PCR digital de gotículas e BIOSensores sem PCR para detecção de SNPs associados à resistência em Pneumocystis Jirovecii (DDBIOS)

Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) é um fungo patogênico oportunista responsável por infecção pulmonar ou pneumonia por Pneumocystis (PCP) em pacientes imunocomprometidos. Atualmente não existe um sistema para seu cultivo in vitro. Os métodos de diagnóstico utilizados baseiam-se principalmente em técnicas de biologia molecular que permitem também a detecção e análise de polimorfismos de nucleótido único (SNPs), nomeadamente ao nível dos genes que codificam os alvos de moléculas amplamente utilizadas na prevenção e tratamento da PCP. Estes SNPs podem representar mutações missense potencialmente associadas à resistência ao tratamento. Podem resultar da exposição dos pacientes a estes tratamentos antes do desenvolvimento da infecção por P. jirovecii. No entanto, os dados relativos à prevalência destas mutações permanecem escassos, particularmente em França. Os métodos de detecção dessas mutações baseados em PCR seguido de sequenciamento de DNA apresentam limitações em termos de sensibilidade. A avaliação de ferramentas novas, mais sensíveis e rápidas para a detecção e caracterização de patógenos neste contexto é necessária.

O principal objetivo da pesquisa proposta é identificar cepas mutantes de P. jirovecii em 4 genes que codificam alvos terapêuticos, como dihidropteroato sintase (DHPS), diidrofolato redutase (DHFR), citocromo b (CYB), inosina-5'-monofosfato desidrogenase (IMPDH ) e, portanto, avaliar a prevalência de cepas potencialmente resistentes em pacientes infectados por P. jirovecii.

Os objetivos secundários são:

• para determinar os factores associados (por ex. exposição a tratamentos) com cepas mutantes de P. jirovecii
• para determinar o impacto das mutações na eficácia do tratamento anti-Pneumocystis (por ex. evolução favorável vs. desfavorável da infecção)
• avaliar dois métodos - PCR digital de gotículas e biossensores sem PCR - para detecção e caracterização de mutações associadas à resistência em Pneumocystis jirovecii