Транскриптомный подход к идентификации и приоритезации вариантов генома при нарушениях нервного развития с пороками развития (ATOMICS)
Три миллиона человек во Франции страдают от редких заболеваний. По данным Управления здравоохранения Франции, среди 7000 различных заболеваний, выявленных сегодня, нарушения нервно-психического развития являются основными симптомами, которые ежегодно обнаруживаются у 35 000 новорожденных. В половине этих случаев пациенты моложе 5 лет, и молекулярный диагноз доступен только у 50% из них, что связано с диагностическим блужданием, превышающим 5 лет, у 25% каждого пациента.
Технологии высокопроизводительного секвенирования ДНК являются мощными инструментами для выявления новых причинных вариантов. Хотя диагностическая эффективность была уточнена с помощью секвенирования ДНК, интерпретация данных и технологические ограничения остаются двумя основными препятствиями, которые еще предстоит преодолеть. Отсутствие молекулярной диагностики только с помощью геномного подхода подчеркивает необходимость интеграции мультиомных подходов, таких как секвенирование рибонуклеиновой кислоты. Этот уровень секвенирования позволяет получить новую информацию, например, доказательства аберрантной экспрессии генов, экспрессии моноаллельных аллелей или аномального альтернативного сплайсинга. Это также позволяет обнаружить варианты, которые невозможно обнаружить только с помощью секвенирования генома.
Недавно было описано улучшение диагностических характеристик за счет объединения этих двух методов, т.е. Секвенирование рибонуклеиновой кислоты и секвенирование генома в контексте нервно-мышечных заболеваний. Однако лишь немногие исследования были проведены по расстройствам нервного развития, помимо пороков развития. К концу 2022 года мы продемонстрировали улучшение диагностических результатов за счет одновременного проведения секвенирования генома и секвенирования рибонуклеиновой кислоты у пациентов с ранее отрицательным анализом экзома. Более того, в 2023 г. Деккер и др. Работа пролила свет на улучшение результатов диагностики с помощью той же аналитической схемы.
Учитывая эти первые наблюдения, наше исследование направлено на оценку диагностического вклада секвенирования рибонуклеиновой кислоты в сочетании с секвенированием генома тройным способом по сравнению с секвенированием генома в одиночку, чтобы определить окончательный диагноз для пациента с нарушениями нервного развития с аномалии развития и без очевидного диагноза после анализа микроматрицы хромосом и/или анализа секвенирования экзома.
Чтобы успешно провести наше исследование, мы планируем набрать пациентов в протокол, рассматриваемый с минимальным риском и минимальными ограничениями, чтобы сравнить секвенирование рибонуклеиновой кислоты, выполняемое на фибробластах, в дополнение к секвенированию генома в одиночном или трио-способе, с трио-секвенированием генома. в одиночку, с конечной целью получить этиологическую диагностику для пациента с нарушениями нервно-психического развития и аномалиями развития.
Обзор исследования
Статус
Вмешательство/лечение
Тип исследования
Регистрация (Оцененный)
Фаза
- Непригодный
Контакты и местонахождение
Контакты исследования
- Имя: Estelle COLIN, MD, PhD
- Номер телефона: 02 41 35 36 37
- Электронная почта: estelle.colin@chu-angers.fr
Места учебы
-
-
-
Angers, Франция
- Рекрутинг
- University Hospital of Angers
-
Контакт:
- Estelle Colin
-
Brest, Франция
- Рекрутинг
- University Hospital of Brest
-
Контакт:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
-
Le Mans, Франция
- Рекрутинг
- Le Mans Hospital Center
-
Контакт:
- Radka STOEVA
-
Nantes, Франция
- Еще не набирают
- University Hospital of Nantes
-
Контакт:
- Bertrand ISIDOR
-
Rennes, Франция
- Рекрутинг
- University Hospital of Rennes
-
Контакт:
- Sylvie ODENT
-
Tours, Франция
- Еще не набирают
- University Hospital of Tours
-
Vannes, Франция
- Еще не набирают
- Vannes Hospital Center
-
Контакт:
- Florence DEMURGER
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Ребенок
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Описание
Критерии включения:
- дети или взрослые без каких-либо возрастных ограничений с нарушениями нервно-психического развития, определяемыми:
- в возрасте от 0 до 5 лет с серьезными задержками в развитии моторики и/или речи и/или нарушениями социального общения,
- > 6 лет с умственной отсталостью независимо от степени тяжести (с нейропсихологическим обследованием, если таковое имеется), с потенциальными сопутствующими проявлениями, такими как эпилепсия и/или аутизм, и/или нарушениями поведения и/или синдромом дефицита внимания с гиперактивностью;
- с аномалиями развития и/или диморфизмом;
- без каких-либо доказательств клинического диагноза
- негативное хромосомное микрочипирование и/или секвенирование экзома
- синдром негативной хрупкой Х-хромосомы
- Возможна биопсия кожи или образец РНК, извлеченный из культуры фибробластов, доступный для использования в исследовательских целях в лабораторном центре
- согласие, полученное от участника или согласие от законных представителей несовершеннолетнего пациента или пациента, неспособного дать согласие
- участник, связанный с французским режимом безопасности или эквивалентом
Критерии исключения:
- Расстройства нервного развития с аномалиями развития, вызванными негенетическими причинами, или с очевидным диагнозом, для которого в рутинной практике доступен молекулярный тест и стоимость которого ниже стоимости генома и секвенирования РНК.
- нежелание участвовать ни со стороны пациента, ни со стороны законных представителей
- Беременные или кормящие женщины
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Основная цель: Диагностика
- Распределение: Нерандомизированный
- Интервенционная модель: Параллельное назначение
- Маскировка: Нет (открытая этикетка)
Оружие и интервенции
Группа участников / Армия |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Другой: Секвенирование РНК и трио полногеномного секвенирования
Каждый показательный случай будет проанализирован посредством секвенирования РНК и трехкратного полногеномного секвенирования.
Биологи, отвечающие за интерпретацию данных в этом отделе, будут иметь доступ ко всем данным.
|
Пациент не должен быть ослеплен
|
|
Другой: Только трио секвенирования генома
Каждый показательный случай будет проанализирован посредством секвенирования РНК и трехкратного полногеномного секвенирования.
Однако в этом направлении биологи, отвечающие за интерпретацию данных, не будут знать результаты секвенирования РНК.
|
Пациент не должен быть ослеплен
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Сравните интерес к секвенированию РНК в дополнение к секвенированию генома в трио и к анализу трио секвенирования генома, проводимому отдельно, для определения этиологического диагноза пациента с нарушениями нервного развития и аномалиями развития.
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Сравнить интерес к секвенированию РНК, проводимому в фибробластах в дополнение к секвенированию генома в трио, с анализом секвенирования генома в трио, проводимым отдельно, для установления этиологического диагноза пациента с нарушениями нервного развития и аномалиями развития без каких-либо очевидных клинических проявлений. диагноз априорный и без выявленного результата после секвенирования хромосомных микрочипов и/или секвенирования соло или трио экзома Номер класса 4 или класса 5 (в соответствии с классификации Американского колледжа медицинской генетики) варианты, недавно выявленные и позволяющие поставить диагноз, объясняющий симптомы пациента, после секвенирования РНК + трио секвенирования генома по сравнению с трио секвенирования генома.
|
12 месяцев
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Другой идентификатор: ANSM)
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .