hvor P. jirovecii blev påvist i en pulmonal prøve (bronkoalveolær skylning, sputum, bronkial aspiration, oropharyngeal skylning, nasopharyngeal prøve)
- Ingen opposition
- Patient tilknyttet et socialt sikringssystem
Ekskluderingskriterier:
- Patienter under juridisk beskyttelse (værgemål, kuratorskab)
- Afvisning af at deltage
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Tilstedeværelse af specifikke stammer af Pneumocystis jirovecii potentielt resistente over for behandlinger hos patienter inficeret med denne svamp
Tidsramme: ved inklusion
|
Fire gener, der koder for terapeutiske mål, såsom dihydropteroatsyntase (DHPS), dihydrofolatreduktase (DHFR), cytochrom b (CYB), inosin-5'-monophosphatdehydrogenase (IMPDH) vil blive amplificeret og sekventeret for at detektere enkeltnukleotidpolymorfier (enkelt nukleotidpolymorfi, SNP), især dem, der potentielt er forbundet med resistens over for anti-Pneumocystis-behandlinger.
|
ved inklusion
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tidsramme |
|---|---|
|
at bestemme de faktorer, der er forbundet (f.eks. eksponering for behandlinger) med P. jirovecii mutantstammer
Tidsramme: ved inklusion
|
ved inklusion
|
Andre resultatmål
Resultatmål |
Tidsramme |
|---|---|
|
at bestemme virkningen af mutationer på effektiviteten af anti-Pneumocystis-behandling (f.eks. gunstig vs. ugunstig udvikling af infektionen)
Tidsramme: 1 måned og 3 måneder
|
1 måned og 3 måneder
|
|
at evaluere to metoder - digital dråbe-PCR og biosensorer uden PCR - til påvisning og karakterisering af mutationer forbundet med resistens i Pneumocystis jirovecii
Tidsramme: ved inklusion
|
ved inklusion
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Sponsor
Publikationer og nyttige links
Den person, der er ansvarlig for at indtaste oplysninger om undersøgelsen, leverer frivilligt disse publikationer. Disse kan handle om alt relateret til undersøgelsen.
Generelle publikationer
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
1. juni 2024
Primær færdiggørelse (Anslået)
31. december 2026
Studieafslutning (Anslået)
31. december 2026
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
22. maj 2024
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
22. maj 2024
Først opslået (Faktiske)
29. maj 2024
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
9. august 2024
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
8. august 2024
Sidst verificeret
1. april 2024
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
JA
IPD-planbeskrivelse
Alle indsamlede data, der ligger til grund, resulterer i en publikation
IPD-delingstidsramme
Data vil være tilgængelige fra tre år og slutter femten år efter afslutningen af den endelige undersøgelsesrapport
IPD-delingsadgangskriterier
Anmodninger om dataadgang vil blive gennemgået af det interne udvalg i Brest UH.
Anmodere skal underskrive og udfylde en dataadgangsaftale
IPD-deling Understøttende informationstype
- STUDY_PROTOCOL
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .