기형을 동반한 신경발달 장애의 게놈 변이체 식별 및 우선순위 지정을 위한 전사체 접근법 (ATOMICS)
프랑스에서는 300만 명이 희귀질환에 시달리고 있습니다. 프랑스 보건 당국에 따르면 오늘날 확인되는 7000가지의 다양한 질병 중에서 신경발달 장애가 매년 35,000건의 출생에서 발견되는 주요 증상입니다. 이 사례 중 절반의 환자는 5세 미만이고 분자진단은 그 중 50%에서만 가능하며 모든 환자의 25%가 5년을 초과하는 진단 방황과 관련이 있습니다.
높은 처리량의 DNA 시퀀싱 기술은 새로운 원인 변종을 밝히는 강력한 도구입니다. 진단 수율은 DNA-seq로 개선되었지만 데이터 해석과 기술 한계는 여전히 극복해야 할 두 가지 주요 장애물로 남아 있습니다. 게놈 접근법만으로는 분자 진단이 누락되어 리보핵산 서열 분석과 같은 다중 오믹 접근법을 통합해야 할 필요성이 강조됩니다. 이 시퀀싱 수준을 통해 비정상적인 유전자 발현, 단일 대립유전자 대립유전자 발현 또는 비정상적인 대체 접합의 증거와 같은 새로운 통찰력을 얻을 수 있습니다. 게놈 서열분석만으로는 발견할 수 없는 변종을 검출하는 것도 가능합니다.
최근에는 두 가지 기술의 결합을 통해 진단 성능 향상이 설명되었습니다. 신경근 질환의 맥락에서 리보핵산-seq 및 게놈 시퀀싱. 그러나 기형적 특징과 더불어 신경발달 장애에 대한 연구는 거의 수행되지 않았습니다. 우리는 이전에 엑솜 음성 분석을 받은 환자에게 게놈 시퀀싱과 리보핵산-seq를 동시에 수행하여 진단 결과 향상을 2022년 말까지 시연했습니다. 또한 2023년에는 Dekker et al. 이 연구는 동일한 분석 스키마를 통해 진단 수율 향상을 밝혀냈습니다.
이러한 첫 번째 관찰에 직면하여, 우리의 연구는 트리오 방식의 게놈 시퀀싱과 단독 방식의 게놈 시퀀싱과 쌍을 이루는 리보핵산-seq의 진단 기여도를 평가하여 다음과 같은 신경발달 장애를 나타내는 환자에 대한 최종 진단을 찾는 것을 목표로 합니다. 발달 이상 및 염색체 마이크로어레이 및/또는 엑솜 서열분석 후 뚜렷한 진단이 없는 경우.
연구를 성공적으로 수행하기 위해 우리는 위험과 제약이 최소화된 프로토콜로 환자를 모집하여 단일 또는 트리오 방식의 게놈 시퀀싱 외에도 섬유아세포에서 수행된 리보핵산-seq를 트리오 게놈 시퀀싱과 비교할 계획입니다. 신경발달 장애 및 발달 이상을 나타내는 환자에 대한 병인 진단을 얻는 것을 염두에 두고 최종 목적을 가지고 있습니다.
연구 개요
연구 유형
등록 (추정된)
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: Estelle COLIN, MD, PhD
- 전화번호: 02 41 35 36 37
- 이메일: estelle.colin@chu-angers.fr
연구 장소
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Angers, 프랑스
- 모병
- University Hospital of Angers
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연락하다:
- Estelle Colin
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Brest, 프랑스
- 모병
- University Hospital of Brest
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연락하다:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
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Le Mans, 프랑스
- 모병
- Le Mans Hospital Center
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연락하다:
- Radka STOEVA
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Nantes, 프랑스
- 아직 모집하지 않음
- University Hospital of Nantes
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연락하다:
- Bertrand ISIDOR
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Rennes, 프랑스
- 모병
- University Hospital of Rennes
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연락하다:
- Sylvie ODENT
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Tours, 프랑스
- 아직 모집하지 않음
- University Hospital of Tours
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Vannes, 프랑스
- 아직 모집하지 않음
- Vannes Hospital Center
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연락하다:
- Florence DEMURGER
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
설명
포함 기준:
- 다음과 같이 정의되는 신경발달 장애가 있는 연령 제한이 없는 어린이 또는 성인:
- 운동 및/또는 언어 습득 및/또는 사회적 의사소통 장애와 관련된 심각한 발달 지연이 있는 0세에서 5세 사이,
- > 6세 이상, 심각도에 관계없이 지적 결핍(가능한 경우 신경 심리학적 평가 포함)이 있고 간질 및/또는 자폐증 및/또는 행동 문제 및/또는 주의력 결핍 과잉 행동 장애와 같은 잠재적인 관련 징후가 있습니다.
- 발달 이상 및/또는 이형성이 있는 경우;
- 임상 진단의 증거 없이
- 음성 염색체 마이크로어레이 및/또는 엑솜 서열 분석
- 음성 취약 X 증후군
- 피부 생검 가능 또는 섬유아세포 배양에서 추출한 RNA 샘플, 실험실 센터 내 연구 환경에서 사용 가능
- 참가자로부터 동의를 받은 경우 또는 미성년 환자 또는 동의할 수 없는 환자의 경우 법정대리인의 동의가 있는 경우
- 프랑스 안보 체제에 소속된 참가자 또는 이에 상응하는 참가자
제외 기준:
- 유전적이지 않은 원인으로 인한 발달 이상이 있거나 일상적인 진료에서 분자 검사가 가능하고 비용이 게놈 및 RNA 염기서열 분석 비용보다 낮은 매우 명확한 진단이 있는 신경발달 장애
- 환자나 법적 대리인이 참여를 꺼리는 경우
- 임신 또는 수유 중인 여성
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 무작위화되지 않음
- 중재 모델: 병렬 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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다른: RNA 서열 분석 및 트리오 전체 게놈 서열 분석
각 지표 케이스는 RNA 시퀀싱과 트리오 전체 게놈 시퀀싱을 통해 분석됩니다.
이 팔의 데이터 해석을 담당하는 생물학자들은 모든 데이터에 접근할 수 있습니다.
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환자는 눈을 멀게 할 필요가 없습니다.
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다른: 게놈 시퀀싱 트리오만
각 지표 케이스는 RNA 시퀀싱과 트리오 전체 게놈 시퀀싱을 통해 분석됩니다.
그러나 이 부문에서는 데이터 해석을 담당하는 생물학자가 RNA 염기서열 분석 결과를 볼 수 없습니다.
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환자는 눈을 멀게 할 필요가 없습니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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신경 발달 장애 및 발달 이상 환자의 병인 진단을 확인하기 위해 3인의 게놈 시퀀싱에 추가로 RNA 시퀀싱에 대한 관심과 단독으로 수행되는 게놈 시퀀싱 트리오 분석을 비교합니다.
기간: 12개월
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신경발달 장애 및 발달 이상이 있는 환자의 병인학적 진단을 확인하기 위해 트리오 게놈 시퀀싱과 함께 섬유아세포에 대해 수행하는 RNA 시퀀싱에 대한 관심을 단독으로 수행하는 게놈 시퀀싱-트리오 분석과 비교하기 위한 것입니다. 선험적으로 진단하고 염색체 마이크로어레이 및/또는 단독 또는 삼중 엑솜 시퀀싱 후에 확인된 결과가 없는 경우 클래스 4 또는 클래스 5의 수 (미국 의학 유전학 분류에 따라) RNA 시퀀싱 + 게놈 시퀀싱 트리오와 게놈 시퀀싱 트리오 단독에 따라 환자의 증상을 설명할 수 있는 변이가 새로 식별되고 진단이 가능해졌습니다.
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12개월
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공동 작업자 및 조사자
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (추정된)
연구 완료 (추정된)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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