Droplet Digital PCR e BIOSensori privi di PCR per il rilevamento di SNP associati alla resistenza in Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8 agosto 2024 aggiornato da: University Hospital, Brest
L'obiettivo principale della ricerca proposta è identificare ceppi mutanti di Pneumocystis jirovecii su 4 geni che codificano bersagli terapeutici quali diidropteroato sintasi (DHPS), diidrofolato reduttasi (DHFR), citocromo b (CYB), inosina-5'-monofosfato deidrogenasi (IMPDH) e quindi valutare la prevalenza di ceppi potenzialmente resistenti nei pazienti infetti da P. jirovecii.
Panoramica dello studio
Stato
Attivo, non reclutante
Condizioni
Descrizione dettagliata
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) è un fungo patogeno opportunistico responsabile di infezioni polmonari o polmonite da Pneumocystis (PCP) in pazienti immunocompromessi. Attualmente non esiste un sistema per la sua coltura in vitro. I metodi diagnostici utilizzati si basano principalmente su tecniche di biologia molecolare che consentono anche il rilevamento e l'analisi dei polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), in particolare a livello dei geni che codificano per i bersagli di molecole ampiamente utilizzate nella prevenzione e nel trattamento della PCP. Questi SNP possono rappresentare mutazioni missenso potenzialmente associate alla resistenza al trattamento. Possono derivare dall'esposizione dei pazienti a questi trattamenti prima dello sviluppo dell'infezione da P. jirovecii. Tuttavia, i dati riguardanti la prevalenza di queste mutazioni rimangono scarsi, soprattutto in Francia. I metodi per rilevare queste mutazioni basati sulla PCR seguita dal sequenziamento del DNA presentano limitazioni in termini di sensibilità. In questo contesto è necessaria la valutazione di strumenti nuovi, più sensibili e rapidi per l’individuazione e la caratterizzazione degli agenti patogeni.
L'obiettivo principale della ricerca proposta è identificare ceppi mutanti di P. jirovecii su 4 geni che codificano bersagli terapeutici quali diidropteroato sintasi (DHPS), diidrofolato reduttasi (DHFR), citocromo b (CYB), inosina-5'-monofosfato deidrogenasi (IMPDH ) e quindi per valutare la prevalenza di ceppi potenzialmente resistenti nei pazienti infetti da P. jirovecii.
Gli obiettivi secondari sono:
- per determinare i fattori associati (ad es. esposizione ai trattamenti) con ceppi mutanti di P. jirovecii
- per determinare l'impatto delle mutazioni sull'efficacia del trattamento anti-Pneumocystis (ad es. evoluzione favorevole vs. sfavorevole dell’infezione)
- valutare due metodi - digital droplet PCR e biosensori senza PCR - per il rilevamento e la caratterizzazione di mutazioni associate alla resistenza in Pneumocystis jirovecii
Tipo di studio
Osservativo
Iscrizione (Stimato)
300
Contatti e Sedi
Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.
Luoghi di studio
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Brest, Francia, 29609
- CHU Brest
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Criteri di partecipazione
I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Bambino
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
No
Metodo di campionamento
Campione non probabilistico
Popolazione di studio
Possono essere inclusi nello studio i pazienti nei quali è stato rilevato P. jirovecii in un campione polmonare (lavaggio broncoalveolare, espettorato, aspirazione bronchiale, lavaggio orofaringeo, campione nasofaringeo).
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Pazienti in cui è stato rilevato P. jirovecii in un campione polmonare (lavaggio broncoalveolare, espettorato, aspirazione bronchiale, lavaggio orofaringeo, campione nasofaringeo)
- Nessuna opposizione
- Paziente affiliato ad un sistema di previdenza sociale
Criteri di esclusione:
- Pazienti sotto tutela legale (tutela, curatela)
- Rifiuto di partecipare
Piano di studio
Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Presenza di ceppi specifici di Pneumocystis jirovecii potenzialmente resistenti ai trattamenti in pazienti infetti da questo fungo
Lasso di tempo: all'inclusione
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Quattro geni che codificano bersagli terapeutici come la diidropteroato sintasi (DHPS), la diidrofolato reduttasi (DHFR), il citocromo b (CYB), l'inosina-5'-monofosfato deidrogenasi (IMPDH) saranno amplificati e sequenziati per rilevare polimorfismi a singolo nucleotide (polimorfismo a singolo nucleotide, SNP), in particolare quelli potenzialmente legati alla resistenza ai trattamenti anti-Pneumocystis.
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all'inclusione
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Lasso di tempo |
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per determinare i fattori associati (ad esempio esposizione ai trattamenti) ai ceppi mutanti di P. jirovecii
Lasso di tempo: all'inclusione
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all'inclusione
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Altre misure di risultato
Misura del risultato |
Lasso di tempo |
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determinare l'impatto delle mutazioni sull'efficacia del trattamento anti-Pneumocystis (ad es. evoluzione favorevole vs. sfavorevole dell'infezione)
Lasso di tempo: 1 mese e 3 mesi
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1 mese e 3 mesi
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valutare due metodi - digital droplet PCR e biosensori senza PCR - per il rilevamento e la caratterizzazione di mutazioni associate alla resistenza in Pneumocystis jirovecii
Lasso di tempo: all'inclusione
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all'inclusione
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Collaboratori e investigatori
Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.
Sponsor
Pubblicazioni e link utili
La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.
Pubblicazioni generali
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Studiare le date dei record
Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
1 giugno 2024
Completamento primario (Stimato)
31 dicembre 2026
Completamento dello studio (Stimato)
31 dicembre 2026
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
22 maggio 2024
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
22 maggio 2024
Primo Inserito (Effettivo)
29 maggio 2024
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
9 agosto 2024
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
8 agosto 2024
Ultimo verificato
1 aprile 2024
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
SÌ
Descrizione del piano IPD
Tutti i dati raccolti che sono alla base dei risultati in una pubblicazione
Periodo di condivisione IPD
I dati saranno disponibili a partire da tre anni e fino a quindici anni dopo il completamento del rapporto finale dello studio
Criteri di accesso alla condivisione IPD
Le richieste di accesso ai dati saranno esaminate dal comitato interno di Brest UH.
Ai richiedenti sarà richiesto di firmare e completare un accordo di accesso ai dati
Tipo di informazioni di supporto alla condivisione IPD
- STUDIO_PROTOCOLLO
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
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