Druppelvormige digitale PCR en PCR-vrije BIOS-sensoren voor de detectie van resistentie-geassocieerde SNP's in Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)
8 augustus 2024 bijgewerkt door: University Hospital, Brest
Het hoofddoel van het voorgestelde onderzoek is het identificeren van Pneumocystis jirovecii-mutante stammen op 4 genen die coderen voor therapeutische doelen zoals dihydropteroaatsynthase (DHPS), dihydrofolaatreductase (DHFR), cytochroom b (CYB), inosine-5'-monofosfaatdehydrogenase (IMPDH). en daarom om de prevalentie van potentieel resistente stammen te beoordelen bij patiënten die zijn geïnfecteerd met P. jirovecii.
Studie Overzicht
Toestand
Actief, niet wervend
Conditie
Gedetailleerde beschrijving
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) is een opportunistische pathogene schimmel die verantwoordelijk is voor longinfectie of Pneumocystis-pneumonie (PCP) bij immuungecompromitteerde patiënten. Er is momenteel geen systeem voor de in vitro cultuur ervan. De gebruikte diagnostische methoden zijn voornamelijk gebaseerd op moleculair biologische technieken die ook de detectie en analyse van single nucleotide polymorphisms (SNP's) mogelijk maken, vooral op het niveau van genen die coderen voor de doelwitten van moleculen die op grote schaal worden gebruikt bij de preventie en behandeling van PCP. Deze SNP's kunnen missense-mutaties vertegenwoordigen die mogelijk geassocieerd zijn met behandelingsresistentie. Ze kunnen het gevolg zijn van blootstelling van patiënten aan deze behandelingen vóór de ontwikkeling van een P. jirovecii-infectie. Gegevens over de prevalentie van deze mutaties blijven echter schaars, vooral in Frankrijk. Methoden voor het detecteren van deze mutaties op basis van PCR gevolgd door DNA-sequencing hebben beperkingen in termen van gevoeligheid. De evaluatie van nieuwe, gevoeligere en snellere instrumenten voor de detectie en karakterisering van pathogenen is in deze context noodzakelijk.
Het hoofddoel van het voorgestelde onderzoek is het identificeren van P. jirovecii-mutante stammen op 4 genen die coderen voor therapeutische doelen zoals dihydropteroaatsynthase (DHPS), dihydrofolaatreductase (DHFR), cytochroom b (CYB), inosine-5'-monofosfaatdehydrogenase (IMPDH). ) en daarom om de prevalentie van potentieel resistente stammen te beoordelen bij patiënten die zijn geïnfecteerd met P. jirovecii.
De secundaire doelstellingen zijn:
- om de bijbehorende factoren te bepalen (bijv. blootstelling aan behandelingen) met mutante P. jirovecii-stammen
- om de impact van mutaties op de effectiviteit van anti-Pneumocystis-behandeling te bepalen (bijv. gunstige versus ongunstige evolutie van de infectie)
- twee methoden evalueren - digitale druppel-PCR en biosensoren zonder PCR - voor de detectie en karakterisering van mutaties geassocieerd met resistentie bij Pneumocystis jirovecii
Studietype
Observationeel
Inschrijving (Geschat)
300
Contacten en locaties
In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.
Studie Locaties
-
-
-
Brest, Frankrijk, 29609
- CHU Brest
-
-
Deelname Criteria
Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Kind
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Nee
Bemonsteringsmethode
Niet-waarschijnlijkheidssteekproef
Studie Bevolking
Patiënten bij wie P. jirovecii werd gedetecteerd in een longmonster (bronchoalveolaire lavage, sputum, bronchiale aspiratie, orofaryngeale spoeling, nasofaryngeale monster) kunnen in het onderzoek worden opgenomen
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Patiënten bij wie P. jirovecii werd gedetecteerd in een longmonster (bronchoalveolaire lavage, sputum, bronchiale aspiratie, orofaryngeale spoeling, nasofaryngeale monster)
- Geen oppositie
- Patiënt aangesloten bij een sociale zekerheidsstelsel
Uitsluitingscriteria:
- Patiënten onder wettelijke bescherming (voogdij, curatorschap)
- Weigering om deel te nemen
Studie plan
Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Aanwezigheid van specifieke stammen van Pneumocystis jirovecii die mogelijk resistent zijn tegen behandelingen bij patiënten die met deze schimmel zijn geïnfecteerd
Tijdsspanne: bij inclusie
|
Vier genen die coderen voor therapeutische doelwitten zoals dihydropteroaatsynthase (DHPS), dihydrofolaatreductase (DHFR), cytochroom b (CYB), inosine-5'-monofosfaatdehydrogenase (IMPDH) zullen worden geamplificeerd en gesequenced om single nucleotide polymorfismen (Single Nucleotide Polymorphism, SNP), in het bijzonder die welke mogelijk verband houden met resistentie tegen anti-Pneumocystis-behandelingen.
|
bij inclusie
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Tijdsspanne |
|---|---|
|
om de factoren te bepalen die verband houden (bijvoorbeeld blootstelling aan behandelingen) met P. jirovecii-mutante stammen
Tijdsspanne: bij inclusie
|
bij inclusie
|
Andere uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Tijdsspanne |
|---|---|
|
om de impact van mutaties op de effectiviteit van anti-Pneumocystis-behandeling te bepalen (bijvoorbeeld gunstige versus ongunstige evolutie van de infectie)
Tijdsspanne: 1 maand en 3 maand
|
1 maand en 3 maand
|
|
twee methoden evalueren - digitale druppel-PCR en biosensoren zonder PCR - voor de detectie en karakterisering van mutaties geassocieerd met resistentie bij Pneumocystis jirovecii
Tijdsspanne: bij inclusie
|
bij inclusie
|
Medewerkers en onderzoekers
Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.
Sponsor
Publicaties en nuttige links
De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.
Algemene publicaties
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Studie record data
Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
1 juni 2024
Primaire voltooiing (Geschat)
31 december 2026
Studie voltooiing (Geschat)
31 december 2026
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
22 mei 2024
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
22 mei 2024
Eerst geplaatst (Werkelijk)
29 mei 2024
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
9 augustus 2024
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
8 augustus 2024
Laatst geverifieerd
1 april 2024
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
JA
Beschrijving IPD-plan
Alle verzamelde gegevens die ten grondslag liggen aan de resultaten in een publicatie
IPD-tijdsbestek voor delen
Gegevens zullen beschikbaar zijn vanaf drie jaar en eindigend vijftien jaar na voltooiing van het definitieve onderzoeksrapport
IPD-toegangscriteria voor delen
Verzoeken om toegang tot gegevens worden beoordeeld door de interne commissie van Brest UH.
Aanvragers moeten een overeenkomst voor gegevenstoegang ondertekenen en invullen
IPD delen Ondersteunend informatietype
- LEERPROTOCOOL
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Nee
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Nee
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .