Transkriptomický přístup k identifikaci a stanovení priorit genomových variant u neurovývojových poruch s malformací (ATOMICS)
Tři miliony lidí ve Francii jsou postiženy vzácnými chorobami. Mezi 7000 různými nemocemi, které jsou dnes identifikovány, jsou neurovývojové poruchy hlavními symptomy, které jsou podle francouzského zdravotnického úřadu zajímavé pro 35 000 porodů ročně. V polovině těchto případů jsou pacienti mladší 5 let a molekulární diagnóza je dostupná pouze u 50 % z nich, což je spojeno s diagnostickým blouděním delším než 5 let u 25 % všech pacientů.
Vysoce výkonné technologie sekvenování DNA jsou výkonnými nástroji k objasnění nových příčinných variant. Přestože byl diagnostický výtěžek zpřesněn pomocí DNA-seq, interpretace dat a technologické limity zůstávají dvěma hlavními překážkami, které je stále třeba překonat. Chybějící molekulární diagnóza prostřednictvím samotného genomického přístupu zdůrazňuje potřebu integrovat multiomické přístupy, jako je sekvenování ribonukleové kyseliny. Tato úroveň sekvenování umožňuje nový pohled, jako je důkaz aberantní genové exprese, exprese monoalelických alel nebo abnormálního alternativního sestřihu. Umožňuje také detekovat varianty, které nelze nalézt pouze pomocí sekvenování genomu.
Nedávno bylo popsáno zlepšení diagnostického výkonu spojením dvou technik, tzn. Ribonucleic Acid-seq a sekvenování genomu v kontextu neuromuskulárních onemocnění. Bylo však provedeno pouze několik studií o neurovývojových poruchách s malformativními rysy. Do konce roku 2022 jsme prokázali zlepšení diagnostických výsledků tím, že jsme provedli sekvenování genomu plus ribonukleová kyselina-seq ve stejnou dobu u pacienta s předchozí exomovou negativní analýzou. Navíc v roce 2023 Dekker a spol. práce vrhla světlo na zlepšení diagnostického výtěžku prostřednictvím stejného analytického schématu.
Tváří v tvář těmto prvním pozorováním je cílem naší studie vyhodnotit diagnostický přínos ribonukleové kyseliny-seq spárované se sekvenováním genomu trojitým způsobem oproti sekvenování genomu samostatným způsobem, abychom určili nalezení konečné diagnózy pro pacienta s neurovývojovými poruchami vývojové abnormality a bez zjevné diagnózy po analýze chromozomového mikročipu a/nebo exomové sekvenační analýzy.
Abychom naši studii úspěšně provedli, plánujeme nábor pacienta v protokolu uvažovaném s minimálním rizikem a minimálními omezeními, abychom porovnali sekvenování ribonukleové kyseliny prováděné na fibroblastech, kromě sekvenování genomu samostatným nebo trojitým způsobem, se sekvenováním trio genomu samotný, s konečným cílem získat diagnostiku etiologie pro pacienta s neurovývojovými poruchami a vývojovými abnormalitami.
Přehled studie
Postavení
Typ studie
Zápis (Odhadovaný)
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: Estelle COLIN, MD, PhD
- Telefonní číslo: 02 41 35 36 37
- E-mail: estelle.colin@chu-angers.fr
Studijní místa
-
-
-
Angers, Francie
- Nábor
- University Hospital of Angers
-
Kontakt:
- Estelle Colin
-
Brest, Francie
- Nábor
- University Hospital of Brest
-
Kontakt:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
-
Le Mans, Francie
- Nábor
- Le Mans Hospital Center
-
Kontakt:
- Radka STOEVA
-
Nantes, Francie
- Zatím nenabíráme
- University Hospital of Nantes
-
Kontakt:
- Bertrand ISIDOR
-
Rennes, Francie
- Nábor
- University Hospital of Rennes
-
Kontakt:
- Sylvie ODENT
-
Tours, Francie
- Zatím nenabíráme
- University Hospital of Tours
-
Vannes, Francie
- Zatím nenabíráme
- Vannes Hospital Center
-
Kontakt:
- Florence DEMURGER
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Popis
Kritéria pro zařazení:
- děti nebo dospělí bez jakéhokoli věkového omezení s neurovývojovými poruchami definovanými:
- mezi 0 a 5 lety se závažným opožděným vývojem, pokud jde o osvojení motoriky a/nebo jazyka, a/nebo poruchami sociální komunikace,
- > 6 let s intelektuální nedostatečností jakékoli závažnosti (s neuropsychologickým vyšetřením, pokud je k dispozici), s potenciálními souvisejícími projevy, jako je epilepsie a/nebo autismus a/nebo problémy s chováním a/nebo porucha pozornosti s hyperaktivitou;
- s vývojovými anomáliemi a/nebo dimorfismem;
- bez jakéhokoli důkazu klinické diagnózy
- negativní chromozomální microarray a/nebo sekvenování exomu
- negativní syndrom křehkého X
- možná biopsie kůže nebo vzorek RNA extrahovaný z kultury fibroblastů, dostupný pro použití ve výzkumném kontextu uvnitř laboratorního centra
- souhlas získaný od účastníka nebo souhlas zákonných zástupců pro nezletilého pacienta nebo pacienta neschopného dát souhlas
- účastník přidružený k francouzskému bezpečnostnímu režimu nebo ekvivalentu
Kritéria vyloučení:
- Neurologické vývojové poruchy s vývojovou anomálií z negenetických příčin nebo vysoce evidentní diagnózou, pro kterou je v rutinní praxi dostupný molekulární test a jejichž cena je nižší než cena genomu a sekvenování RNA
- neochota zúčastnit se, ze strany pacienta nebo ze strany zákonných zástupců
- Těhotné nebo kojící ženy
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Diagnostický
- Přidělení: Nerandomizované
- Intervenční model: Paralelní přiřazení
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Jiný: Sekvenování RNA a trojité sekvenování celého genomu
Každý případ indexu bude analyzován pomocí sekvenování RNA a trojnásobného sekvenování celého genomu.
Biologové odpovědní za interpretaci dat v této větvi budou mít přístup ke všem datům.
|
Pacient nemusí být oslepen
|
|
Jiný: Pouze trio sekvenování genomu
Každý případ indexu bude analyzován pomocí sekvenování RNA a trojnásobného sekvenování celého genomu.
V této větvi však budou biologové odpovědní za interpretaci dat zaslepeni výsledky sekvenování RNA
|
Pacient nemusí být oslepen
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Porovnejte zájem o sekvenování RNA navíc k sekvenování genomu v triu s analýzou tria sekvenování genomu prováděnou samostatně, abyste identifikovali etiologickou diagnózu pacienta s neurovývojovými poruchami a vývojovými abnormalitami
Časové okno: 12 měsíců
|
Porovnat zájem o sekvenování RNA, prováděné ve fibroblastech navíc k sekvenování genomu ve třech, s analýzou sekvenování genomu-trio prováděnou samostatně, k identifikaci etiologické diagnózy pacienta s neurovývojovými poruchami a vývojovými abnormalitami, bez zjevných klinických diagnóza a priori a bez identifikovaného výsledku po chromozomálním mikročipu a/nebo samostatném nebo trojitém exomovém sekvenování Číslo třídy 4 nebo třídy 5 (podle klasifikace American College of Medical Genetics) varianty nově identifikované a umožňující diagnózu vysvětlující symptomy pacienta po sekvenování RNA + trio sekvenování genomu oproti samotnému triu sekvenování genomu.
|
12 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Odhadovaný)
Dokončení studie (Odhadovaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Jiný identifikátor: ANSM)
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .