PCR digital de gotas y BIOSensores sin PCR para la detección de SNP asociados a resistencia en Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8 de agosto de 2024 actualizado por: University Hospital, Brest
El principal objetivo de la investigación propuesta es identificar cepas mutantes de Pneumocystis jirovecii en 4 genes que codifican dianas terapéuticas como la dihidropteroato sintasa (DHPS), la dihidrofolato reductasa (DHFR), el citocromo b (CYB), la inosina-5'-monofosfato deshidrogenasa (IMPDH) y por tanto evaluar la prevalencia de cepas potencialmente resistentes en pacientes infectados por P. jirovecii.
Descripción general del estudio
Estado
Activo, no reclutando
Condiciones
Descripción detallada
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) es un hongo patógeno oportunista responsable de la infección pulmonar o neumonía por Pneumocystis (PCP) en pacientes inmunocomprometidos. Actualmente no existe ningún sistema para su cultivo in vitro. Los métodos de diagnóstico utilizados se basan principalmente en técnicas de biología molecular que también permiten la detección y análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), particularmente a nivel de genes que codifican dianas de moléculas ampliamente utilizadas en la prevención y el tratamiento de la PCP. Estos SNP pueden representar mutaciones sin sentido potencialmente asociadas con la resistencia al tratamiento. Pueden resultar de la exposición de los pacientes a estos tratamientos antes del desarrollo de la infección por P. jirovecii. Sin embargo, los datos sobre la prevalencia de estas mutaciones siguen siendo escasos, especialmente en Francia. Los métodos para detectar estas mutaciones basados en PCR seguida de secuenciación de ADN tienen limitaciones en términos de sensibilidad. Es necesaria la evaluación de nuevas herramientas más sensibles y rápidas para la detección y caracterización de patógenos en este contexto.
El principal objetivo de la investigación propuesta es identificar cepas mutantes de P. jirovecii en 4 genes que codifican dianas terapéuticas como la dihidropteroato sintasa (DHPS), la dihidrofolato reductasa (DHFR), el citocromo b (CYB), la inosina-5'-monofosfato deshidrogenasa (IMPDH). ) y por tanto evaluar la prevalencia de cepas potencialmente resistentes en pacientes infectados con P. jirovecii.
Los objetivos secundarios son:
- para determinar los factores asociados (p. ej. exposición a tratamientos) con cepas mutantes de P. jirovecii
- determinar el impacto de las mutaciones en la eficacia del tratamiento anti-Pneumocystis (p. ej. evolución favorable versus desfavorable de la infección)
- evaluar dos métodos - PCR digital en gotas y biosensores sin PCR - para la detección y caracterización de mutaciones asociadas con resistencia en Pneumocystis jirovecii
Tipo de estudio
De observación
Inscripción (Estimado)
300
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Ubicaciones de estudio
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Brest, Francia, 29609
- CHU Brest
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Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Niño
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
No
Método de muestreo
Muestra no probabilística
Población de estudio
Se pueden incluir en el estudio aquellos pacientes en los que se detectó P. jirovecii en una muestra pulmonar (lavado broncoalveolar, esputo, aspiración bronquial, enjuague orofaríngeo, muestra nasofaríngea).
Descripción
Criterios de inclusión:
- Pacientes en los que se detectó P. jirovecii en una muestra pulmonar (lavado broncoalveolar, esputo, aspiración bronquial, enjuague orofaríngeo, muestra nasofaríngea)
- Sin oposición
- Paciente afiliado a un sistema de seguridad social
Criterio de exclusión:
- Pacientes bajo protección legal (tutela, curaduría)
- Negativa a participar
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Presencia de cepas específicas de Pneumocystis jirovecii potencialmente resistentes a tratamientos en pacientes infectados por este hongo
Periodo de tiempo: en la inclusión
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Se amplificarán y secuenciarán cuatro genes que codifican dianas terapéuticas como la dihidropteroato sintasa (DHPS), la dihidrofolato reductasa (DHFR), el citocromo b (CYB) y la inosina-5'-monofosfato deshidrogenasa (IMPDH) para detectar polimorfismos de un solo nucleótido (Single Nucleotide Polymorphism, SNP), en particular aquellos potencialmente relacionados con la resistencia a los tratamientos anti-Pneumocystis.
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en la inclusión
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Periodo de tiempo |
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determinar los factores asociados (por ejemplo, exposición a tratamientos) con cepas mutantes de P. jirovecii
Periodo de tiempo: en la inclusión
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en la inclusión
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Otras medidas de resultado
Medida de resultado |
Periodo de tiempo |
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determinar el impacto de las mutaciones en la eficacia del tratamiento anti-Pneumocystis (por ejemplo, evolución favorable o desfavorable de la infección)
Periodo de tiempo: 1 mes y 3 meses
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1 mes y 3 meses
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evaluar dos métodos - PCR digital en gotas y biosensores sin PCR - para la detección y caracterización de mutaciones asociadas con resistencia en Pneumocystis jirovecii
Periodo de tiempo: en la inclusión
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en la inclusión
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Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
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Publicaciones y enlaces útiles
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Publicaciones Generales
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
1 de junio de 2024
Finalización primaria (Estimado)
31 de diciembre de 2026
Finalización del estudio (Estimado)
31 de diciembre de 2026
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
22 de mayo de 2024
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
22 de mayo de 2024
Publicado por primera vez (Actual)
29 de mayo de 2024
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
9 de agosto de 2024
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
8 de agosto de 2024
Última verificación
1 de abril de 2024
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
SÍ
Descripción del plan IPD
Todos los datos recopilados que subyacen a los resultados de una publicación.
Marco de tiempo para compartir IPD
Los datos estarán disponibles a partir de tres años y hasta quince años después de la finalización del informe final del estudio.
Criterios de acceso compartido de IPD
Las solicitudes de acceso a los datos serán revisadas por el comité interno de Brest UH.
Los solicitantes deberán firmar y completar un acuerdo de acceso a datos.
Tipo de información de apoyo para compartir IPD
- PROTOCOLO DE ESTUDIO
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
No
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