Kapičková digitální PCR a BIOSsenzory bez PCR pro detekci SNP spojených s rezistencí u Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8. srpna 2024 aktualizováno: University Hospital, Brest
Hlavním cílem navrhovaného výzkumu je identifikovat mutantní kmeny Pneumocystis jirovecii na 4 genech kódujících terapeutické cíle, jako je dihydropteroátsyntáza (DHPS), dihydrofolátreduktáza (DHFR), cytochrom b (CYB), inosin-5'-monofosfátdehydrogenáza (IMPDH) a proto posoudit prevalenci potenciálně rezistentních kmenů u pacientů infikovaných P. jirovecii.
Přehled studie
Postavení
Aktivní, ne nábor
Podmínky
Detailní popis
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) je oportunní patogenní houba zodpovědná za plicní infekci nebo pneumonii způsobenou Pneumocystis (PCP) u imunokompromitovaných pacientů. V současné době neexistuje žádný systém pro jeho kultivaci in vitro. Používané diagnostické metody jsou založeny především na technikách molekulární biologie, které rovněž umožňují detekci a analýzu jednonukleotidových polymorfismů (SNP), zejména na úrovni genů kódujících cíle molekul široce používaných v prevenci a léčbě PCP. Tyto SNP mohou představovat missense mutace potenciálně spojené s rezistencí na léčbu. Mohou být důsledkem expozice pacientů těmto léčbám před rozvojem infekce P. jirovecii. Údaje o prevalenci těchto mutací však zůstávají vzácné, zejména ve Francii. Metody detekce těchto mutací založené na PCR následované sekvenováním DNA mají omezení z hlediska citlivosti. V této souvislosti je nezbytné vyhodnocení nových, citlivějších a rychlejších nástrojů pro detekci a charakterizaci patogenů.
Hlavním cílem navrhovaného výzkumu je identifikace mutantních kmenů P. jirovecii na 4 genech kódujících terapeutické cíle, jako je dihydropteroát syntáza (DHPS), dihydrofolát reduktáza (DHFR), cytochrom b (CYB), inosin-5'-monofosfát dehydrogenáza (IMPDH ) a proto posoudit prevalenci potenciálně rezistentních kmenů u pacientů infikovaných P. jirovecii.
Sekundární cíle jsou:
- určit související faktory (např. vystavení léčbě) s mutantními kmeny P. jirovecii
- ke stanovení vlivu mutací na účinnost anti-Pneumocystis léčby (např. příznivý vs. nepříznivý vývoj infekce)
- vyhodnotit dvě metody - digitální kapkovou PCR a biosenzory bez PCR - pro detekci a charakterizaci mutací spojených s rezistencí u Pneumocystis jirovecii
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
300
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
-
Brest, Francie, 29609
- CHU Brest
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Do studie mohou být zařazeni pacienti, u kterých byla v plicním vzorku detekována P. jirovecii (bronchoalveolární laváž, sputum, bronchiální aspirace, orofaryngeální výplach, vzorek z nosohltanu).
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Pacienti, u kterých byla v plicním vzorku detekována P. jirovecii (bronchoalveolární laváž, sputum, bronchiální aspirace, orofaryngeální výplach, vzorek z nosohltanu)
- Žádná opozice
- Pacient zapojený do systému sociálního zabezpečení
Kritéria vyloučení:
- Pacienti pod právní ochranou (opatrovnictví, kurátorství)
- Odmítnutí účasti
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Přítomnost specifických kmenů Pneumocystis jirovecii potenciálně rezistentních vůči léčbě u pacientů infikovaných touto houbou
Časové okno: při zařazení
|
Čtyři geny kódující terapeutické cíle, jako je dihydropteroátsyntáza (DHPS), dihydrofolátreduktáza (DHFR), cytochrom b (CYB), inosin-5'-monofosfátdehydrogenáza (IMPDH), budou amplifikovány a sekvenovány pro detekci jednonukleotidových polymorfismů (Single Nucleotide Polymorphism, Single Nucleotide Polymorphism, SNP), zejména ty, které jsou potenciálně spojené s rezistencí na léčbu anti-Pneumocystis.
|
při zařazení
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Časové okno |
|---|---|
|
pro stanovení faktorů spojených (např. vystavení léčbě) s mutantními kmeny P. jirovecii
Časové okno: při zařazení
|
při zařazení
|
Další výstupní opatření
Měření výsledku |
Časové okno |
|---|---|
|
zjistit dopad mutací na účinnost léčby proti pneumocystis (např. příznivý vs. nepříznivý vývoj infekce)
Časové okno: 1 měsíc a 3 měsíce
|
1 měsíc a 3 měsíce
|
|
vyhodnotit dvě metody - digitální kapkovou PCR a biosenzory bez PCR - pro detekci a charakterizaci mutací spojených s rezistencí u Pneumocystis jirovecii
Časové okno: při zařazení
|
při zařazení
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Sponzor
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
1. června 2024
Primární dokončení (Odhadovaný)
31. prosince 2026
Dokončení studie (Odhadovaný)
31. prosince 2026
Termíny zápisu do studia
První předloženo
22. května 2024
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
22. května 2024
První zveřejněno (Aktuální)
29. května 2024
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
9. srpna 2024
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
8. srpna 2024
Naposledy ověřeno
1. dubna 2024
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
ANO
Popis plánu IPD
Všechna shromážděná data, která jsou základem, vedou k publikaci
Časový rámec sdílení IPD
Údaje budou k dispozici od tří let do patnácti let po dokončení závěrečné zprávy o studii
Kritéria přístupu pro sdílení IPD
Žádosti o přístup k datům budou přezkoumány interním výborem Brest UH.
Žadatelé budou muset podepsat a vyplnit smlouvu o přístupu k údajům
Typ podpůrných informací pro sdílení IPD
- PROTOKOL STUDY
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .