Droplet Digital PCR ja PCR-vapaat BIOS-anturit resistenssiin liittyvien SNP:iden havaitsemiseen Pneumocystis Jiroveciissa (DDBIOS)
torstai 8. elokuuta 2024 päivittänyt: University Hospital, Brest
Ehdotetun tutkimuksen päätavoitteena on tunnistaa Pneumocystis jirovecii -mutanttikannat neljässä geenissä, jotka koodaavat terapeuttisia kohteita, kuten dihydropteroaattisyntaasi (DHPS), dihydrofolaattireduktaasi (DHFR), sytokromi b (CYB), inosiini-5'-monofosfaattidehydrogenaasi (IMPDH) ja siksi arvioida mahdollisesti vastustuskykyisten kantojen esiintyvyys potilailla, joilla on P. jirovecii -infektio.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Aktiivinen, ei rekrytointi
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) on opportunistinen patogeeninen sieni, joka on vastuussa keuhkoinfektiosta tai Pneumocystis-keuhkokuumeesta (PCP) immuunipuutteisilla potilailla. Tällä hetkellä ei ole olemassa järjestelmää sen in vitro -viljelylle. Käytetyt diagnostiset menetelmät perustuvat pääosin molekyylibiologian tekniikoihin, jotka mahdollistavat myös yksittäisen nukleotidin polymorfismien (SNP) havaitsemisen ja analysoinnin erityisesti PCP:n ehkäisyssä ja hoidossa laajalti käytettyjen molekyylien kohteita koodaavien geenien tasolla. Nämä SNP:t voivat edustaa missense-mutaatioita, jotka mahdollisesti liittyvät hoitoresistenssiin. Ne voivat johtua potilaiden altistumisesta näille hoidoille ennen P. jirovecii -infektion kehittymistä. Tietoa näiden mutaatioiden esiintyvyydestä on kuitenkin edelleen vähän, etenkin Ranskassa. PCR:ään ja sen jälkeen DNA-sekvensointiin perustuvilla menetelmillä näiden mutaatioiden havaitsemiseksi on rajoituksia herkkyyden suhteen. Tässä yhteydessä on tarpeen arvioida uusia, herkempiä ja nopeampia työkaluja patogeenien havaitsemiseen ja karakterisointiin.
Ehdotetun tutkimuksen päätavoitteena on tunnistaa P. jirovecii -mutanttikannat 4 geenissä, jotka koodaavat terapeuttisia kohteita, kuten dihydropteroaattisyntaasi (DHPS), dihydrofolaattireduktaasi (DHFR), sytokromi b (CYB), inosiini-5'-monofosfaattidehydrogenaasi (IMPDH). ) ja siksi arvioida mahdollisesti vastustuskykyisten kantojen esiintyvyyttä potilailla, joilla on P. jirovecii -infektio.
Toissijaiset tavoitteet ovat:
- määrittääksesi siihen liittyvät tekijät (esim. altistuminen hoidoille) mutanttien P. jirovecii -kantojen kanssa
- selvittää mutaatioiden vaikutusta anti-Pneumocystis-hoidon tehokkuuteen (esim. infektion suotuisa vs. epäsuotuisa kehitys)
- arvioida kahta menetelmää - digitaalinen pisara-PCR ja biosensorit ilman PCR:tä - Pneumocystis jirovecii -bakteerin resistenssiin liittyvien mutaatioiden havaitsemiseksi ja karakterisoimiseksi
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
300
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
-
Brest, Ranska, 29609
- CHU Brest
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Potilaat, joilla P. jirovecii havaittiin keuhkonäytteestä (keuhkoalveolaarinen huuhtelu, yskös, keuhkoputkien aspiraatio, suunielun huuhtelu, nenänielun näyte) voidaan ottaa mukaan tutkimukseen
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Potilaat, joilla P. jirovecii todettiin keuhkonäytteestä (keuhkoalveolaarinen huuhtelu, yskös, keuhkoputkien aspiraatio, suunielun huuhtelu, nenänielun näyte)
- Ei vastustusta
- Potilas, joka kuuluu sosiaaliturvajärjestelmään
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, jotka ovat lain suojassa (huoltajuus, huoltajuus)
- Kieltäytyminen osallistumasta
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Tiettyjen Pneumocystis jirovecii -kantojen esiintyminen, jotka ovat mahdollisesti vastustuskykyisiä hoidoille potilailla, jotka ovat saaneet tämän sienen
Aikaikkuna: sisällyttämisen yhteydessä
|
Neljää geeniä, jotka koodaavat terapeuttisia kohteita, kuten dihydropteroaattisyntaasia (DHPS), dihydrofolaattireduktaasia (DHFR), sytokromi b:tä (CYB), inosiini-5'-monofosfaattidehydrogenaasia (IMPDH), monistetaan ja sekvensoidaan yhden nukleotidin polymorfismin (S, Polymorphiles) havaitsemiseksi. SNP), erityisesti ne, jotka mahdollisesti liittyvät vastustuskykyyn anti-Pneumocystis-hoidolle.
|
sisällyttämisen yhteydessä
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
P. jirovecii -mutanttikantoihin liittyvien tekijöiden määrittämiseksi (esim. altistuminen hoidoille)
Aikaikkuna: sisällyttämisen yhteydessä
|
sisällyttämisen yhteydessä
|
Muut tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
selvittää mutaatioiden vaikutusta anti-Pneumocystis-hoidon tehokkuuteen (esim. infektion myönteinen vs. epäsuotuisa kehitys)
Aikaikkuna: 1 kuukausi ja 3 kuukautta
|
1 kuukausi ja 3 kuukautta
|
|
arvioida kahta menetelmää - digitaalinen pisara-PCR ja biosensorit ilman PCR:tä - Pneumocystis jirovecii -bakteerin resistenssiin liittyvien mutaatioiden havaitsemiseksi ja karakterisoimiseksi
Aikaikkuna: sisällyttämisen yhteydessä
|
sisällyttämisen yhteydessä
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Hoffmann CV, Nevez G, Moal MC, Quinio D, Le Nan N, Papon N, Bouchara JP, Le Meur Y, Le Gal S. Selection of Pneumocystis jirovecii Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Mutants in Solid Organ Transplant Recipients: Implication of Mycophenolic Acid. J Fungi (Basel). 2021 Oct 10;7(10):849. doi: 10.3390/jof7100849.
- Bonnet PL, Hoffmann CV, Le Nan N, Bellamy L, Hoarau G, Flori P, Demar M, Argy N, Morio F, Le Gal S, Nevez G. Atovaquone exposure and Pneumocystis jirovecii cytochrome b mutations: French data and review of the literature. Med Mycol. 2023 Sep 4;61(9):myad095. doi: 10.1093/mmy/myad095.
- de la Horra C, Friaza V, Morilla R, Delgado J, Medrano FJ, Miller RF, de Armas Y, Calderon EJ. Update on Dihydropteroate Synthase (DHPS) Mutations in Pneumocystis jirovecii. J Fungi (Basel). 2021 Oct 13;7(10):856. doi: 10.3390/jof7100856.
- Nahimana A, Rabodonirina M, Bille J, Francioli P, Hauser PM. Mutations of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase associated with failure of prophylaxis. Antimicrob Agents Chemother. 2004 Nov;48(11):4301-5. doi: 10.1128/AAC.48.11.4301-4305.2004.
- Pla L, Avino A, Eritja R, Ruiz-Gaitan A, Peman J, Friaza V, Calderon EJ, Aznar E, Martinez-Manez R, Santiago-Felipe S. Triplex Hybridization-Based Nanosystem for the Rapid Screening of Pneumocystis Pneumonia in Clinical Samples. J Fungi (Basel). 2020 Nov 17;6(4):292. doi: 10.3390/jof6040292.
- Argy N, Le Gal S, Coppee R, Song Z, Vindrios W, Massias L, Kao WC, Hunte C, Yazdanpanah Y, Lucet JC, Houze S, Clain J, Nevez G. Pneumocystis Cytochrome b Mutants Associated With Atovaquone Prophylaxis Failure as the Cause of Pneumocystis Infection Outbreak Among Heart Transplant Recipients. Clin Infect Dis. 2018 Aug 31;67(6):913-919. doi: 10.1093/cid/ciy154. Erratum In: Clin Infect Dis. 2019 Jan 1;68(1):175. doi: 10.1093/cid/ciy243.
- Kojabad AA, Farzanehpour M, Galeh HEG, Dorostkar R, Jafarpour A, Bolandian M, Nodooshan MM. Droplet digital PCR of viral DNA/RNA, current progress, challenges, and future perspectives. J Med Virol. 2021 Jul;93(7):4182-4197. doi: 10.1002/jmv.26846. Epub 2021 Mar 11. Erratum In: J Med Virol. 2024 May;96(5):e29632. doi: 10.1002/jmv.29632.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Lauantai 1. kesäkuuta 2024
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Torstai 31. joulukuuta 2026
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Torstai 31. joulukuuta 2026
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Keskiviikko 22. toukokuuta 2024
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Keskiviikko 22. toukokuuta 2024
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Keskiviikko 29. toukokuuta 2024
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Perjantai 9. elokuuta 2024
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Torstai 8. elokuuta 2024
Viimeksi vahvistettu
Maanantai 1. huhtikuuta 2024
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 29BRC24.0085 - DDBIOS
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
JOO
IPD-suunnitelman kuvaus
Kaikki kerätyt tiedot, jotka ovat taustalla, johtavat julkaisuun
IPD-jaon aikakehys
Tiedot ovat saatavilla kolmen vuoden alusta ja päättyen viidentoista vuoden kuluttua lopullisen tutkimusraportin valmistumisesta
IPD-jaon käyttöoikeuskriteerit
Brest UH:n sisäinen toimikunta käsittelee tiedonsaantipyynnöt.
Pyynnön esittäjien on allekirjoitettava ja täytettävä tietojen käyttösopimus
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- STUDY_PROTOCOL
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .