Капельная цифровая ПЦР и биосенсоры без ПЦР для обнаружения резистентных SNP у Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8 августа 2024 г. обновлено: University Hospital, Brest
Основная цель предлагаемого исследования - идентификация мутантных штаммов Pneumocystis jirovecii по 4 генам, кодирующим терапевтические мишени, такие как дигидроптероатсинтаза (DHPS), дигидрофолатредуктаза (DHFR), цитохром b (CYB), инозин-5'-монофосфатдегидрогеназа (IMPDH). и, следовательно, оценить распространенность потенциально резистентных штаммов у пациентов, инфицированных P. jirovecii.
Обзор исследования
Статус
Активный, не рекрутирующий
Условия
Подробное описание
Пневмоцистис джировеци (P. jirovecii) представляет собой условно-патогенный грибок, вызывающий легочную инфекцию или пневмоцистную пневмонию (ПЦП) у пациентов с ослабленным иммунитетом. В настоящее время не существует системы его культивирования in vitro. Используемые диагностические методы в основном основаны на методах молекулярной биологии, которые также позволяют выявлять и анализировать однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), особенно на уровне генов, кодирующих мишени молекул, широко используемых в профилактике и лечении ПЦП. Эти SNP могут представлять собой миссенс-мутации, потенциально связанные с резистентностью к лечению. Они могут возникнуть в результате воздействия на пациентов этих методов лечения до развития инфекции P. jirovecii. Однако данные о распространенности этих мутаций остаются скудными, особенно во Франции. Методы обнаружения этих мутаций, основанные на ПЦР с последующим секвенированием ДНК, имеют ограничения с точки зрения чувствительности. В этом контексте необходима оценка новых, более чувствительных и быстрых инструментов для обнаружения и характеристики патогенов.
Основная цель предлагаемого исследования - идентификация мутантных штаммов P. jirovecii по 4 генам, кодирующим терапевтические мишени, такие как дигидроптероатсинтаза (DHPS), дигидрофолатредуктаза (DHFR), цитохром b (CYB), инозин-5'-монофосфатдегидрогеназа (IMPDH). ) и, следовательно, оценить распространенность потенциально резистентных штаммов у пациентов, инфицированных P. jirovecii.
Второстепенные цели:
- определить связанные с этим факторы (например, воздействие лечения) с мутантными штаммами P. jirovecii
- определить влияние мутаций на эффективность лечения против пневмоцистиса (например, благоприятное или неблагоприятное развитие инфекции)
- оценить два метода - цифровую капельную ПЦР и биосенсоры без ПЦР - для обнаружения и характеристики мутаций, связанных с резистентностью Pneumocystis jirovecii.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Оцененный)
300
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Места учебы
-
-
-
Brest, Франция, 29609
- CHU Brest
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Ребенок
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
В исследование могут быть включены пациенты, у которых P. jirovecii был обнаружен в легочном образце (бронхоальвеолярный лаваж, мокрота, бронхиальная аспирация, ротоглоточный смыв, носоглоточный образец).
Описание
Критерии включения:
- Пациенты, у которых в легочном образце был обнаружен P. jirovecii (бронхоальвеолярный лаваж, мокрота, бронхиальная аспирация, ротоглоточный промывной материал, носоглоточный образец)
- Нет оппозиции
- Пациент, связанный с системой социального обеспечения
Критерий исключения:
- Пациенты, находящиеся под правовой защитой (опека, попечительство)
- Отказ от участия
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Наличие у пациентов, инфицированных этим грибом, специфических штаммов Pneumocystis jirovecii, потенциально резистентных к лечению.
Временное ограничение: при включении
|
Четыре гена, кодирующие терапевтические мишени, такие как дигидроптероатсинтаза (DHPS), дигидрофолатредуктаза (DHFR), цитохром b (CYB), инозин-5'-монофосфатдегидрогеназа (IMPDH), будут амплифицированы и секвенированы для выявления однонуклеотидных полиморфизмов (однонуклеотидный полиморфизм, SNP), особенно тех, которые потенциально связаны с устойчивостью к лечению пневмоцистами.
|
при включении
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Временное ограничение |
|---|---|
|
определить факторы, связанные (например, воздействие лечения) с мутантными штаммами P. jirovecii.
Временное ограничение: при включении
|
при включении
|
Другие показатели результатов
Мера результата |
Временное ограничение |
|---|---|
|
определить влияние мутаций на эффективность лечения против пневмоцистиса (например, благоприятное или неблагоприятное развитие инфекции)
Временное ограничение: 1 месяц и 3 месяца
|
1 месяц и 3 месяца
|
|
оценить два метода - цифровую капельную ПЦР и биосенсоры без ПЦР - для обнаружения и характеристики мутаций, связанных с резистентностью Pneumocystis jirovecii.
Временное ограничение: при включении
|
при включении
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Спонсор
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
1 июня 2024 г.
Первичное завершение (Оцененный)
31 декабря 2026 г.
Завершение исследования (Оцененный)
31 декабря 2026 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
22 мая 2024 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
22 мая 2024 г.
Первый опубликованный (Действительный)
29 мая 2024 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
9 августа 2024 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
8 августа 2024 г.
Последняя проверка
1 апреля 2024 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
ДА
Описание плана IPD
Все собранные данные, лежащие в основе результатов публикации.
Сроки обмена IPD
Данные будут доступны начиная с трех лет и заканчивая пятнадцатью годами после завершения окончательного отчета об исследовании.
Критерии совместного доступа к IPD
Запросы на доступ к данным будут рассматриваться внутренней комиссией Брестского УГ.
Запрашивающие лица должны будут подписать и заполнить соглашение о доступе к данным.
Совместное использование IPD Поддерживающий тип информации
- STUDY_PROTOCOL
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .