Podejście transkryptomiczne do identyfikacji i ustalania priorytetów wariantów genomu w zaburzeniach neurorozwojowych z wadami rozwojowymi (ATOMICS)
Trzy miliony osób we Francji cierpi na rzadkie choroby. Według francuskiego urzędu ds. zdrowia, wśród 7000 różnych chorób, które obecnie rozpoznaje się, głównymi objawami są zaburzenia neurorozwojowe. W połowie przypadków pacjenci mają mniej niż 5 lat, a diagnostyka molekularna jest dostępna jedynie u 50% z nich, co u 25% pacjentów wiąże się z błąkaniem diagnostycznym przekraczającym 5 lat.
Wysokoprzepustowe technologie sekwencjonowania DNA są potężnymi narzędziami do wyjaśniania nowych wariantów przyczynowych. Chociaż wydajność diagnostyczną udoskonalono za pomocą seq DNA, interpretacja danych i ograniczenia technologiczne pozostają dwiema głównymi przeszkodami, które nadal wymagają przezwyciężenia. Pominięcie diagnozy molekularnej na podstawie samego podejścia genomicznego uwydatnia potrzebę zintegrowania podejść multiomicznych, takich jak sekwencjonowanie kwasu rybonukleinowego. Ten poziom sekwencjonowania pozwala na uzyskanie nowych informacji, takich jak dowody na nieprawidłową ekspresję genów, ekspresję alleli monoallelicznych lub nieprawidłowy alternatywny splicing. Umożliwia także wykrycie wariantów, których nie można znaleźć jedynie poprzez sekwencjonowanie genomu.
Ostatnio opisano poprawę wydajności diagnostycznej poprzez połączenie tych dwóch technik, tj. Sekwencja kwasu rybonukleinowego i sekwencjonowanie genomu w kontekście chorób nerwowo-mięśniowych. Jednak tylko nieliczne badania dotyczyły zaburzeń neurorozwojowych z cechami wad rozwojowych. Do końca 2022 r. wykazaliśmy poprawę wyników diagnostycznych poprzez jednoczesne sekwencjonowanie genomu i sekwencję kwasu rybonukleinowego u pacjenta, u którego wcześniej wykonano negatywną analizę egzomu. Ponadto w 2023 r. Dekker i in. praca rzuciła światło na poprawę wydajności diagnostycznej za pomocą tego samego schematu analitycznego.
W obliczu tych pierwszych obserwacji, nasze badanie ma na celu ocenę wkładu diagnostycznego sekwencji kwasu rybonukleinowego w połączeniu z sekwencjonowaniem genomu w trio w porównaniu z sekwencjonowaniem genomu w sposób indywidualny, aby określić ostateczną diagnozę dla pacjenta z zaburzeniami neurorozwojowymi z nieprawidłowości w rozwoju i bez jednoznacznej diagnozy po analizie mikromacierzy chromosomów i/lub sekwencjonowania egzomu.
Aby pomyślnie przeprowadzić nasze badanie, planujemy rekrutację pacjentów w ramach protokołu uwzględniającego minimalne ryzyko i minimalne ograniczenia, w celu porównania sekwencji kwasu rybonukleinowego przeprowadzonej na fibroblastach, oprócz sekwencjonowania genomu w sposób solo lub trio, z sekwencjonowaniem genomu trio wyłącznie z myślą o ostatecznym celu, jakim jest uzyskanie diagnostyki etiologicznej u pacjenta z zaburzeniami neurorozwojowymi i nieprawidłowościami rozwojowymi.
Przegląd badań
Status
Interwencja / Leczenie
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Faza
- Nie dotyczy
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Estelle COLIN, MD, PhD
- Numer telefonu: 02 41 35 36 37
- E-mail: estelle.colin@chu-angers.fr
Lokalizacje studiów
-
-
-
Angers, Francja
- Rekrutacyjny
- University Hospital of Angers
-
Kontakt:
- Estelle Colin
-
Brest, Francja
- Rekrutacyjny
- University Hospital of Brest
-
Kontakt:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
-
Le Mans, Francja
- Rekrutacyjny
- Le Mans Hospital Center
-
Kontakt:
- Radka STOEVA
-
Nantes, Francja
- Jeszcze nie rekrutacja
- University Hospital of Nantes
-
Kontakt:
- Bertrand ISIDOR
-
Rennes, Francja
- Rekrutacyjny
- University Hospital of Rennes
-
Kontakt:
- Sylvie ODENT
-
Tours, Francja
- Jeszcze nie rekrutacja
- University Hospital of Tours
-
Vannes, Francja
- Jeszcze nie rekrutacja
- Vannes Hospital Center
-
Kontakt:
- Florence DEMURGER
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Opis
Kryteria włączenia:
- dzieci lub osoby dorosłe bez ograniczeń wiekowych, z zaburzeniami neurorozwojowymi określonymi przez:
- w wieku od 0 do 5 lat z poważnymi opóźnieniami w rozwoju w zakresie nabywania motoryki i/lub języka i/lub zaburzeniami komunikacji społecznej,
- > 6 lat z niepełnosprawnością intelektualną niezależnie od jej nasilenia (z oceną neuropsychologiczną, jeśli to możliwe), z potencjalnymi objawami towarzyszącymi, takimi jak padaczka i/lub autyzm i/lub problemy z zachowaniem i/lub zespół nadpobudliwości psychoruchowej z deficytem uwagi;
- z anomaliami rozwojowymi i/lub dymorfizmem;
- bez żadnych dowodów na diagnozę kliniczną
- negatywne sekwencjonowanie mikromacierzy chromosomowych i/lub egzomów
- negatywny zespół łamliwego chromosomu X
- możliwa biopsja skóry lub próbka RNA pobrana z hodowli fibroblastów, dostępna do wykorzystania w kontekście badawczym w centrum laboratoryjnym
- zgoda uzyskana od uczestnika lub zgoda przedstawicieli prawnych w przypadku pacjenta małoletniego lub pacjenta niezdolnego do wyrażenia zgody
- uczestnik powiązany z francuskim reżimem bezpieczeństwa lub równoważnym
Kryteria wykluczenia:
- Zaburzenia neurorozwojowe z anomaliami rozwojowymi wynikającymi z przyczyn innych niż genetyczne lub z bardzo oczywistą diagnozą, dla których w rutynowej praktyce dostępne są badania molekularne i których koszt jest niższy niż koszt genomu i sekwencjonowania RNA
- niechęć do udziału ze strony pacjenta lub przedstawicieli prawnych
- Kobiety w ciąży lub karmiące piersią
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Główny cel: Diagnostyczny
- Przydział: Nielosowe
- Model interwencyjny: Przydział równoległy
- Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)
Broń i interwencje
Grupa uczestników / Arm |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Inny: Sekwencjonowanie RNA i sekwencjonowanie całego genomu metodą trio
Każdy przypadek indeksowy zostanie przeanalizowany poprzez sekwencjonowanie RNA i sekwencjonowanie całego genomu metodą trio.
Biolodzy zajmujący się interpretacją danych w tym ramieniu będą mieli dostęp do wszystkich danych.
|
Pacjent nie musi być oślepiony
|
|
Inny: Tylko trio sekwencjonowania genomu
Każdy przypadek indeksowy zostanie przeanalizowany poprzez sekwencjonowanie RNA i sekwencjonowanie całego genomu metodą trio.
Jednak w tym ramieniu biolodzy odpowiedzialni za interpretację danych będą zaślepieni wynikami sekwencjonowania RNA
|
Pacjent nie musi być oślepiony
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Porównanie zainteresowania sekwencjonowaniem RNA jako dodatku do sekwencjonowania genomu w trio z analizą trio sekwencjonowania genomu przeprowadzaną samodzielnie w celu ustalenia diagnozy etiologicznej pacjenta z zaburzeniami neurorozwojowymi i nieprawidłowościami rozwojowymi
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Porównanie zainteresowania sekwencjonowaniem RNA, przeprowadzanym na fibroblastach jako dodatek do sekwencjonowania genomu w trio, z analizą sekwencjonowania genomu przeprowadzaną samodzielnie, w celu ustalenia rozpoznania etiologicznego pacjenta z zaburzeniami neurorozwojowymi i nieprawidłowościami rozwojowymi, bez żadnych oczywistych objawów klinicznych diagnoza a priori i bez zidentyfikowanego wyniku po sekwencjonowaniu mikromacierzy chromosomowej i/lub sekwencjonowaniu egzomu solo lub trio Liczba klasy 4 lub klasy 5 (zgodnie z klasyfikacją American College of Medical Genetics) warianty nowo zidentyfikowane i umożliwiające postawienie diagnozy wyjaśniającej objawy pacjenta, po sekwencjonowaniu RNA + sekwencjonowanie genomu – trio, w porównaniu z samym trio sekwencjonowania genomu.
|
12 miesięcy
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Inny identyfikator: ANSM)
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .