Droplet Digital PCR og PCR-frie BIOSensorer for deteksjon av motstandsassosierte SNP-er i Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)

Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) er en opportunistisk patogen sopp som er ansvarlig for lungeinfeksjon eller Pneumocystis pneumoni (PCP) hos immunkompromitterte pasienter. Det er for tiden ikke noe system for in vitro-kulturen. De diagnostiske metodene som brukes er hovedsakelig basert på molekylærbiologiske teknikker som også tillater påvisning og analyse av enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP), spesielt på nivået av gener som koder for målene til molekyler som er mye brukt i forebygging og behandling av PCP. Disse SNP-ene kan representere missense-mutasjoner som potensielt er assosiert med behandlingsresistens. De kan skyldes eksponering av pasienter for disse behandlingene før utviklingen av P. jirovecii-infeksjon. Data om forekomsten av disse mutasjonene er imidlertid fortsatt knappe, spesielt i Frankrike. Metoder for å påvise disse mutasjonene basert på PCR etterfulgt av DNA-sekvensering har begrensninger når det gjelder sensitivitet. Evaluering av nye, mer sensitive og raske verktøy for påvisning og karakterisering av patogener i denne sammenheng er nødvendig.

Hovedmålet med den foreslåtte forskningen er å identifisere P. jirovecii mutantstammer på 4 gener som koder for terapeutiske mål som dihydropteroatsyntase (DHPS), dihydrofolatreduktase (DHFR), cytokrom b (CYB), inosin-5'-monofosfatdehydrogenase (IMPDH) ) og derfor vurdere forekomsten av potensielt resistente stammer hos pasienter infisert med P. jirovecii.

De sekundære målene er:

• for å bestemme faktorene knyttet (f.eks. eksponering for behandlinger) med mutante P. jirovecii-stammer
• for å bestemme effekten av mutasjoner på effektiviteten av anti-Pneumocystis-behandling (f.eks. gunstig vs. ugunstig utvikling av infeksjonen)
• å evaluere to metoder - digital dråpe-PCR og biosensorer uten PCR - for påvisning og karakterisering av mutasjoner assosiert med resistens i Pneumocystis jirovecii