Enfoque transcriptómico para la identificación y priorización de variantes del genoma en trastornos del desarrollo neurológico con malformación (ATOMICS)
Tres millones de personas en Francia padecen enfermedades raras. Entre las 7.000 enfermedades diferentes identificadas hoy en día, los trastornos del desarrollo neurológico son los principales síntomas que afectan a 35.000 nacimientos cada año, según la autoridad sanitaria francesa. En la mitad de estos casos, los pacientes son menores de 5 años y solo en el 50% de ellos se dispone de diagnóstico molecular, asociado a un desvío diagnóstico superior a los 5 años para el 25% de todos los pacientes.
Las tecnologías de secuenciación de ADN de alto rendimiento son herramientas poderosas para dilucidar nuevas variantes causales. Aunque el rendimiento del diagnóstico fue refinado mediante DNA-seq, la interpretación de los datos y los límites de la tecnología siguen siendo los dos principales obstáculos que aún deben superarse. La falta de un diagnóstico molecular a través de un enfoque genómico únicamente resalta la necesidad de integrar enfoques multiómicos como la secuenciación del ácido ribonucleico. Este nivel de secuenciación permite nuevos conocimientos, como la evidencia de expresión genética aberrante, expresión de alelos monoalélicos o empalme alternativo anormal. También permite detectar variantes que no se pueden encontrar únicamente mediante la secuenciación del genoma.
Recientemente, se ha descrito una mejora en el rendimiento del diagnóstico mediante la asociación de las dos técnicas, es decir. Ácido Ribonucleico-seq y secuenciación del genoma, en un contexto de enfermedades neuromusculares. Sin embargo, sólo se llevaron a cabo unos pocos estudios sobre trastornos del desarrollo neurológico además de características malformativas. A finales de 2022, demostramos una mejora de los resultados de diagnóstico al realizar la secuenciación del genoma más ácido ribonucleico-seq al mismo tiempo en pacientes con un análisis previo negativo del exoma. Además, en 2023, Dekker et al. El trabajo arrojó luz sobre una mejora del rendimiento diagnóstico a través del mismo esquema analítico.
Frente a esas primeras observaciones, nuestro estudio tiene como objetivo evaluar la contribución diagnóstica del ácido ribonucleico-seq emparejado con la secuenciación del genoma en forma trío versus la secuenciación del genoma en forma individual, para identificar y encontrar un diagnóstico final para pacientes que presentan trastornos del neurodesarrollo con anomalías del desarrollo y sin un diagnóstico evidente después del análisis de microarrays cromosómicos y/o secuenciación del exoma.
Para llevar a cabo con éxito nuestro estudio, planeamos reclutar pacientes en un protocolo considerado con riesgo mínimo y restricciones mínimas, para comparar la secuenciación de ácido ribonucleico realizada en fibroblastos, además de la secuenciación del genoma de forma individual o en trío, con la secuenciación del genoma en trío. solo, con el objetivo final en mente de obtener un diagnóstico de etiología para un paciente que presenta trastornos del neurodesarrollo y anomalías del desarrollo.
Descripción general del estudio
Estado
Intervención / Tratamiento
Tipo de estudio
Inscripción (Estimado)
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: Estelle COLIN, MD, PhD
- Número de teléfono: 02 41 35 36 37
- Correo electrónico: estelle.colin@chu-angers.fr
Ubicaciones de estudio
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Angers, Francia
- Reclutamiento
- University Hospital of Angers
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Contacto:
- Estelle Colin
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Brest, Francia
- Reclutamiento
- University Hospital of Brest
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Contacto:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
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Le Mans, Francia
- Reclutamiento
- Le Mans Hospital Center
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Contacto:
- Radka STOEVA
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Nantes, Francia
- Aún no reclutando
- University Hospital of Nantes
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Contacto:
- Bertrand ISIDOR
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Rennes, Francia
- Reclutamiento
- University Hospital of Rennes
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Contacto:
- Sylvie ODENT
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Tours, Francia
- Aún no reclutando
- University Hospital of Tours
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Vannes, Francia
- Aún no reclutando
- Vannes Hospital Center
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Contacto:
- Florence DEMURGER
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Niño
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Descripción
Criterios de inclusión:
- niños o adultos sin límite de edad, con trastornos del neurodesarrollo definidos por:
- entre 0 y 5 años con retrasos graves en el desarrollo de la adquisición motora y/o del lenguaje y/o trastornos de la comunicación social,
- > 6 años con deficiencia intelectual cualquiera que sea su gravedad (con evaluación neuropsicológica, si está disponible), con posibles manifestaciones asociadas como epilepsia y/o autismo, y/o problemas de conducta y/o trastorno por déficit de atención e hiperactividad;
- con anomalías del desarrollo y/o dimorfismo;
- sin ninguna evidencia de diagnóstico clínico
- microarrays cromosómicos negativos y/o secuenciación del exoma
- síndrome de X frágil negativo
- biopsia de piel factible o muestra de ARN extraída de un cultivo de fibroblastos, disponible para ser utilizada en un contexto de investigación dentro del centro de laboratorio
- consentimiento obtenido del participante o, consentimiento de los representantes legales para un paciente menor o un paciente incapaz de dar su consentimiento
- participante afiliado al régimen de seguridad francés o equivalente
Criterios de exclusión:
- Trastornos del neurodesarrollo con anomalía del desarrollo por causas no genéticas o diagnóstico altamente evidente para los cuales se dispone de una prueba molecular en la práctica habitual y cuyo costo es inferior al costo del genoma y la secuenciación del ARN.
- Falta de voluntad para participar, por parte del paciente o de sus representantes legales.
- Mujeres embarazadas o lactantes
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Diagnóstico
- Asignación: No aleatorizado
- Modelo Intervencionista: Asignación paralela
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Otro: Secuenciación de ARN y secuenciación trío del genoma completo.
Cada caso índice se analizará mediante secuenciación de ARN y secuenciación en trío del genoma completo.
Los biólogos a cargo de la interpretación de los datos en esta rama tendrán acceso a todos los datos.
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No es necesario que el paciente esté cegado.
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Otro: Solo trío de secuenciación del genoma
Cada caso índice se analizará mediante secuenciación de ARN y secuenciación en trío del genoma completo.
Sin embargo, en este grupo, los biólogos a cargo de la interpretación de los datos no conocerán los resultados de la secuenciación del ARN.
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No es necesario que el paciente esté cegado.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Comparar el interés de la secuenciación de ARN además de una secuenciación del genoma en trío, versus un análisis de secuenciación del genoma en trío realizado solo, para identificar el diagnóstico etiológico de pacientes con trastornos del neurodesarrollo y anomalías del desarrollo.
Periodo de tiempo: 12 meses
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Comparar el interés de la secuenciación de ARN, realizada en fibroblastos además de una secuenciación del genoma en trío, versus un análisis de secuenciación del genoma en trío realizado solo, para identificar el diagnóstico etiológico de pacientes con trastornos del neurodesarrollo y anomalías del desarrollo, sin ninguna evidencia clínica obvia. diagnóstico a priori, y sin resultado identificado después de Microarray Cromosómico y/o secuenciación de exoma solo o trío Número de clase 4 o clase 5 (según el American College of Medical Clasificación genética) variantes recientemente identificadas y que permiten un diagnóstico para explicar los síntomas del paciente, luego de la secuenciación de ARN + trío de secuenciación del genoma, frente al trío de secuenciación del genoma solo.
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12 meses
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Estimado)
Finalización del estudio (Estimado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Otro identificador: ANSM)
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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