Droplet Digital PCR i BIOSensory wolne od PCR do wykrywania SNP związanych z opornością u Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8 sierpnia 2024 zaktualizowane przez: University Hospital, Brest
Głównym celem proponowanych badań jest identyfikacja szczepów Pneumocystis jirovecii zmutowanych w 4 genach kodujących cele terapeutyczne, takie jak syntaza dihydropteroesanowa (DHPS), reduktaza dihydrofolianowa (DHFR), cytochrom b (CYB), dehydrogenaza inozyno-5'-monofosforanowa (IMPDH). a tym samym ocenę częstości występowania potencjalnie opornych szczepów u pacjentów zakażonych P. jirovecii.
Przegląd badań
Status
Aktywny, nie rekrutujący
Warunki
Szczegółowy opis
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) jest oportunistycznym patogennym grzybem odpowiedzialnym za zakażenie płuc lub zapalenie płuc wywołane przez Pneumocystis (PCP) u pacjentów z obniżoną odpornością. Obecnie nie ma systemu umożliwiającego jego hodowlę in vitro. Stosowane metody diagnostyczne opierają się głównie na technikach biologii molekularnej, które umożliwiają również wykrywanie i analizę polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP), szczególnie na poziomie genów kodujących cele cząsteczek szeroko stosowanych w profilaktyce i leczeniu PCP. Te SNP mogą reprezentować mutacje zmiany sensu potencjalnie związane z opornością na leczenie. Mogą wynikać z narażenia pacjentów na te metody leczenia przed rozwojem zakażenia P. jirovecii. Jednakże dane dotyczące częstości występowania tych mutacji są nadal skąpe, szczególnie we Francji. Metody wykrywania tych mutacji oparte na PCR, a następnie sekwencjonowaniu DNA mają ograniczenia pod względem czułości. W tym kontekście konieczna jest ocena nowych, bardziej czułych i szybszych narzędzi do wykrywania i charakteryzowania patogenów.
Głównym celem proponowanych badań jest identyfikacja szczepów P. jirovecii zmutowanych w 4 genach kodujących cele terapeutyczne, takie jak syntaza dihydropteroesanowa (DHPS), reduktaza dihydrofolianowa (DHFR), cytochrom b (CYB), dehydrogenaza inozyno-5'-monofosforanowa (IMPDH ), a tym samym ocenę częstości występowania potencjalnie opornych szczepów u pacjentów zakażonych P. jirovecii.
Cele drugorzędne to:
- w celu określenia powiązanych czynników (np. narażenie na leczenie) ze zmutowanymi szczepami P. jirovecii
- w celu określenia wpływu mutacji na skuteczność leczenia przeciw Pneumocystis (m.in. korzystna i niekorzystna ewolucja infekcji)
- ocena dwóch metod – cyfrowej kropelkowej PCR i biosensorów bez PCR – do wykrywania i charakteryzacji mutacji związanych z opornością u Pneumocystis jirovecii
Typ studiów
Obserwacyjny
Zapisy (Szacowany)
300
Kontakty i lokalizacje
Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.
Lokalizacje studiów
-
-
-
Brest, Francja, 29609
- CHU Brest
-
-
Kryteria uczestnictwa
Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Nie
Metoda próbkowania
Próbka bez prawdopodobieństwa
Badana populacja
Do badania można włączyć pacjentów, u których wykryto P. jirovecii w próbce płuc (płukanie oskrzelowo-pęcherzykowe, plwocina, aspiracja oskrzelowa, płukanie jamy ustnej i gardła, próbka nosowo-gardłowa).
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Pacjenci, u których wykryto P. jirovecii w próbce płuc (płukanie oskrzelowo-pęcherzykowe, plwocina, aspiracja oskrzelowa, płukanie jamy ustnej i gardła, próbka nosowo-gardłowa)
- Żadnego sprzeciwu
- Pacjent objęty systemem ubezpieczeń społecznych
Kryteria wyłączenia:
- Pacjenci objęci ochroną prawną (opieka, kuratorstwo)
- Odmowa udziału
Plan studiów
Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Obecność specyficznych szczepów Pneumocystis jirovecii potencjalnie opornych na leczenie u pacjentów zakażonych tym grzybem
Ramy czasowe: przy włączeniu
|
Cztery geny kodujące cele terapeutyczne, takie jak syntaza dihydropteroesanu (DHPS), reduktaza dihydrofolianu (DHFR), cytochrom b (CYB), dehydrogenaza inozyno-5'-monofosforanu (IMPDH) zostaną amplifikowane i sekwencjonowane w celu wykrycia polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (polimorfizm pojedynczego nukleotydu, SNP), w szczególności te potencjalnie powiązane z opornością na leczenie przeciw Pneumocystis.
|
przy włączeniu
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Ramy czasowe |
|---|---|
|
w celu określenia czynników związanych (np. narażenia na leczenie) ze zmutowanymi szczepami P. jirovecii
Ramy czasowe: przy włączeniu
|
przy włączeniu
|
Inne miary wyników
Miara wyniku |
Ramy czasowe |
|---|---|
|
określenie wpływu mutacji na skuteczność leczenia przeciw Pneumocystis (np. korzystna i niekorzystna ewolucja infekcji)
Ramy czasowe: 1 miesiąc i 3 miesiące
|
1 miesiąc i 3 miesiące
|
|
ocena dwóch metod – cyfrowej kropelkowej PCR i biosensorów bez PCR – do wykrywania i charakteryzacji mutacji związanych z opornością u Pneumocystis jirovecii
Ramy czasowe: przy włączeniu
|
przy włączeniu
|
Współpracownicy i badacze
Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.
Sponsor
Publikacje i pomocne linki
Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.
Publikacje ogólne
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Daty zapisu na studia
Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
1 czerwca 2024
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
31 grudnia 2026
Ukończenie studiów (Szacowany)
31 grudnia 2026
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
22 maja 2024
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
22 maja 2024
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
29 maja 2024
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
9 sierpnia 2024
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
8 sierpnia 2024
Ostatnia weryfikacja
1 kwietnia 2024
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
TAK
Opis planu IPD
Wszystkie zebrane dane, które leżą u podstaw wyników w publikacji
Ramy czasowe udostępniania IPD
Dane będą dostępne od trzech lat do piętnastu lat od sporządzenia raportu końcowego z badania
Kryteria dostępu do udostępniania IPD
Wnioski o dostęp do danych zostaną rozpatrzone przez wewnętrzną komisję Brest UH.
Osoby składające wniosek będą musiały podpisać i wypełnić umowę o dostępie do danych
Typ informacji pomocniczych dotyczących udostępniania IPD
- PROTOKÓŁ BADANIA
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .