Digitale Tröpfchen-PCR und PCR-freie BIOS-Sensoren zum Nachweis von Resistenz-assoziierten SNPs in Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)

Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) ist ein opportunistischer pathogener Pilz, der bei immungeschwächten Patienten für Lungeninfektionen oder Pneumocystis-Pneumonie (PCP) verantwortlich ist. Derzeit gibt es kein System für die In-vitro-Kultur. Die verwendeten diagnostischen Methoden basieren hauptsächlich auf molekularbiologischen Techniken, die auch den Nachweis und die Analyse von Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs) ermöglichen, insbesondere auf der Ebene von Genen, die für die Ziele von Molekülen kodieren, die häufig bei der Prävention und Behandlung von PCP eingesetzt werden. Diese SNPs können Missense-Mutationen darstellen, die möglicherweise mit Behandlungsresistenz verbunden sind. Sie können dadurch entstehen, dass Patienten diesen Behandlungen ausgesetzt wurden, bevor sich eine P. jirovecii-Infektion entwickelte. Es liegen jedoch nach wie vor nur wenige Daten zur Prävalenz dieser Mutationen vor, insbesondere in Frankreich. Methoden zum Nachweis dieser Mutationen, die auf PCR und anschließender DNA-Sequenzierung basieren, weisen Einschränkungen hinsichtlich der Empfindlichkeit auf. In diesem Zusammenhang ist die Evaluierung neuer, empfindlicherer und schnellerer Werkzeuge zur Erkennung und Charakterisierung von Krankheitserregern erforderlich.

Das Hauptziel der vorgeschlagenen Forschung besteht darin, mutierte P. jirovecii-Stämme auf 4 Genen zu identifizieren, die für therapeutische Ziele wie Dihydropteroat-Synthase (DHPS), Dihydrofolat-Reduktase (DHFR), Cytochrom B (CYB) und Inosin-5'-Monophosphat-Dehydrogenase (IMPDH) kodieren ) und damit zur Beurteilung der Prävalenz potenziell resistenter Stämme bei mit P. jirovecii infizierten Patienten.

Die sekundären Ziele sind:

• um die damit verbundenen Faktoren zu bestimmen (z. B. Exposition gegenüber Behandlungen) mit mutierten P. jirovecii-Stämmen
• um den Einfluss von Mutationen auf die Wirksamkeit der Anti-Pneumocystis-Behandlung zu bestimmen (z. B. günstiger vs. ungünstiger Verlauf der Infektion)
• zwei Methoden – digitale Tröpfchen-PCR und Biosensoren ohne PCR – zum Nachweis und zur Charakterisierung von Mutationen im Zusammenhang mit Resistenzen bei Pneumocystis jirovecii zu evaluieren